Assistance for nucleic acid preparation and new generation sequencing

• Grant number: 20/02284-0
• Support Opportunities: Scholarships in Brazil - Technical Training Program - Technical Training
• Start date: March 01, 2020
• End date: February 28, 2022
• Field of knowledge: Biological Sciences - Genetics - Animal Genetics
• Agreement: NSF - Dimensions of Biodiversity and BIOTA
• Principal Investigator: Inácio de Loiola Meirelles Junqueira de Azevedo
• Grantee: Leonardo de Oliveira
• Host Institution: Instituto Butantan. São Paulo , SP, Brazil
• Associated research grant: 16/50127-5 - Dimensions US-BIOTA São Paulo: scales of biodiversity: integrated studies of snake venom evolution and function across multiple levels of diversity, AP.BTA.TEM

Abstract

O Brasil abriga cerca de 10% da fauna ofídica mundial, com a presença de 243 espécies descritas registradas. Abordando essa fauna, o projeto Escalas da Biodiversidade visa esclarecer como os venenos contribuíram com os padrões de diversificação nas serpentes. Para isso, estão sendo coletadas serpentes de diversas famílias no Brasil para obtenção de veneno e de material genético para análises evolutivas, de composição do veneno e ensaios de toxicidade. Até o momento mais de 200 espécimes foram coletados e outros ainda serão obtidos. A grande quantidade de material coletado em campo exige um corpo técnico capacitado para preparar o material de forma adequada, bem como o processamento das amostras, incluindo: extração de RNA para análise transcriptômica dos tecidos de interesse, extração de DNA para análise genômica, dessecamento e preparação de proteínas do veneno. Em seguida à preparação, são confeccionadas as bibliotecas de cDNA ou DNA, respectivamente para transcriptômica e genômica, seguindo protocolos estritos com controle de quantidade e qualidade e por fim é feito o sequenciamento de nova geração (NGS) propriamente dito em equipamento Illumina HiSeq 1500 de nosso laboratório. Alternativamente, estamos começando a trabalhar com equipamento Nanopore MinIon Sequencer para geração de sequencias longas. Todas estas etapas analíticas são comuns aos diversos subprojetos do Escalas da Biodiversidade e necessitam de um técnico de laboratório que possa centralizar essa tarefa. Especialmente o sequenciamento no equipamento Illumina, exige treinamento específico de forma que evitamos que o aparelho seja manuseado diretamente por alunos desacompanhados. Recentemente um dos técnicos que cuidava desta etapa se desligou do laboratório, de forma que necessitamos de um profissional que auxilie no preparo das amostras do projeto. Como benefício ao bolsista, este receberá treinamento em sequenciamento NGS em um equipamento de grande porte (Illumina HiSeq) e em um laboratório com vasta experiência na área. Também bolsista se envolverá no conteúdo científico do projeto e, dependendo do engajamento, poderá se associar ao projeto de alunos vinculados ao laboratório ou desenvolver seu próprio estudo. (AU)