| Grant number: | 20/15112-2 |
| Support Opportunities: | Scholarships in Brazil - Young Researchers |
| Start date: | December 01, 2020 |
| End date: | November 30, 2024 |
| Field of knowledge: | Biological Sciences - Genetics - Human and Medical Genetics |
| Principal Investigator: | Diogo Fernando Troggian Veiga |
| Grantee: | Diogo Fernando Troggian Veiga |
| Host Institution: | Faculdade de Ciências Médicas (FCM). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brazil |
| Associated research grant: | 19/07382-2 - Multi-omics integration for detection of novel chromatin biomarkers in human disorders: towards a better understanding of disease mechanisms and novel therapies, AP.JP |
Abstract O contínuo aprimoramento de tecnologias de sequenciamento e ômicas nos possibilitam mensurar e estudar diversos aspectos em doenças complexas. Nos últimos anos, o ensaio de cromatina acessível a transposase seguido de sequenciamento (ATAC-seq) permitiu desvendar a cromatina funcional de populações raras e mesmo de células individuais (single cells) provenientes de amostras clínicas, desta forma possibilitando o mapeando completo de regiões não-codificantes associados à doenças (regulomas). Em paralelo, os avanços na transcriptômica permitiram mensurar a expressão de genes e isoformas tanto em nível populacional quanto individual. Neste projeto, propomos o desenvolvimento de ferramentas computacionais utilizando aprendizado de máquina para análise integrativa em larga escala de regulomas e transcritomas, com o objetivo de encontrar regiões de cromatina associadas a doenças. Essas abordagens serão capazes de modelar a heterogeneidade populacional, e serão aplicadas para caracterizar regiões regulatórias da cromatina que controlam a transcrição de genes de interesse, tais como oncogenes e supressores de tumores. Desta forma, esperamos encontrar uma nova classe de biomarcadores de origem epigenética com potencial prognóstico e diagnóstico em várias doenças, incluindo tumores sólidos, cânceres no sangue, distúrbios neurológicos e autoimunes. Também propomos o desenvolvimento e validação da citometria digital, que permitirá obter o perfil (composição celular) de amostras de sangue e tecidos a partir de dados gerados em ATAC-seq, e que poderia substituir a citometria convencional em ambientes clínicos. Portanto, a identificação de novos elementos epigenéticos capazes de regular a expressão gênica é fundamental não apenas para entender melhor os mecanismos subjacentes à doença, mas também para identificar possíveis novos alvos para tratamento. (AU) | |
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