Estabelecimento de uma facility de sequenciamento de nova geração como ferramenta de investigação em sistemas biológicos

Resumo

O desenvolvimento de plataformas como core-facilities de qualquer tipo no Brasil é um grande desafio, por várias questões que incluem a falta de cultura, pouco apoio de infraestrutura e gestão, dificuldades de importação de reagentes, etc. Para core-facilities de sequenciamento de nova geração deparamo-nos com desafios ainda maiores, em vista da rápida evolução tecnológica dos equipamentos e dos altos custos de reagentes para se realizar corridas de sequenciamento que, em geral, promovem a geração de dados em quantidade maior do que o efetivamente necessário pelo usuário. Essa enorme quantidade de dados também implica na necessidade da existência de núcleos de Bioinformática capazes de analisar os dados gerados para o pesquisador. Essas questões tornam as facilities de sequenciamento como pouco competitivas, inclusive com serviços similares prestados no exterior, reduzindo a capacidade de nuclear grupos competentes nessas tecnologias no país. Neste projeto propomos a centralização na aquisição de reagentes da facility GENIAL (Genome Investigation and Analysis Laboratory) inserida no CEFAP (Centro de Facilidades de Apoio à Pesquisa), através de financiamento próprio e importação pela FAPESP, de forma a propiciar o sequenciamento para laboratórios cujas necessidades sejam genomas pequenos (< 50 Mb, como exomas e genomas microbianos) e transcriptomas. Essa centralização tornaria a gestão de corridas nos equipamentos do CEFAP-USP mais simples e prática, ampliando em muito a capacidade de uso destes. Sequenciamento de exomas de camundongos mutantes do biotério do ICB também estão previstos no projeto, na busca das mutações responsáveis pelos fenótipos. Além disso, a solicitação de bolsas para dois técnicos de Bioinformática poderá auxiliar a solucionar limitações relacionadas à análise dos dados, impulsionando o uso dessa tecnologia. Solicitamos também um novo sequenciador, também de nova geração, mais limitado em termos de quantidade de material a ser sequenciado, porém capaz de produzir sequências maiores e com uma tecnologia diferente complementar a disponível atualmente, que certamente será útil para usos diversos inclusive confirmação de resultados de sequência de DNA que necessitem validação e geração de sequencias de genomas desconhecidos. (AU)