Molecular Modeling and MD simulations of protein-peptide complexes

• Grant number: 24/23017-0
• Support Opportunities: Scholarships in Brazil - Technical Training Program - Technical Training
• Start date: April 01, 2025
• End date: August 31, 2025
• Field of knowledge: Interdisciplinary Subjects
• Principal Investigator: Raghuvir Krishnaswamy Arni
• Grantee: Nikhil Agrawal
• Host Institution: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brazil
• Associated research grant: 20/08615-8 - PROTEIN EXOSITES, CRYPTIC SITES AND MOONLIGHTING: IDENTIFICATION, FUNCTIONAL MAPPING AND EFFECTS OF CHANGES IN STRUCTURE., AP.TEM

Abstract

Este projeto tem como objetivo identificar e caracterizar interações peptídeo-proteína utilizando técnicas de modelagem. Peptídeos selecionados através de exibição de fagos contra alvos de interesse ser submetido a simulações de previsão estrutural, docking e dinâmica molecular (MD) para avaliar seus modos de ligação e afinidades. Além disso, uma ferramenta de bioinformática será desenvolvido para pesquisar bancos de dados de proteínas em busca de potenciais segmentos contendo proteínas parceirasque correspondem aos peptídeos identificados.