Genomic studies associated with resistance to endoparasites traits in Santa Ines sheep

• Grant number: 18/13050-0
• Support Opportunities: Scholarships in Brazil - Technical Training Program - Technical Training
• Start date: August 01, 2018
• End date: December 31, 2019
• Field of knowledge: Agronomical Sciences - Animal Husbandry - Genetics and Improvement of Domestic Animals
• Principal Investigator: Claudia Cristina Paro de Paz
• Grantee: Luiza Vage Coelho Sartori
• Host Institution: Instituto de Zootecnia. Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios (APTA). Nova Odessa , SP, Brazil
• Associated research grant: 16/14522-7 - Genomic studies associated with resistance to endoparasites traits in Santa Inês sheep, AP.TEM

Abstract

O rebanho ovino brasileiro cresce de maneira significativa, embora o país ainda não seja autossuficiente para atender a demanda de carne do mercado interno. Os principais motivos que fazem com que a demanda do mercado consumidor não seja atendida são relacionados com o manejo antiquado adotado pela maioria dos produtores, em que os animais são criados de forma extensiva com pouca ou nenhuma tecnologia empregada, e com a susceptibilidade da espécie aos endoparasitas, principalmente aos gastrointestinais. As principais características utilizadas para medir a resistência de ovinos à endoparasitas gastrointestinais são a coloração da conjuntiva ocular (CCO), contagem de ovos por grama de fezes (OPG), proteína plasmática (PP), volume globular (VG) e coprocultura (%H) que mede a porcentagem do endoparasita Haemonchus contortus. Assim, os objetivos deste projeto serão: (1) Genotipar cerca de 1.150 ovinos Santa Inês com o Ovine SNP50 Genotyping BeadChip (Illumina); (2) Estimar parâmetros genéticos para as características relacionadas à resistência a verminose em ovinos Santa Inês, por meio de modelos mistos utilizando o método da máxima verossimilhança restrita e inferência Bayesiana; (3) Realizar estudos de seleção genômica utilizando modelos lineares, Bayesianos e de Redes Neurais para obtenção dos valores genômicos para as características em estudo; (4) Realizar estudo de associação genômica ampla (GWAS) para as características em estudo; (5) Calcular o desequilíbrio de ligação e os níveis de endogamia da população e estimar seus efeitos (depressão endogâmica) sobre as características estudadas por meio de corridas de homozigose (ROH); (6) Identificar regiões com variações no número de cópias nos segmentos de DNA (CNVs) visando detectar genes candidatos relacionadas com as características estudadas. Serão realizadas análises de enriquecimento funcional a partir das regiões identificadas por GWAS e as regiões de CNV, utilizando o software DAVID (v.6.7). Com esse projeto espera-se conhecer as estimativas de parâmetros genéticos relacionados as características de resistência à verminoses gastrointestinais para condução de programas de melhoramento genético incluindo essas características como objetivo de seleção; avaliar o ganho em acurácia de predição dos valores genéticos/genômicos utilizando informação de marcadores SNPs nos modelos de predição genômica em relação aos modelos tradicionais; avaliar a necessidade de controlar o nível de endogamia utilizando informação genômica; e caracterizar regiões genômicas associadas com essas características afim de identificar genes candidatos. (AU)