Fast Protein Folding Studies Using Structure Based Models

• Grant number: 08/11211-4
• Support Opportunities: Scholarships in Brazil - Scientific Initiation
• Start date: March 01, 2009
• End date: December 31, 2009
• Field of knowledge: Biological Sciences - Biophysics - Molecular Biophysics
• Principal Investigator: Vitor Barbanti Pereira Leite
• Grantee: Débora Tavares de Lima
• Host Institution: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brazil

Abstract

O enovelamento de proteína é um problema de grande relevância em física biológica. Modelos teórico computacionais que tratam do enovelamento têm um importante papel neste estudo. Por meio de simulações computacionais, é possível acompanhar cada detalhe do processo de enovelamento de proteínas. Neste estudo utilizaremos a abordagem conhecida como teoria de Superfície de Energia (Energy Landscape) que trata o enovelamento por uma descrição estatística. O processo de enovelamento, geralmente é mapeado através de uma equação de difusão aplicada ao longo da coordenada de reação Q, que descreve o grau de similaridade de uma determinada configuração com o estado nativo da proteína. Por meio do modelo baseado em estrutura nativa (modelo C±), estudaremos pequenas proteínas tais como WW domain, Peripheral subunit binding (PSB) e »-repressor. Os tempos de enovelamento, potenciais efetivos e coeficientes de difusão D(Q) deverão ser calculados e comparados com os resultados experimentais e teóricos publicados recentemente.