Análise de dados de sequenciamento NGS (Next-Generation Sequencing): bioinformática aplicada ao estudo de genomas e transcriptomas

• Processo: 15/15346-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2015
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2017
• Área de conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Carlos Frederico Martins Menck
• Beneficiário: Jonas Weissmann Gaiarsa
• Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 12/25387-2 - Estabelecimento de uma facility de sequenciamento de nova geração como ferramenta de investigação em sistemas biológicos, AP.R
• Assunto(s): Genômica Transcriptômica Sequenciamento de nova geração Genomas Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Facility | Genômica | Ngs | Transcriptômica | Bioinformática

Resumo

Esta proposta prevê o desenvolvimento da estrutura de bioinformática do CEFAP, visando suprir a demanda crescente das plataformas NGS já operantes. O Centro conta atualmente com toda a infraestrutura necessária para a análise de dados de genomas pequenos, médios (até 50 Mbp) e grandes (como genomas humanos). Pretendemos que sejam realizadas atividades de apoio aos usuários quanto a análises de ressequenciamento, transcriptomas e também montagem de novo de genomas, visando a orientação das melhores abordagens experimentais e orientação quanto ao data mining e análises pós-montagens. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

SOUZA, GLAUCIA MENDES; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI; LEE, HAYAN; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES; HOTTA, CARLOS TAKESHI; GAIARSA, JONAS WEISSMANN; DINIZ, AUGUSTO LIMA; OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS; FERREIRA, SAVIO DE SIQUEIRA; et al. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GIGASCIENCE, v. 8, n. 12, DEC 2019. (13/07467-1, 13/18322-4, 17/02842-0, 08/52074-0, 14/50921-8, 15/22993-7, 12/51062-3, 17/02270-6, 11/50761-2, 16/17545-8, 16/06917-1, 13/23048-9, 08/52146-0, 15/15346-5)

SOUZA, GLAUCIA MENDES; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI; LEE, HAYAN; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES; HOTTA, CARLOS TAKESHI; GAIARSA, JONAS WEISSMANN; DINIZ, AUGUSTO LIMA; OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS; FERREIRA, SAVIO DE SIQUEIRA; et al. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GIGASCIENCE, v. 8, n. 12, p. 18-pg., 2019-12-01. (14/50921-8, 17/02842-0, 08/52074-0, 15/22993-7, 08/52146-0, 13/18322-4, 12/51062-3, 13/07467-1, 17/02270-6, 11/50761-2, 13/23048-9, 16/06917-1, 15/15346-5, 16/17545-8)