Automated survey and management of ecological and genetic data available in public databases

• Grant number: 22/08676-2
• Support Opportunities: Scholarships in Brazil - Technical Training Program - Technical Training
• Start date: August 01, 2022
• End date: July 31, 2023
• Field of knowledge: Biological Sciences - Genetics
• Principal Investigator: Isabel Aparecida da Silva Bonatelli
• Grantee: João Roberto Fentanes Machado
• Host Institution: Instituto de Ciências Ambientais, Químicas e Farmacêuticas (ICAQF). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus Diadema. Diadema , SP, Brazil
• Associated research grant: 20/16162-3 - Automated and predictive comparative phylogeography of neotropical species, AP.R

Abstract

Atualmente, um grande volume de dados ecológicos e genéticos estão disponíveis em bancos de dados públicos. No entanto, a velocidade com que esses dados vêm se acumulando supera o desenvolvimento de ferramentas para seu processamento (p.ex. dados genômicos obtidos por sequenciamento de nova geração). Dessa forma, meios automatizados para coleta, organização e análise ainda precisam ser aprimorados. Com isso, esse projeto auxiliará na obtenção desses dados por meio de buscas em bancos de dados e montagens de planilhas de associação de forma automatizada, contribuindo para a elaboração de um banco de dados específico para estudos filogeográficos. Os resultados desse estudo auxiliarão na identificação e organização dos dados disponíveis para diferentes comunidades e biomas neotropicais, contribuindo com tomadas de decisão, preparo e prospecção de estudos, assim como na gestão de dados.