Integração de dados de transcriptoma com dados clínicos e imunológicos

• Processo: 19/27146-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2020
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2024
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Imunologia - Imunogenética
• Pesquisador responsável: Helder Takashi Imoto Nakaya
• Beneficiário: Amanda Pereira Vasconcelos
• Instituição Sede: Centro de Inovação da USP (INOVA). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 18/14933-2 - Biologia integrativa aplicada à saúde humana, AP.JP2
• Assunto(s): Biologia de sistemas Transcriptoma Febre amarela Sepse Fisiopatologia
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: biologia de sistemas | Febre amarela | Fisiopatologia | integração de dados | sepse | Transcriptoma | Biologia de Sistemas

Resumo

Dados relacionados com a saúde humana estão sendo gerados e acumulados em uma quantidade sem precedentes na história. A análise e integração destas informações são fundamentais para melhorar nosso entendimento sobre a fisiopatologia das doenças, sua transmissão, assim como seu diagnóstico e tratamento. Esse projeto objetiva realizar uma análise integrativa de dados clínicos e de transcriptoma, em condições inflamatórias tais como Febre Amarela e Sepse, e investigar as complexas interações entre os componentes biológicos. Para isso, realizaremos análise de expressão diferencial, identificação dos módulos gênicos específicos para cada uma das condições inflamatórias e análises de enriquecimento de vias de sinalização dos dados de transcriptoma. Faremos também uma análise dos dados clínicos, identificando fatores de risco, preditivos, prognósticos e diagnósticos associados às doenças. Finalmente, realizaremos a integração de dados clínicos e moleculares, utilizando ferramentas de machine learning, para identificação de genes cuja expressão na fase aguda permitem predizer a mortalidade de pacientes. Espera-se que os resultados gerados com esse projeto possam esclarecer diversos mecanismos moleculares das doenças estudadas e melhorar a qualidade de vida dos pacientes. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

AQUIME GONCALVES, ANDRE NICOLAU; MASO, VANESSA ESCOLANO; SANTOS DE CASTRO, ICARO MAIA; VASCONCELOS, AMANDA PEREIRA; TOMIO OGAVA, RODRIGO LUIZ; NAKAYA, HELDER, I. High-Throughput Transcriptome Analysis for Investigating Host-Pathogen Interactions. JOVE-JOURNAL OF VISUALIZED EXPERIMENTS, v. N/A, n. 181, p. 22-pg., 2022-03-01. (18/14933-2, 13/08216-2, 19/13880-5, 19/16418-0, 19/27146-1, 12/19278-6, 20/05284-0, 17/50137-3, 18/21934-5)

SANTOS E SILVA, JUAN CARLO; VASCONCELOS, AMANDA PEREIRA; YONEHARA NOMA, ISABELLA HARUMI; NORONHA, NATALIA YUMI; AQUINO, RODRIGO; GIDDALURU, JEEVAN; DURAO, LUIZ; COSTA-MARTINS, ANDRE GUILHERME; SCHUCH, VIVIANE; MORAES-VIEIRA, PEDRO M.; et al. Gene signatures of autopsy lungs from obese patients with COVID-19. CLINICAL NUTRITION ESPEN, v. 44, p. 475-478, AUG 2021. (19/27139-5, 18/14933-2, 20/04579-7, 19/27146-1)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

VASCONCELOS, Amanda Pereira. Investigação de mecanismos moleculares associados ao dimorfismo sexual em humanos.. 2024. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Conjunto das Químicas (IQ e FCF) (CQ/DBDCQ) São Paulo.