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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

A model for quantitative trait loci mapping, linkage phase, and segregation pattern estimation for a full-sib progeny

Texto completo
Autor(es):
Gazaffi, Rodrigo [1] ; Margarido, Gabriel R. A. [2] ; Pastina, Maria Marta [3] ; Mollinari, Marcelo [2] ; Garcia, Antonio Augusto F. [2]
Número total de Autores: 5
Afiliação do(s) autor(es):
[1] Univ Fed Sao Carlos, Ctr Agr Sci, BR-13600970 Araras, SP - Brazil
[2] Univ Sao Paulo, Dept Genet, Escola Super Agr Luiz de Queiroz ESALQ, BR-13400970 Sao Paulo - Brazil
[3] Embrapa Maize & Sorghum, Nucleus Appl Biol, BR-35701970 Sete Lagoas, MG - Brazil
Número total de Afiliações: 3
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: Tree Genetics & Genomes; v. 10, n. 4, p. 791-801, AUG 2014.
Citações Web of Science: 12
Resumo

Quantitative trait loci (QTL) mapping is an important approach for the study of the genetic architecture of quantitative traits. For perennial species, inbred lines cannot be obtained due to inbreed depression and a long juvenile period. Instead, linkage mapping can be performed by using a full-sib progeny. This creates a complex scenario because both markers and QTL alleles can have different segregation patterns as well as different linkage phases between them. We present a two-step method for QTL mapping using full-sib progeny based on composite interval mapping (i.e., interval mapping with cofactors), considering an integrated genetic map with markers with different segregation patterns and conditional probabilities obtained by a multipoint approach. The model is based on three orthogonal contrasts to estimate the additive effect (one in each parent) and dominance effect. These estimatives are obtained using the EM algorithm. In the first step, the genome is scanned to detect QTL. After, segregation pattern and linkage phases between QTL and markers are estimated. A simulated example is presented to validate the methodology. In general, the new model is more effective than existing approaches, because it can reveal QTL present in a full-sib progeny that segregates in any pattern present and can also identify dominance effects. Also, the inclusion of cofactors provided more statistical power for QTL mapping. (AU)

Processo FAPESP: 12/13272-6 - Desenvolvimento de modelo genético-estatístico para a análise da interação genótipo e ambiente em estudos de genética associativa
Beneficiário:Rodrigo Gazaffi
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 07/02775-9 - Desenvolvimento de métodos genético-estatísticos para estudo da interação entre QTLs e ambientes e a correlação entre caracteres em cana-de-açúcar
Beneficiário:Gabriel Rodrigues Alves Margarido
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Processo FAPESP: 10/00083-5 - Mapeamento associativo, avaliação do desequilíbrio de ligação e da estrutura populacional em cana-de-açúcar
Beneficiário:Maria Marta Pastina
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 08/54402-4 - Desenvolvimento de um modelo para construção de mapas genéticos em autopoliploides, com aplicações em cana-de-açúcar
Beneficiário:Marcelo Mollinari
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado