Using Sparse Nuclear Magnetic Resonance data and Comparative Modelling for the determination of structure and dynamics of proteins with application in rational drug design

• Grant number: 12/00137-3
• Support Opportunities: Scholarships in Brazil - Young Researchers
• Start date: January 01, 2012
• End date: December 31, 2015
• Field of knowledge: Biological Sciences - Biochemistry - Molecular Biology
• Principal Investigator: Rinaldo Wander Montalvão
• Grantee: Rinaldo Wander Montalvão
• Host Institution: Instituto de Física de São Carlos (IFSC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brazil
• Associated research grant: 11/11343-0 - Using sparse nuclear magnetic resonance data and comparative modelling for the determination of structure and dynamics of proteins with application in rational drug design, AP.JP

Abstract

Esse projeto tem como objetivo desenvolver um sistema híbrido de bioinformática para a determinação simultânea da estrutura terciária e da dinâmica de proteínas de interesse para o desenho racional de drogas. A intenção é desenvolver novas metodologias que tratem o problema de solucionar a estrutura de proteínas, onde métodos tradicionais de Cristalografia de Raios-X e Ressonância Magnética Nuclear (RMN) falham em produzir um modelo confiável. A ideia é de gerar um conjunto de estruturas proteicas que refletem os dados experimentais, através do uso de dois procedimentos distintos: *Modelagem Comparativa de Proteínas desenvolvida durante meu doutorado no grupo do professor Sir Tom Blundell no Departamento de Bioquímica da Universidade de Cambridge no Reino Unido. *Dinâmica Molecular Auxiliada por RMN criado durante meu pós-doutorado no grupo dos professores Michele Venduscolo e Chris Dobson no Departamento de Química da Universidade de Cambridge. Eu pretendo combinar essas técnicas em uma ferramenta que possa ser usada por grupos experimentais e empresas farmacêuticas no Brasil e no exterior no desenvolvimento racional de drogas. Essa ferramenta é uma extensão natural do programa ORCHESTRAR de modelagem comparativa que desenvolvi durante o meu doutorado no grupo de Tom Blundell e hoje se encontra licenciada pelo CNPq e pela Universidade de Cambridge à empresa americana Tripos (www.tripos.com), sendo esse o programa de "Advanced Protein Modelling" do sistema SYBYL.

Scientific publications

(References retrieved automatically from Web of Science and SciELO through information on FAPESP grants and their corresponding numbers as mentioned in the publications by the authors)

MONTALVAO, RINALDO W.; PITT, WILLIAM R.; PINHEIRO, VITOR B.; BLUNDELL, TOM L.. Melodia: a Python library for protein structure analysis. Bioinformatics, v. 40, n. 7, p. 5-pg., 2024-07-31. (12/00137-3)