miRTil: An Extensive Repository for Nile Tilapia microRNA Next Generation Sequencing Data

Autor(es)

Bovolenta, Luiz Augusto ^[1] ; Pinhal, Danillo ^[2] ; Acencio, Marcio Luis ^[3] ; de Oliveira, Arthur Casulli ^[2] ; Moxon, Simon ^[4] ; Martins, Cesar ^[5] ; Lemke, Ney ^[1]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Sao Paulo State Univ UNESP, Inst Biosci Botucatu, Dept Biophys & Pharmacol, BR-18618689 Botucatu, SP - Brazil

^[2] Sao Paulo State Univ UNESP, Inst Biosci Botucatu, Dept Chem & Biol Sci, BR-18618689 Botucatu, SP - Brazil

^[3] Univ Luxembourg, Luxembourg Ctr Syst Biomed, Campus Belval, 7 Ave Hauts Fourneaux, L-4362 Esch Sur Alzette - Luxembourg

^[4] Univ East Anglia UEA, Sch Biol Sci, Norwich Res Pk, Norwich NR4 7TJ, Norfolk - England

^[5] Sao Paulo State Univ UNESP, Inst Biosci Botucatu, Dept Struct & Funct Biol, BR-18618689 Botucatu, SP - Brazil

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: CELLS; v. 9, n. 8 AUG 2020.
• Citações Web of Science: 0

Resumo

Nile tilapia is the third most cultivated fish worldwide and a novel model species for evolutionary studies. Aiming to improve productivity and contribute to the selection of traits of economic impact, biotechnological approaches have been intensively applied to species enhancement. In this sense, recent studies have focused on the multiple roles played by microRNAs (miRNAs) in the post-transcriptional regulation of protein-coding genes involved in the emergence of phenotypes with relevance for aquaculture. However, there is still a growing demand for a reference resource dedicated to integrating Nile Tilapia miRNA information, obtained from both experimental and in silico approaches, and facilitating the analysis and interpretation of RNA sequencing data. Here, we present an open repository dedicated to Nile Tilapia miRNAs: the ``miRTil database{''}. The database stores data on 734 mature miRNAs identified in 11 distinct tissues and five key developmental stages. The database provides detailed information about miRNA structure, genomic context, predicted targets, expression profiles, and relative 5p/3p arm usage. Additionally, miRTil also includes a comprehensive pre-computed miRNA-target interaction network containing 4936 targets and 19,580 interactions. (AU)

• Processo FAPESP: 10/20684-3 - Utilização de aprendizado de máquina em redes biológicas para previsão e determinação de regras para emergência de fenótipos de interesse
• Beneficiário: Marcio Luis Acencio
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 12/13450-1 - Análise exploratória em larga escala de miRNAs expressos em tilápia do Nilo utilizando ferramentas de bioinformática.
• Beneficiário: Luiz Augusto Bovolenta
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 12/15589-7 - Investigação da composição, funcionalidade e dinâmica evolutiva de microRNAs no genoma de peixes utilizando RNA-Seq e genética reversa
• Beneficiário: Danillo Pinhal
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 14/08420-1 - Análise de miRNAs altamente expressos no coração da Tilápia do Nilo utilizando bioinformática
• Beneficiário: Arthur Casulli de Oliveira
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Iniciação Científica
• Processo FAPESP: 15/19176-7 - Investigando variações e funções de pequenos RNAs não-codificantes em Oreochromis niloticus
• Beneficiário: Luiz Augusto Bovolenta
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Processo FAPESP: 11/06465-0 - Identificação e caracterização de microRNAs no genoma da tilápia do Nilo Oreochromis niloticus
• Beneficiário: César Martins
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 13/03644-6 - Análise do transcriptoma de microRNAs no tecido cardíaco da Tilápia do Nilo utilizando RNA-seq e genômica comparativa
• Beneficiário: Arthur Casulli de Oliveira
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica