Virus-Like Attachment Sites and Plastic CpG Islands: Landmarks of Diversity in Plant Del Retrotransposons

Autor(es)

Cruz, Guilherme M. Q. ^[1] ; Metcalfe, Cushla J. ^[1] ; de Setta, Nathalia ^[2] ; Cruz, Edgar A. O. ^[1] ; Vieira, Andreia Prata ^[1] ; Medina, Rosario ^[1] ; Van Sluys, Marie-Anne ^[1]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Univ Sao Paulo, IB, Dept Bot, BR-09500900 Sao Paulo - Brazil

^[2] Univ Fed ABC UFABC, Sao Paulo - Brazil

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: PLoS One; v. 9, n. 5 MAY 21 2014.
• Citações Web of Science: 2

Resumo

Full-length Del elements from ten angiosperm genomes, 5 monocot and 5 dicot, were retrieved and putative attachment (att) sites were identified. In the 2432 Del elements, two types of U5 att sites and a single conserved type of U3 att site were identified. Retroviral att sites confer specificity to the integration process, different att sites types therefore implies lineage specificity. While some features are common to all Del elements, CpG island patterns within the LTRs were particular to lineage specific clusters. All eudicot copies grouped into one single clade while the monocots harbour a more diverse collection of elements. Furthermore, full-length Del elements and truncated copies were unevenly distributed amongst chromosomes. Elements of Del lineage are organized in plants into three clusters and each cluster is composed of elements with distinct LTR features. Our results suggest that the Del lineage efficiently amplified in the monocots and that one branch is probably a newly emerging sub-lineage. Finally, sequences in all groups are under purifying selection. These results show the LTR region is dynamic and important in the evolution of LTR-retrotransposons, we speculate that it is a trigger for retrotransposon diversification. (AU)

• Processo FAPESP: 09/51632-1 - Análises estruturais, funcionais e evolutivas de helitrons em cana-de-açúcar
• Beneficiário: Nathalia de Setta Costa
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 08/52074-0 - Sugarcane genome sequence: plant transposable elements are active contributors to gene structure variation, regulation and function
• Beneficiário: Marie-Anne Van Sluys
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOEN - Temático
• Processo FAPESP: 09/09217-7 - Estudos sobre a organização do genoma de cana de açúcar e expressão gênica associada a presença de elementos de transposição
• Beneficiário: Cushla J Metcalfe
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 12/14610-2 - Tratamento Bioinformático em Larga Escala de Sequências de Cana de Açúcar e busca de padrões em elementos de transposição.
• Beneficiário: Rosario Alejandra Medina Rodríguez
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Processo FAPESP: 08/58243-8 - Retrotransposons das famílias scMaximus, scAle e scDel: desvendando as interações com o genoma da cana-de-açúcar
• Beneficiário: Guilherme Marcello Queiroga Cruz
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Processo FAPESP: 12/02671-7 - Homólogos a At-thi1 em cana-de-açúcar: estudo molecular e funcional
• Beneficiário: Andréia Prata Vieira
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto