Os Programas de Pesquisa de apoio à Inovação têm caráter indutor: apoiam pesquisas com potencial de desenvolvimento de novas tecnologias e de aplicação prática nas diversas áreas do conhecimento, afinadas com a política de Ciência, Tecnologia e Inovação.
- University-Industry Cooperative Research (PITE)
- Innovative Research in Small Business (PIPE)
- Sectorial Consortia for Research and Innovation (CONSITEC)
- Engineering Research Centers/Applied Research Centers (CPE/CPA)
- Support of Intellectual Property Rights and Licensing (PAPI/NUPLITEC) (Program available from 2000 to 2021)