Multiple Imputation for QTL mapping in outcrossing species, with applications in sugarcane

• Grant number: 10/06715-3
• Support Opportunities: Scholarships in Brazil - Master
• Start date: August 01, 2010
• End date: January 31, 2012
• Field of knowledge: Agronomical Sciences - Agronomy - Crop Science
• Principal Investigator: Antonio Augusto Franco Garcia
• Grantee: Carina de Oliveira Anoni
• Host Institution: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brazil
• Associated research grant: 08/52197-4 - Genomic-assisted breeding of sugarcane: using molecular markers for understanding the genetic architecture of quantitative traits and to implement marker assisted selection, AP.BIOEN.TEM

Abstract

A cana-de-açúcar é uma espécie vegetal de suma importância econômica e social. O sucesso dessa atividade econômica está relacionado com os programas de melhoramento genético. A complexidade do genoma da cana-de-açúcar, como o alto grau de ploidia, com freqüente aneuploidia dificulta o seu melhoramento genético. Uma vez que caracteres de importância agronômica e industrial são de caráter quantitativo, o mapeamento de QTL's pode então ser importante para o melhor entendimento da arquitetura genética de tais caracteres e aperfeiçoar os programas de melhoramento. Mapear QTL's significa fazer inferências em todo o genoma sobre as relações entre o genótipo e o fenótipo de caracteres quantitativos. Entretanto no mapeamento de QTL's é comum a ocorrência de falta de informação do genótipo, pois nas posições localizadas entre os marcadores genéticos, os dados do genótipo do QTL não estão disponíveis. A falta de informação pode ser inferida a partir dos marcadores genéticos existentes, e nesse sentido métodos de imputação poderiam ser considerados uma vez que possibilitariam a identificação de regiões com eventual presença de QTL's. Os objetivos do presente trabalho são o desenvolvimento de uma nova abordagem considerando a imputação do genótipo faltante, para o mapeamento de QTL's em F1 segregantes baseada no modelo de no mapeamento por intervalo composto (CIM) proposta por Gazzafi (2009); usar tal abordagem para mapeamento de QTL's para caracteres de importância agronômica e industrial em cana-de-açúcar e fazer uma comparação da nova abordagem com as metodologias já existentes.

Scientific publications

(References retrieved automatically from Web of Science and SciELO through information on FAPESP grants and their corresponding numbers as mentioned in the publications by the authors)

COSTA, E. A.; ANONI, C. O.; MANCINI, M. C.; SANTOS, F. R. C.; MARCONI, T. G.; GAZAFFI, R.; PASTINA, M. M.; PERECIN, D.; MOLLINARI, M.; XAVIER, M. A.; et al. QTL mapping including codominant SNP markers with ploidy level information in a sugarcane progeny. EUPHYTICA, v. 211, n. 1, p. 1-16, SEP 2016. (10/06715-3, 05/55258-6, 08/52197-4, 08/57908-6)

Academic Publications

(References retrieved automatically from State of São Paulo Research Institutions)

ANONI, Carina de Oliveira. QTL mapping in a full-sib family of sugarcane using multiple imputation. 2012. Master's Dissertation - Universidade de São Paulo (USP). Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALA/BC) Piracicaba.