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Buffalo MHC region - using next generation genomic tools to define the molecular structure

Grant number:11/11889-3
Support Opportunities:Regular Research Grants
Start date: December 01, 2011
End date: November 30, 2013
Field of knowledge:Agronomical Sciences - Animal Husbandry - Genetics and Improvement of Domestic Animals
Principal Investigator:Maria Elisabete Jorge Amaral
Grantee:Maria Elisabete Jorge Amaral
Host Institution: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brazil
City of the host institution:São José do Rio Preto
Associated researchers:Nedenia Bonvino Stafuzza

Abstract

Bovinos e bubalinos são suscetíveis a um espectro similar de agentes infecciosos, e por este motivo muitas das vacinas desenvolvidas para bovinos são também utilizadas em búfalo. Uma vez que o búfalo apresenta uma resposta a agentes infecciosos diferente do bovino, é evidente que as necessidades sanitárias bubalinas não são sempre atendidas por meio de vacinas concebidas para bovino. Para solucionar problemas exclusivos aos búfalos, é necessário compreender as variáveis envolvidas na susceptibilidade diferencial a doenças, levando, por exemplo, ao desenvolvimento de vacinas específicas para búfalo. Várias décadas de intensas pesquisas vêm definindo a estrutura genômica do MHC em diversas espécies de animais de interesse econômico, esclarecendo o papel-chave das variações genéticas encontradas nesta região na suscetibilidade a doenças auto-imunes e infecciosas. Pesquisas na área da genômica têm aprofundado os conhecimentos sobre como o sistema imune é regulado e identificado genes, principalmente aqueles da região MHC, associados a esse processo. Diante desse panorama, esse projeto tem como objetivo a análise molecular da região MHC do búfalo, identificando os elementos estruturais que a compõem, além da determinação de alelos e haplótipos presentes em cada uma das principais raças criadas no Brasil (Murrah, Jafarabadi e Mediterâneo). Para isso, serão utilizadas ferramentas genômicas construídas pelo nosso grupo de pesquisa para o estudo do genoma do búfalo, incluindo o mapa genômico de alta resolução da região MHC bubalina, assim como a biblioteca genômica do tipo BAC que serão utilizados para o isolamento e seqüenciamento direcionado de clones contendo genes do MHC de búfalo. Além do mapa de alta resolução e da biblioteca BAC, outras tecnologias genômicas de última geração como RNAseq (seqüenciamento de RNA), CGH-Array (do inglês Comparative Genomic Hybridization) e MLPA (do inglês Multiplex ligation-dependent probe amplification) serão utilizadas em colaboração com grupos de pesquisa do exterior para a prospecção e anotação de genes do MHC de búfalo e para estudos de identificação e validação da variação no número de cópias de segmentos de DNA na região MHC (CNV, do inglês Copy Number Variation). Posteriormente, a região MHC do búfalo será comparada com aquelas correspondentes em outros mamíferos visando detectar eventos evolutivos ocorridos nessa região. Os resultados obtidos contribuirão para o entendimento dos mecanismos moleculares que possam estar associados com as diferenças apresentadas pelos búfalos na resistência a doenças quando comparado com bovino. (AU)

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Scientific publications (8)
(The scientific publications listed on this page originate from the Web of Science or SciELO databases. Their authors have cited FAPESP grant or fellowship project numbers awarded to Principal Investigators or Fellowship Recipients, whether or not they are among the authors. This information is collected automatically and retrieved directly from those bibliometric databases.)
STAFUZZA, N. B.; BORGES, M. M.; AMARAL-TRUSTY, M. E. J.. Molecular characterization of interferon regulatory factor 1 in Bubalus bubalis. Genetics and Molecular Research, v. 14, n. 3, p. 10919-10928, . (11/02478-0, 11/11889-3)
STAFUZZA, N. B.; BORGES, M. M.; AMARAL-TRUSTY, M. E. J.. GENETIC ANALYSIS OF SUPEROXIDE DISMUTASE 1 GENE IN MURRAH RIVER BUFFALO. JOURNAL OF ANIMAL AND PLANT SCIENCES, v. 24, n. 6, p. 1869-1875, . (11/02478-0, 11/11889-3)
STAFUZZA, N. B.; OLIVATTO, L. M.; NARESSI, B. C. M.; TONHATI, H.; AMARAL-TRUSTY, M. E. J.. Analysis of DRB3 gene polymorphisms in Jafarabadi, Mediterranean, and Murrah buffaloes from Brazil. Genetics and Molecular Research, v. 15, n. 1, . (11/11889-3)
STAFUZZA, N. B.; NARESSI, B. C. M.; BORGES, M. M.; AMARAL-TRUSTY, M. E. J.. Sequence analysis of the S1PR1 gene in river buffalo. Genetics and Molecular Research, v. 15, n. 1, . (11/11889-3)
STAFUZZA, N. B.; BORGES, M. M.; AMARAL, M. E. J.. Comparative analysis of the river buffalo somatostatin gene. Genetics and Molecular Research, v. 13, n. 4, p. 10017-10024, . (11/02478-0, 11/11889-3)
STAFUZZA, N. B.; BORGES, M. M.; AMARAL-TRUSTY, M. E. J.. Sequence characterization and comparative analysis of the gastrotropin gene in buffalo (Bubalus bubalis). Genetics and Molecular Research, v. 13, n. 4, p. 10934-10942, . (11/02478-0, 11/11889-3)
STAFUZZA, N. B.; NARESSI, B. C. M.; YANG, E.; CAI, J. J.; AMARAL-TRUSTY, M. E. J.. A framework radiation hybrid map of buffalo chromosome 1 ordering scaffolds from buffalo genome sequence assembly. Genetics and Molecular Research, v. 14, n. 4, p. 13096-13104, . (11/11889-3, 11/02478-0)
STAFUZZA, N. B.; GRECO, A. J.; GRANT, J. R.; ABBEY, C. A.; GILL, C. A.; RAUDSEPP, T.; SKOW, L. C.; WOMACK, J. E.; RIGGS, P. K.; AMARAL, M. E. J.. A high-resolution radiation hybrid map of the river buffalo major histocompatibility complex and comparison with BoLA. ANIMAL GENETICS, v. 44, n. 4, p. 369-376, . (11/02478-0, 11/11889-3, 08/10725-4)