LIVER GENE CO-EXPRESSION NETWORKS AND REGULATORY REGION VARIANTS ASSOCIATED WITH MEAT AND CARCASS QUALITY PHENOTYPES IN NELLORE CATTLE

• Grant number: 23/15881-4
• Support Opportunities: Scholarships abroad - Research Internship - Master's degree
• Start date: February 01, 2024
• End date: July 31, 2024
• Field of knowledge: Agronomical Sciences - Animal Husbandry - Genetics and Improvement of Domestic Animals
• Principal Investigator: Luiz Lehmann Coutinho
• Grantee: Thaís Ribeiro da Silva
• Supervisor: James e Koltes
• Host Institution: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brazil
• Institution abroad: Iowa State University, United States
• Associated to the scholarship: 23/08402-2 - LIVER TISSUE GENE COEXPRESSION NETWORKS ASSOCIATED WITH MEAT AND CARCASS QUALITY PHENOTYPES IN NELLORE CATTLE, BP.MS

Abstract

A análise do transcriptoma, em combinação com a análise de coexpressão, desempenha um papel fundamental na construção de redes de expressão gênica associadas a características fenotípicas. Compreender como as variantes genéticas controlam a expressão gênica deverá nos ajudar a desvendar alguns dos mecanismos que controlam a variação fenotípica. Esta proposta tem como objetivo identificar as regiões regulatórias hepáticas associadas à expressão gênica e aos fenótipos de qualidade de carne e carcaça. Para isso, utilizaremos dados de RNA-seq de 90 animais que também foram fenotipados. Empregaremos a Análise de Redes de Coexpressão Gênica Ponderada (WGCNA), análise de eQTL, dados de ATAC-Seq e a análise de Sítios de Ligação de Fatores de Transcrição (TFBS). A análise WGCNA já foi concluída e resultou na identificação de 10 módulos significativos (p < 0,05) correlacionados com os fenótipos de carne e carcaça. Dentro desses módulos, nosso objetivo é identificar genes centrais (genes altamente conectados) e fatores de transcrição, destacando a importância da expressão desses reguladores-chave na modulação dos fenótipos estudados. A análise de eQTL será usada para identificar as SNPs que regulam a expressão desses genes. Além disso, nosso projeto inclui dados de ATAC-seq, permitindo-nos identificar TFBS em regiões de cromatina aberta e fornecendo novas perspectivas sobre o controle da expressão gênica. Em seguida, realizaremos uma análise de enriquecimento funcional dos genes coexpressos para elucidar os mecanismos biológicos que regulam esses fenótipos. A análise integrada fornecerá uma visão abrangente dos mecanismos regulatórios que controlam importantes fenótipos econômicos. Além disso, enquanto estiver na Iowa State University, a estudante participará de cursos de pós-graduação e reuniões de laboratório.