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Desenvolvimento de marcadores moleculares a partir de ESTs de cana-de-acúcar para seleção de características economicamente importantes

Processo: 02/01167-1
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Parceria para Inovação Tecnológica - PITE
Vigência: 01 de julho de 2002 - 30 de setembro de 2008
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Agronomia - Fitotecnia
Pesquisador responsável:Anete Pereira de Souza
Beneficiário:Anete Pereira de Souza
Instituição-sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Empresa: Cooperativa de Produtores de Cana-de-Açúcar, Açúcar e Álcool do Estado de São Paulo (COPERSUCAR)
Município: Campinas
Bolsa(s) vinculada(s):03/05035-5 - Desenvolvimento de marcadores moleculares a partir de ESTs em cana-de-açúcar para seleção de características economicamente importantes, BP.TT
Assunto(s):Marcador molecular  Melhoramento genético vegetal  Repetições de microssatélites  Cana-de-açúcar 

Resumo

O projeto de seqüenciamento de ESTs (Sugarcane EST Project - Sucest) do programa Genoma FAPESP já identificou cerca de 40 mil clusters que representam os genes de cana-de-açúcar. Os ESTs têm potencial de uso no desenvolvimento de marcadores genéticos. Desse modo, marcadores microssatélites podem ser obtidos a partir de bancos de dados de ESTs, e sondas ESTs podem ser utilizadas em ensaios de RFLP para o mapeamento de QTLs. Tendo em vista os avanços que deverão ser alcançados no melhoramento genético da cana-de-açúcar com a exploração das informações contidas nos bancos de dados de ESTs, a proposta é, a partir dessas seqüências, desenvolver marcadores moleculares do tipo RFLP, microssatélites. Pretende-se também desenvolver marcadores específicos para características agronômicas de interesse, via conversão de marcadores RFLPs (hibridizados com sondas ESTs) em marcadores PCR específicos (SCARs e STSs). O desenvolvimento desses marcadores será integrado a um programa de mapeamento de características qualitativas e quantitativas que vem sendo desenvolvido com o emprego de uma população F1, obtida a partir do cruzamento de duas variedades comerciais de cana-de-açúcar (AU)

Publicações científicas (8)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
PINTO, L. R.; GARCIA, A. A. F.; PASTINA, M. M.; TEIXEIRA, L. H. M.; BRESSIANI, J. A.; ULIAN, E. C.; BIDOIA, M. A. P.; SOUZA, A. P. Analysis of genomic and functional RFLP derived markers associated with sucrose content, fiber and yield QTLs in a sugarcane (Saccharum spp.) commercial cross. EUPHYTICA, v. 172, n. 3, p. 313-327, APR 2010. Citações Web of Science: 23.
OLIVEIRA, K. M.; PINTO, L. R.; MARCONI, T. G.; MOLLINARI, M.; ULIAN, E. C.; CHABREGAS, S. M.; FALCO, M. C.; BURNQUIST, W.; GARCIA, A. A. F.; SOUZA, A. P. Characterization of new polymorphic functional markers for sugarcane. GENOME, v. 52, n. 2, p. 191-209, FEB 2009. Citações Web of Science: 53.
OLIVEIRA‚ K.M.; PINTO‚ L.R.; MARCONI‚ T.G.; MARGARIDO‚ G.R.A.; PASTINA‚ M.M.; TEIXEIRA‚ L.H.M.; FIGUEIRA‚ A.V.; ULIAN‚ E.C.; GARCIA‚ A.A.F.; SOUZA‚ A.P. Functional integrated genetic linkage map based on EST-markers for a sugarcane (Saccharum spp.) commercial cross. MOLECULAR BREEDING, v. 20, n. 3, p. 189-208, 2007.
R. VICENTINI; M. MENOSSI. Pipeline for macro- and microarray analyses. Brazilian Journal of Medical and Biological Research, v. 40, n. 5, p. 615-619, Maio 2007.
GARCIA, A. A.; KIDO, E. A.; MEZA, A. N.; SOUZA, H. M.; PINTO, LUCIANA ROSSINI; PASTINA, M. M.; LEITE, C. S.; SILVA, J. A.; ULIAN, E. C.; ET AL. Development of an integrated genetic map of a sugarcane (Saccharum spp. ) commercial cross, based on a maximum-likelihood approach for estimation of linkage and linkage phases. THEORETICAL AND APPLIED GENETICS, v. 112, n. 2, p. 298-314, Jan. 2006.
PINTO‚ LR; OLIVEIRA‚ KM; MARCONI‚ T.; GARCIA‚ AAF; ULIAN‚ EC; DE SOUZA‚ AP. Characterization of novel sugarcane expressed sequence tag microsatellites and their comparison with genomic SSRs. PLANT BREEDING, v. 125, n. 4, p. 378-384, 2006.
DRUMMOND, R. D.; PINHEIRO, A.; ROCHA, C. S.; MENOSSI, M. ISER: selection of differentially expressed genes from DNA array data by non-linear data transformations and local fitting. Bioinformatics, v. 21, n. 24, p. 4427-4429, Dec. 2005.

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