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Molecular diagnosis and next-generation sequencing for emerging viral infections in different clinical samples

Grant number: 22/14958-0
Support Opportunities:Scholarships in Brazil - Technical Training Program - Technical Training
Start date: January 01, 2023
End date: December 31, 2023
Field of knowledge:Biological Sciences - Genetics - Human and Medical Genetics
Principal Investigator:Svetoslav Nanev Slavov
Grantee:Marlon Breno Zampieri Lima
Host Institution: Hemocentro de Ribeirão Preto. Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da USP (HCMRP). Ribeirão Preto , SP, Brazil
Associated research grant:17/23205-8 - EVALUATION OF THE IMPACT OF EMERGING AND REEMERGING VIRUSES IN THE FIELD OF HEMOTHERAPY AND STEM CELL TRANSPLANTATION BY MULTIPLE-RESEARCH APPROACH, AP.JP

Abstract

As infecções virais emergentes apresentam grande desafio para a comunidade científica, não apenas pelo surgimento imprevisto mas também pela gravidade dos sintomas induzidos. O mundo ainda evidencia os efeitos da disseminação do patógeno SARS-CoV-2 cujo surgimento foi relacionado com altas taxas de mortalidade e morbidade. Um dos grandes desafios na ciência atual é a identificação desses vírus emergentes pois as metodologias existentes aplicam primers e sondas que não amplificam genomas desconhecidos. Portanto, a metagenômica viral é principal método que pode revelar a abundância total de vírus em amostras clínicas de várias origens. No entanto, outro relevante desafio é a confirmação molecular dos agentes encontrados nas amostras já que a classificação bioinformática não é tão precisa podendo apresentar vários artefatos e contaminações. Portanto, objetivo desse projeto é avaliar as características moleculares de diversos vírus que foram identificados através da análise metagenômica em amostras de sangue e swabs da nasofaringe. As triagens seriam feitas em duas vertentes: i) confirmação molecular do vírus emergente gemycircular SL3 em amostras de doadores de sangue de três regiões brasileiras e ii) conformação molecular dos vírus metapneumovírus, papilomavirus 5, herpesvírus 7, herpesvírus 6, vírus Epstein bar, human ortobulavirus 2, e poliomavírus em amostras de pacientes pediátricos com sintomatologia aguda porém negativos para SARS-CoV-2. O aluno também auxiliara os procedimentos de sequenciamento de última geração realizados pelo grupo. (AU)

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Scientific publications
(The scientific publications listed on this page originate from the Web of Science or SciELO databases. Their authors have cited FAPESP grant or fellowship project numbers awarded to Principal Investigators or Fellowship Recipients, whether or not they are among the authors. This information is collected automatically and retrieved directly from those bibliometric databases.)
DE CAMPOS, GABRIEL MONTENEGRO; SANTOS, HAZERRAL DE OLIVEIRA; LIMA, ALEX RANIERI JERONIMO; LEITE, ANDERSON BRANDAO; RIBEIRO, GABRIELA; BERNARDINO, JARDELINA DE SOUZA TODAO; DO NASCIMENTO, JEAN PHELLIPE MARQUES; SOUZA, JULIANA VANESSA CAVALCANTE; DE LIMA, LOYZE PAOLA OLIVEIRA; LIMA, MARLON BRENO ZAMPIERI; et al. Unveiling viral pathogens in acute respiratory disease: Insights from viral metagenomics in patients from the State of Alagoas, Brazil. PLoS Neglected Tropical Diseases, v. 18, n. 9, p. 11-pg., . (21/11944-6, 17/23205-8, 22/00910-6, 23/12155-0, 22/14958-0)
LIMA, MARLON BRENO ZAMPIERI; DANIEL, THUANY GIOVANA PEREIRA; BITENCOURT, HELLEN TAYANA OLIVEIRA; ALCANTARA, LUIZ CARLOS JUNIOR; HADDAD, RODRIGO; KASHIMA, SIMONE; ELIAS, MARIA CAROLINA; GIOVANETTI, MARTA; SAMPAIO, SANDRA COCCUZZO; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV. Molecular frequency of human gemycircularvirus (GCYV) dna among blood donors from the Brazilian Amazon. TRANSFUSION CLINIQUE ET BIOLOGIQUE, v. 31, n. 2, p. 4-pg., . (22/00910-6, 17/23205-8, 21/11944-6, 18/15826-5, 22/14958-0)
DA SILVA, ANIELLY SARANA; DE CAMPOS, GABRIEL MONTENEGRO; ALTIZANI, GABRIELA MARENGONE; BARROS, ALICE CHAGAS; JUNQUEIRA, DENNIS MALETICH; KASHIMA, SIMONE; SAMPAIO, SANDRA COCCUZZO; ELIAS, MARIA CAROLINA; GIOVANETTI, MARTA; SCRIDELI, CARLOS ALBERTO; et al. Human pegivirus-1 (HPgV-1) RNA frequency and genotype distribution in pediatric oncology patients with febrile neutropenia. VIRUS RESEARCH, v. 350, p. 5-pg., . (22/14958-0, 17/23205-8, 22/00910-6, 21/11944-6)