Estudo do papel da RNA helicase RhlB da família DEAD-box na estabilidade dos RNAs e na expressão gênica em Caulobacter crescentus

• Processo: 18/17309-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2019
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2022
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Marilis Do Valle Marques
• Beneficiário: Hugo Libonati de Araújo
• Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 14/04046-8 - Sistemas regulatórios da resposta bacteriana a estresses, AP.TEM
• Assunto(s): Caulobacter RNA helicases Microbiologia
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Caulobacter | DEAD-box | degradossomo | RhlB | RNA helicases | Microbiologia

Resumo

Caulobacter crescentus é uma ±-proteobactéria que passa por transições morfológicas distintas durante seu ciclo celular, o que a torna um excelente modelo para o estudo de morfologia e regulação gênica. Em situações de estresse, como choque-frio, C. crescentus passa por adaptações no seu metabolismo para manter sua viabilidade, que envolvem alterações na expressão gênica. Nestas condições, as moléculas de RNA tendem a formar estruturas secundárias estáveis, dificultando sua tradução e degradação. As RNA helicases são proteínas que têm a capacidade de remodelar estruturas de RNA e complexos de RNA-proteína, participando, em teoria, de processos associados com a expressão gênica. A família DEAD-box de RNA helicases é a maior e mais estudada em bactérias. Alguns membros desta família geralmente se encontram associados a um complexo multienzimático denominado degradossomo de RNA e participam em diversos processos celulares como degradação de RNAs, biogênese ribossomal e resposta a estresses. Estudos têm demonstrado a importância de uma dessas helicases (RhlB) para o fitness celular e adaptação das células em baixas temperaturas. O objetivo deste projeto é definir a participação da RNA helicase da família DEAD-box RhlB no processamento dos RNAs celulares e na biogênese do ribossomo em Caulobacter. Para isso, serão identificados os RNAs expressos na linhagem mutante rhlB sob diferentes condições de crescimento para avaliar o papel dessa helicase na expressão gênica global em resposta a estresse. Uma linhagem FLAG-RhlB será construída para verificar as interações físicas dessa helicase com os RNAs, particularmente sRNAs e mRNAs, e o mapeamento dos sítios de interação específicos dessa helicase com o degradossomo será feito por mutação sítio-dirigida. Serão realizados ensaios para verificar a associação de RhlB ao ribossomo, bem como avaliar sua participação na maturação do rRNA 5S.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

DE ARAUJO, HUGO L.; MARTINS, BIANCA P.; VICENTE, ALEXANDRE M.; LORENZETTI, ALAN P. R.; KOIDE, TIE; MARQUES, V, MARILIS. Cold Regulation of Genes Encoding Ion Transport Systems in the Oligotrophic Bacterium Caulobacter crescentus. MICROBIOLOGY SPECTRUM, v. 9, n. 1, SEP 2021. (19/08514-0, 18/17309-8, 19/13440-5, 14/13552-4, 17/03052-2)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

ARAÚJO, Hugo Libonati de. Estudo do papel das RNA helicases da família DEAD-box RhlB e RhlE na estabilidade de RNAs e na expressão gênica em Caulobacter crescentus. 2023. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Ciências Biomédicas (ICB/SDI) São Paulo.