Human transcript validation initiative

• Grant number: 00/12500-8
• Support Opportunities: Genome Research Grants
• Start date: December 01, 2000
• End date: November 30, 2003
• Field of knowledge: Biological Sciences - Biochemistry - Molecular Biology
• Principal Investigator: Suely Kazue Nagahashi Marie
• Grantee: Suely Kazue Nagahashi Marie
• Host Institution: Faculdade de Medicina (FM). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brazil
• City of the host institution: São Paulo

Abstract

O objetivo deste projeto é o de validar a estrutura e definir as sequências de pelo menos 2000 genes humanos completos durante o período de 2 anos. Ao contrário dos projetos de sequenciamento convencional de cDNA completos, tal como o MGC, a estrutura gênica será caracterizada e validada sem a construção de bibliotecas de cONA altamente elaboradas ou da determinação de transcritos completos. As sequências gênicas serão selecionadas a partir das sequências já disponíveis do Projeto Genoma Humano do Câncer. Estas sequências serão usadas como moldes para o mapeamento de marcadores de sequências expressas (EST, convencional ou ORESTES), como também, para identificação por análise computacional. A construção dos iniciadores para a validação de supostos genes será baseada no mapeamento de EST, predição computacional de exons e padrões de organização genômica, tais como, comprimento médio de genes, exon/intron e distribuição. A validação será realizada por RT -PCR, subclongem de insertos e sequenciamento. Um banco de dados permitirá a catalogação de genes será criado e também de informações adicionais sobre localização cromossômica, padrão de expressão, formas transcricionais alternativase, etc. Os genes a serem sequenciados estarão em conformidade com outros cDNA sequenciados em projetos internacionais para evitar duplicidade. (AU)