Análise exploratória em larga escala de miRNAs expressos em tilápia do Nilo utilizando ferramentas de bioinformática.

Resumo

Micro-RNAs (miRNAs) são pequenas moléculas de RNA (~22 nucleotídeos) que regulam pós-transcricionalmente a expressão de genes endógenos, modelando o transcriptoma e a produção de proteínas. Em geral, os miRNAs são altamente conservados no genoma de eucariotos sendo considerados elementos vitais em diversos processos biológicos durante o desenvolvimento, tais como crescimento, diferenciação e morte celular. A grande diversidade de miRNAs identificados está restrita a poucas espécies e apenas uma parte do total de alvos de miRNAs preditos foi caracterizada funcionalmente. Nesse sentido, o uso da tecnologia de sequenciamento de nova geração atrelada a análise de expressão gênica por RT-qPCR possibilitam a identificação do microRNoma e a validação experimental de genes alvo de miRNAs numa espécie. A tilápia do Nilo, Oreochromis niloticus, pode ser considerada um excelente modelo biológico para o estudo de miRNAs em vertebrados devido a sua importância econômica e genoma completo sequenciado. A presente proposta objetiva (I) organizar os dados do sequenciamento do miRNAs da tilapia do Nilo; (II) disponibilizá-los em forma de uma base de dados para a comunidade científica; (III) integrar as informações dos miRNAs com outros bancos de dados de miRNAs; (IV) analisar os dados através de estratégias bioinformáticas para determinação de clusters definidos pelo nível de expressão de cada miRNA nos diferentes tipos de tecido (músculo branco, músculo vermelho, gonadas, cérebro etc.) e nas diferentes fases do desenvolvimento, com a finalidade de criar hipóteses funcionais sobre os miRNAs; (V) predizer os RNAs mensageiros alvos desses miRNAs identificados; e por fim, (VI) determinar a disposição dos miRNAs conhecidos nos 22 cromossomos da tilápia com propósito de desenvolver mapas de localização.