Determinação do tropismo viral por ensaios genotípicos e fenotípicos em pacientes brasileiros infectados por HIV-1

Autor(es)

Liã Bárbara Arruda ; Marilia Ladeira de Araújo ^[2] ; Maira Luccia Martinez ^[3] ; Claudio Roberto Gonsalez ^[4] ; Alberto José da Silva Duarte ^[5] ; Eoin Coakley ^[6] ; Yolanda Lie ^[6] ; Jorge Casseb ^{[7, 3]}

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo; v. 56, n. 4, p. 287-290, 2014-07-00.

Resumo

A aplicação clínica dos antagonistas de CCR5 envolve em primeiro lugar determinar o uso de co-receptor pela cepa viral infectante. Programas de bioinformática que prevêem o uso co-receptor poderiam fornecer um método alternativo para selecionar candidatos para o tratamento com os antagonistas do CCR5, particularmente em países com poucos recursos financeiros. Assim, o presente estudo teve por objetivo identificar a melhor abordagem utilizando ferramentas de bioinformática para determinar qual o tipo de co-receptor do HIV-1 que poderia ser usado na prática clínica. Sequências de DNA proviral e Trofile resultados a partir de 99 pacientes infectados pelo HIV-1 sob monitorização clínica foram avaliadas. Com base nos resultados do Teste Trofile, as variantes virais presentes eram R5 (81,1%), R5X4 (21,4%) e X4 (1,8%). Determinação do tropismo pela análise do Geno2pheno, com taxa de falso positivos de 10% apresentou desempenho mais adequado para esta amostragem: as cepas R5 e X4 foram encontradas em frequências de 78,5% e 28,4%, respectivamente, e foi de 78,6% a concordância entre os resultados fenotípicos e genotípicos. Mais estudos são necessários para esclarecer como a diversidade genética entre as cepas do vírus afeta abordagens baseadas na determinação do tropismo pelas ferramentas de bioinformática. Embora esta estratégia possa ser útil para o rastreio de pacientes em países em desenvolvimento, permanecem algumas limitações que restringem a aplicação mais ampla para utilização de testes de co-receptor na prática clínica. (AU)

• Processo FAPESP: 10/00222-5 - Caracterização molecular da gp120 do HIV-1 e suas implicações sobre o tropismo pelos correceptores CCR5 e CXCR4
• Beneficiário: Liã Bárbara Arruda
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 08/58138-0 - Aplicação de instrumentos de bioinformática na avaliação de novas classes de antiretrovirais: antagonistas de CCR5 e inibidores de integrase
• Beneficiário: Jorge Simao do Rosario Casseb
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 08/51265-6 - Determinação do tropismo do HIV-1 pelos co-receptores CCR5 e CXCR4 pelo uso de ferramentas de bioinformática
• Beneficiário: Liã Bárbara Arruda
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado