Repetome analysis in orchids from subfamily Epidendroideae

• Grant number: 23/05970-0
• Support Opportunities: Scholarships in Brazil - Technical Training Program - Technical Training
• Start date: June 01, 2023
• End date: August 31, 2023
• Field of knowledge: Biological Sciences - Genetics - Plant Genetics
• Principal Investigator: Ana Paula de Moraes
• Grantee: Ana Carolina Humberto
• Host Institution: Centro de Ciências Naturais e Humanas (CCNH). Universidade Federal do ABC (UFABC). Santo André , SP, Brazil
• Associated research grant: 22/05890-3 - Association between cytogenetics and ecological traits in Orchidaceae: an integration of cytogenetics, systematics and ecology in the study of neotropical orchids evolution, AP.R

Abstract

Variações de tamanho de genoma (TG) são consideradas uma das principais barreiras reprodutivas pós-zigóticas em plantas, sendo que tais variações podem estar associadas com processos de especiação ou de diversificação das plantas. A análise da composição do repetoma, via análises de bioinformática, permite desvendar quais sequência são responsáveis pelas mudanças dos TGs, permitindo inferências quanto às causas e o tempo da ocorrência de tais variações de TGs. A família Orchidaceae apresenta a segunda maior variação de TG dentre as famílias de plantas e a subfamília Epidendroideae sozinha representa a maior parte da variação da família. Muitas das suas espécies já foram sequenciadas e os dados estão disponíveis no banco de DNA European Nucleotide Archive (ENA; https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/). Por agrupar centenas de genomas, o ENA configura hoje como uma importante fonte de informação para projetos de bioinformática. A análise desses genomas já sequenciados permitirá gerar um banco de sequências previamente anotadas que pode otimizar o processo de anotação das espécies foco de estudo do projeto principal. Desta forma, a análise da composição genômica de espécies das tribos Cymbidae e Epidendrea (subfamília Epidendroideae) pode fornecer, ao projeto principal, um banco de sequências de DNA satélites típicas das orquídeas, além da anotação mais aprimorada de elementos transponíveis nestas espécies. Essas sequências anotadas poderão ser empregadas como um banco de dados acessório, otimizando a obtenção de resultados das espécies foco do projeto principal. Desta forma, a união da citometria de fluxo, revelando os TGs, com a bioinformática, revelando as sequências responsáveis pelas mudanças de TGs oferecerá um suporte robusto ao projeto principal, otimizando os resultados, permitindo a melhor compreensão da evolução de TG em Orchidaceae. (AU)