Bioinformatic analyses of coding and non-coding RNAs in Brevipalpus yothersi and their role in the interaction with citrus leprosis virus C and in acaricide response.

• Grant number: 24/18182-2
• Support Opportunities: Scholarships in Brazil - Young Researchers
• Start date: January 01, 2025
• End date: December 31, 2026
• Field of knowledge: Agronomical Sciences - Agronomy - Plant Health
• Principal Investigator: Daniel Gonzalez Ibeas
• Grantee: Daniel Gonzalez Ibeas
• Host Institution: Instituto Biológico (IB). Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios (APTA). São Paulo , SP, Brazil
• Associated research grant: 23/08989-3 - Bioinformatic analyses of coding and non-coding RNAs in Brevipalpus yothersi and their role in the interaction with Citrus Leprosis virus C and in acaricide response, AP.JP

Abstract

Os ácaros Brevipalpus causam perdas econômicas em um grande número de plantas hortícolas e ornamentais através datransmissão de vírus. As culturas afetadas incluem frutas cítricas e café, ambas de relevância para o Brasil. Em particular,Brevipalpus yothersi é responsável pela transmissão da leprose dos citros, doença viral especialmente problemática no estado de SãoPaulo devido à importância da cultura da laranja. Muito esforço tem sido feito para entender a interação planta-vírus, mas os ácarosBrevipalpus permanecem menos estudados em nível genético. Nos dados do genoma e do transcriptoma, as sequências decodificação de proteínas têm sido geralmente o centro da pesquisa, mas normalmente representam uma porcentagem menor detodo o espaço do gene, enquanto vários estudos sugerem que a grande maioria de um genoma é feito de estruturas e regulações.elementos. Análises genômicas em quase todos os tipos de organismos estão destacando a relevância dessas áreas não codificadaspara estudar a biologia das espécies e para abordar questões fundamentais ou problemas práticos na pesquisa acadêmica e aplicada.Uma vez que uma grande proporção dessas áreas não codificantes é transcrita, elas podem ser caracterizadas por abordagenstranscriptômicas, incluindo longos RNAs não codificantes, pequenos RNAs e RNAs circulares. Negligenciar suas análises para seconcentrar apenas em transcrições regulares de codificação de proteínas reduz as capacidades de descoberta e restringe o escopodos estudos. Esta proposta traça a configuração de uma linha de pesquisa em genômica computacional de pragas agrícolas, focadana exploração de RNAs não codificantes por ferramentas ômicas. O projeto inclui o scaffolding do rascunho atual do genoma deBrevipalpus yothersi e análises de transcriptoma para anotação de áreas codificantes e não codificantes de seu genoma, bem comopara responder a questões relevantes sobre a interação vírus-ácaro, resposta a pesticidas, silenciamento de genes vias em ácaros econteúdo de viroma. Aproveitando as entregas da pesquisa, a proposta também contempla o desenvolvimento de agrotóxicos denova geração baseados na tecnologia de interferência de RNA, como alternativa aos acaricidas químicos convencionais. (AU)