Identification of protein structures using AlphaFold on plant-microorganism transcriptome data.

• Grant number: 24/04412-6
• Support Opportunities: Scholarships in Brazil - Technical Training Program - Technical Training
• Start date: May 01, 2024
• End date: February 28, 2025
• Field of knowledge: Interdisciplinary Subjects
• Principal Investigator: Marie-Anne Van Sluys
• Grantee: Luciana Renata de Oliveira
• Host Institution: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brazil
• Associated research grant: 16/17545-8 - Genes, genomes & transposable elements contribution to plant-microbe interaction: a sugarcane study case, AP.BIOEN.TEM

Abstract

A interação planta-microorganismos representa um dos processos de fundamental relevância para o funcionamento de ecossistemas naturais, bem como agrícolas. A compreensão de seus componentes e dos processos que controlam essa interação biológica tem potencial de melhorar a produtividade das culturas e monitorar a qualidade ambiental. Este projeto pretende contribuir na elucidação deste sistema complexo através da utilização de ferramentas de bioinformática dos transcriptomas de planta-microorganismos para identificar e classificar a estrutura de proteínas através dos transcritos únicos e compartilhados entre as variedades de cana de açucar.A classificação será feita através do AlphaFold, que é um sistema de inteligência artificial desenvolvido pela DeepMind que faz previsões precisas de última geração da estrutura de uma proteína a partir de sua sequência de aminoácidos.