Estudo do papel da RNA helicase RhlB da família DEAD-box na estabilidade dos RNAs e na expressão gênica em Caulobacter crescentus

• Processo: 18/17309-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2019
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2022
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Marilis Do Valle Marques
• Beneficiário: Hugo Libonati de Araújo
• Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 14/04046-8 - Sistemas regulatórios da resposta bacteriana a estresses, AP.TEM
• Assunto(s): Caulobacter RNA helicases Microbiologia
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Caulobacter | DEAD-box | degradossomo | RhlB | RNA helicases | Microbiologia

Resumo

Caulobacter crescentus é uma ±-proteobactéria que passa por transições morfológicas distintas durante seu ciclo celular, o que a torna um excelente modelo para o estudo de morfologia e regulação gênica. Em situações de estresse, como choque-frio, C. crescentus passa por adaptações no seu metabolismo para manter sua viabilidade, que envolvem alterações na expressão gênica. Nestas condições, as moléculas de RNA tendem a formar estruturas secundárias estáveis, dificultando sua tradução e degradação. As RNA helicases são proteínas que têm a capacidade de remodelar estruturas de RNA e complexos de RNA-proteína, participando, em teoria, de processos associados com a expressão gênica. A família DEAD-box de RNA helicases é a maior e mais estudada em bactérias. Alguns membros desta família geralmente se encontram associados a um complexo multienzimático denominado degradossomo de RNA e participam em diversos processos celulares como degradação de RNAs, biogênese ribossomal e resposta a estresses. Estudos têm demonstrado a importância de uma dessas helicases (RhlB) para o fitness celular e adaptação das células em baixas temperaturas. O objetivo deste projeto é definir a participação da RNA helicase da família DEAD-box RhlB no processamento dos RNAs celulares e na biogênese do ribossomo em Caulobacter. Para isso, serão identificados os RNAs expressos na linhagem mutante rhlB sob diferentes condições de crescimento para avaliar o papel dessa helicase na expressão gênica global em resposta a estresse. Uma linhagem FLAG-RhlB será construída para verificar as interações físicas dessa helicase com os RNAs, particularmente sRNAs e mRNAs, e o mapeamento dos sítios de interação específicos dessa helicase com o degradossomo será feito por mutação sítio-dirigida. Serão realizados ensaios para verificar a associação de RhlB ao ribossomo, bem como avaliar sua participação na maturação do rRNA 5S.

Publicações científicas

(As publicações científicas contidas nesta página são originárias da Web of Science ou da SciELO, cujos autores mencionaram números dos processos FAPESP concedidos a Pesquisadores Responsáveis e Beneficiários, sejam ou não autores das publicações. Sua coleta é automática e realizada diretamente naquelas bases bibliométricas)

DE ARAUJO, HUGO L.; PICINATO, BEATRIZ A.; LORENZETTI, ALAN P. R.; MUTHUNAYAKE, NISANSALA S.; RATHNAYAKA-MUDIYANSELAGE, I. W.; DOS SANTOS, NAARA M.; SCHRADER, JARED; KOIDE, TIE; MARQUES, MARILIS V.. . MICROBIOLOGY SPECTRUM, v. 11, n. 6, p. 20-pg., 2023-10-18. (21/10577-0, 17/03052-2, 19/08514-0, 22/00308-4, 22/06360-8, 18/17309-8)

DE ARAUJO, HUGO L.; MARTINS, BIANCA P.; VICENTE, ALEXANDRE M.; LORENZETTI, ALAN P. R.; KOIDE, TIE; MARQUES, V, MARILIS. . MICROBIOLOGY SPECTRUM, v. 9, n. 1, SEP 2021. (19/08514-0, 18/17309-8, 19/13440-5, 14/13552-4, 17/03052-2)

DOS SANTOS, NAARA M.; PICINATO, BEATRIZ A.; SANTOS, LUCAS S.; DE ARAUJO, HUGO L.; BALAN, ANDREA; KOIDE, TIE; MARQUES, MARILIS V.. . FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 15, p. 18-pg., 2024-09-30. (21/10577-0, 22/00308-4, 20/10171-0, 22/06360-8, 18/17309-8)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

ARAÚJO, Hugo Libonati de. Estudo do papel das RNA helicases da família DEAD-box RhlB e RhlE na estabilidade de RNAs e na expressão gênica em Caulobacter crescentus. 2023. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Ciências Biomédicas (ICB/SDI) São Paulo.