Long non-coding RNA and transposable elements in plant microbe interaction

• Grant number: 20/11630-9
• Support Opportunities: Scholarships in Brazil - Technical Training Program - Technical Training
• Start date: November 01, 2020
• End date: July 31, 2021
• Field of knowledge: Biological Sciences - Genetics - Molecular Genetics and Genetics of Microorganisms
• Principal Investigator: Marie-Anne Van Sluys
• Grantee: Joel Nunes Leite Junior
• Host Institution: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brazil
• Associated research grant: 16/17545-8 - Genes, genomes & transposable elements contribution to plant-microbe interaction: a sugarcane study case, AP.BIOEN.TEM

Abstract

A escaldadura das folhas causada por X. albilineans é uma das principais doenças bacterianas que afetam a cana-de-açúcar. Trata-se de doença sistêmica cuja transmissão se dá por instrumentos de corte contaminados e cujos sintomas principais são a clorose das folhas. Dependendo da variedade infectada é possível observar também zonas necróticas, vermelhidão vascular e a formação de cavidades nos colmos infectados. A fase crônica caracteriza-se pela produção de brotamentos laterais, evoluindo para o rápido murchamento e morte da planta. Em final de 2019, o sequenciamento de um experimento piloto da interação de uma variedade de cana susceptível inoculada com X. albilineans foi realizado e um total de 336 milhões de leituras (após a curagem) não foram mapeados no genoma das espécies em estudo. Pretende-se utilizar duas estratégias descritas em artigos recentes (Wang et al, 2017 e Ito et al, 2018) com o objetivo de verificar quantas leituras não mapeados correspondem a mensageiros de RNA não codificantes. A estratégia de sequenciamento é de RNA total e não apenas o sequenciamento da fração de mRNA visto que o interesse do grupo é identificar nas mesmas amostras a expressão de genes de cana de açúcar como também das bactérias em estudo. Os resultados obtidos e o pipeline contribuirão para o projeto temático (FAPESP 2016/17545-8)