Development of a multi-species SNP array for serrasalmid fish Colossoma macropomum and Piaractus mesopotamicus

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Mastrochirico-Filho, Vito A. ^[1] ; Ariede, Raquel B. ^[1] ; Freitas, V, Milena ; Borges, Carolina H. S. ^[2] ; Lira, Lieschen V. G. ^[2] ; Mendes, Natalia J. ^[2] ; Agudelo, John F. G. ^[2] ; Caceres, Pablo ^[3] ; Berrocal, Milthon H. M. ^[4] ; Sucerquia, Gustavo A. L. ^[5] ; Porto-Foresti, Fabio ^[2] ; Yanez, Jose M. ^[3] ; Hashimoto, Diogo T. ^[2]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Sao Paulo State Univ, UNESP, Aquaculture Ctr, BR-14884900 Jaboticabal, SP - Brazil

^[2] Freitas, Milena, V, Sao Paulo State Univ, UNESP, Aquaculture Ctr, BR-14884900 Jaboticabal, SP - Brazil

^[3] Univ Chile, Fac Ciencias Vet & Pecuarias, Santiago - Chile

^[4] Univ Nacl Agr Selva, Fac Zootecnia, Tingo Maria - Peru

^[5] Univ Antioquia, Fac Ciencias Agr, Medellin - Colombia

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: SCIENTIFIC REPORTS; v. 11, n. 1 SEP 29 2021.
• Citações Web of Science: 1

Resumo

Scarce genomic resources have limited the development of breeding programs for serrasalmid fish Colossoma macropomum (tambaqui) and Piaractus mesopotamicus (pacu), the key native freshwater fish species produced in South America. The main objectives of this study were to design a dense SNP array for this fish group and to validate its performance on farmed populations from several locations in South America. Using multiple approaches based on different populations of tambaqui and pacu, a final list of 29,575 and 29,612 putative SNPs was selected, respectively, to print an Axiom AFFYMETRIX (THERMOFISHER) SerraSNP array. After validation, 74.17% (n = 21,963) and 71.25% (n = 21,072) of SNPs were classified as polymorphic variants in pacu and tambaqui, respectively. Most of the SNPs segregated within each population ranging from 14,199 to 19,856 in pacu; and from 15,075 to 20,380 in tambaqui. Our results indicate high levels of genetic diversity and clustered samples according to their hatchery origin. The developed SerraSNP array represents a valuable genomic tool approaching in-depth genetic studies for these species. (AU)

• Processo FAPESP: 16/21011-9 - Análises integradas de genética quantitativa e genômica para seleção de genótipos superiores de pacu (Piaractus mesopotamicus)
• Beneficiário: Diogo Teruo Hashimoto
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 17/26900-9 - Caracterização genética de famílias de pacu (Piaractus mesopotamicus) resistentes à bactéria Aeromonas hydrophila por RNA-seq e RAD-seq
• Beneficiário: Vito Antonio Mastrochirico Filho
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Processo FAPESP: 20/11049-4 - Base genética para a resistência à bactéria Aeromonas hydrophila em populações de Pacu (Piaractus mesopotamicus)
• Beneficiário: Vito Antonio Mastrochirico Filho
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 16/18294-9 - Integração de métodos genômicos para seleção de genótipos de pacu (Piaractus mesopotamicus) resistentes à bactéria Aeromonas hydrophila
• Beneficiário: Vito Antonio Mastrochirico Filho
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 18/08416-5 - Estudo de associação genômica ampla de baixo custo e predições genômicas para resistência a Aeromonas hydrophila em pacu (Piaractus mesopotamicus)
• Beneficiário: Diogo Teruo Hashimoto
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 17/19717-3 - Análises genômicas para associação de SNPs com resistência a Aeromonas hydrophila e rendimento de filé no tambaqui (Colossoma macropomum)
• Beneficiário: Raquel Belini Ariede
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 19/10662-7 - Estudo de associação genômica ampla para resistência a Aeromonas hydrophila em tambaqui (Colossoma macropomum)
• Beneficiário: Raquel Belini Ariede
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Processo FAPESP: 19/08972-8 - Avaliação da diversidade genética em Colossoma macropomum para programas de pré-melhoramento genético no Brasil e Peru
• Beneficiário: Diogo Teruo Hashimoto
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular