Agronomical & environmental genomes

• Grant number: 00/09058-1
• Support Opportunities: Genome Research Grants
• Start date: August 01, 2000
• End date: April 30, 2006
• Field of knowledge: Biological Sciences - Genetics - Molecular Genetics and Genetics of Microorganisms
• Principal Investigator: Marie-Anne Van Sluys
• Grantee: Marie-Anne Van Sluys
• Host Institution: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brazil
• City of the host institution: São Paulo
• Associated scholarship(s): 03/03305-5 - Agronomical & environmental genomes (AEG), BP.TT; 00/15014-7 - Agronomical and Environmental Genomes, BP.TT

Abstract

O programa "Agronomical & Environmental Genomes" (AEG) está associado ao ONSA/F APESP e tem como objetivo geral contribuir com a caracterização física de diferentes genomas associados a área ambiental e agronômica. Dentro do programa foram elaborados o sequenciamento de 06 genomas (3 genomas completos bacterianos e 3 ESTs). Dentre os genomas bacterianos foram realizados o sequenciamento do genoma de uma segunda linhagem de Xylella fastidiosa causadora de "Pierce's disease"; Leifsonia xylii subsp xylii e uma linhagem de Leptospira interrogans. No caso do sequenciamento de ESTs (expressed sequence tags) gerados a partir da extremidade 5' de um cDNA, foram analisadas diferentes tecidos de eucalipto, café e boi. Além do sequenciamento, realizou-se também a caracterização do potencial das proteínas expressas propriamente dito de todos os genomas bacterianos e uma análise está em andamento no banco de EST de eucalipto (FORESTs), café (CAFESTs) e boi (BEST). A anotação dos bancos permite a caracterização de vias metabólicas potenciais inclusive de rotas ainda não estabelecidas e são hoje consideradas ferramentas essenciais para a reconstrução metabólica do organismo em estudo. O estudo comparativo entre os organismos plenamente sequenciados contribuem com o conhecimento de genes universais que garantem a vida, além da identificação daqueles que podem ser transferidos lateralmente entre espécies distantes evolutivamente porém que tenham um contato ambiental próximo. (AU)