| Processo: | 17/03052-2 |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Doutorado |
| Data de Início da vigência: | 01 de junho de 2017 |
| Data de Término da vigência: | 07 de março de 2021 |
| Área de conhecimento: | Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular |
| Acordo de Cooperação: | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) |
| Pesquisador responsável: | Tie Koide |
| Beneficiário: | Alan Péricles Rodrigues Lorenzetti |
| Instituição Sede: | Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil |
| Bolsa(s) vinculada(s): | 19/13440-5 - Detecção de transposases codificadas por Sequências de Inserção usando dados de proteômica, BE.EP.DR |
| Assunto(s): | Archaea |
| Palavra(s)-Chave do Pesquisador: | Archaea | Regulação pós-transcricional | RNAs não codificantes | Sequências de inserção | Microbiologia, Bioinformática |
Resumo Sequências de inserção (IS) são elementos genéticos móveis amplamente distribuídos nos procariontes e que causam grande impacto no genoma que as abrigam. Dependendo da situação, o impacto desses elementos pode ser benéfico ao hospedeiro, promovendo a diversidade genética e a modulação da expressão gênica. Por outro lado, são comuns eventos de mobilização que causam prejuízo, como por exemplo em casos onde a inserção de IS em genes essenciais compromete a viabilidade do organismo. Diversos mecanismos de regulação se encarregam de manter baixos os níveis de transposição, evitando efeitos deletérios. Em bactérias, um dos mecanismos que regulam a taxa de transposição de elementos da família IS200/IS605 atua em nível pós-transcricional, impedindo a tradução de RNAs mensageiros (mRNAs) codificadores de transposases por meio do acoplamento à proteína Hfq e/ou RNAs antisenso (asRNAs). Em arqueias, a proteína LSm, homóloga da Hfq, parece desempenhar função similar, entretanto, a literatura mostra que o conhecimento destes fenômenos ainda é bastante inferior no terceiro domínio da vida em relação ao conhecido para bactérias. Nosso grupo de pesquisa tem estudado diversos aspectos dos RNAs não codificantes (ncRNAs) da arqueia halófila Halobacterium salinarum NRC-1, inclusive no contexto das IS. Analisamos experimentos piloto de sequenciamento de RNAs coimunoprecipitados com LSm em H. salinarum NRC-1 e resultados preliminares indicam que aproximadamente 85% das IS intactas produzem RNAs que apresentam interação com essa proteína. O projeto de doutorado aqui proposto tem como objetivo identificar ncRNAs sense ou antisense derivados de IS, caracterizar sua interação com LSm, identificar possíveis alvos de regulação e por fim elucidar, tanto experimentalmente quanto in silico, sua estrutura secundária em H. salinarum NRC-1. A prevalência, conservação e especificidade da interação entre esses ncRNAs e LSm/Hfq em procariontes será analisada, contribuindo para a compreensão da regulação da transposição em nível pós-transcricional. (AU) | |
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