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Functional studies and prognostic value of a new gene associated with melanoma progression and oncogenic BRAF

Grant number: 10/16097-5
Support Opportunities:Scholarships in Brazil - Doctorate
Start date: December 01, 2010
End date: October 31, 2014
Field of knowledge:Biological Sciences - Biochemistry - Molecular Biology
Principal Investigator:Enilza Maria Espreafico
Grantee:Cristiano Gonçalves Pereira
Host Institution: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brazil
Associated scholarship(s):12/24056-2 - Functional characterization of melanoma-restricted genes (RMELs) associated with melanoma progression and BRAF V600E mutation, BE.EP.DR

Abstract

Utilizando ferramentas de bioinformática desenvolvidas localmente para a mineração de dados de ESTs, nosso grupo previamente identificou 29 clusters Unigene derivados exclusivamente de fontes de melanoma, e destes, três genes putativos como não tendo potencial codificador foram validados experimentalmente com expressão restrita a este tipo de tumor. Durante meu mestrado, continuamos com a análise de validação de um grupo de genes com potencial codificador desta mesma lista, e dentre os genes selecionados, foi observado que o gene HTA, representado pelo cluster Unigene Hs.382776, não se apresentou com expressão tão específica ao melanoma, porém uma elevada expressão em linhagens e tumores metastáticos foi detectada, além desta estar correlacionada diretamente com a mutação oncogênica de BRAFV600E. Interessantemente, vimos que o silenciamento deste gene por siRNA diminui consideravelmente a capacidade das células de crescerem independente de ancoragem. Recentemente, foi publicado um trabalho que mostra que o gene HTA está associado a tumores, principalmente em câncer hepatocelular, sendo um bom alvo molecular para o desenvolvimento de novas terapias para o câncer. A proposta deste trabalho visa a caracterização funcional do gene HTA, analisando seu papel na manutenção do fenótipo maligno em melanoma, e verificando sua importância como alvo terapêutico e/ou ainda como marcador prognóstico para guiar o tratamento desta neoplasia. Iremos avaliar se o gene HTA exerce função de um oncogene ou de um gene necessário para a transformação induzida por um oncogene em células imortalizadas, analisando sua relação com o oncogene BRAFV600E. Serão analisados os efeitos sobre a proliferação, capacidade de crescimento independente de ancoragem, viabilidade, migração e invasão in vitro e tumorigenicidade e metástase in vivo, através da indução de ganho ou perda de função do gene. Além disso, iremos analisar simultaneamente a expressão do gene HTA, RMEL1, RMEL2 e RMEL3, em amostras de tumores e sangue periférico de pacientes com melanoma com o objetivo de avaliar seu valor como marcador prognóstico individualmente ou em conjunto com outros potenciais marcadores. Estes ensaios clínicos serão realizados em parceria com o Hospital de Câncer de Barretos por meio da técnica de Multiplex RT-PCR em tempo real utilizando sondas específicas para cada gene. Iremos ainda verificar se há a presença de anticorpos circulantes contra a proteína recombinante em soro de pacientes com melanoma nos diversos níveis de progressão. Enfim, este projeto irá esclarecer os mecanismos funcionais deste novo gene em melanoma, que pode servir como um marcador molecular ou alvo para o diagnóstico e aplicações terapêuticas.

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Scientific publications
(References retrieved automatically from Web of Science and SciELO through information on FAPESP grants and their corresponding numbers as mentioned in the publications by the authors)
CARDOSO, CIBELE; SERAFIM, RODOLFO B.; KAWAKAMI, AKINORI; PEREIRA, CRISTIANO GONCALVES; ROSZIK, JASON; VALENTE, VALERIA; VAZQUEZ, VINICIUS L.; FISHER, DAVID E.; ESPREAFICO, ENILZA M.. The lncRNA RMEL3 protects immortalized cells from serum withdrawal-induced growth arrest and promotes melanoma cell proliferation and tumor growth. PIGMENT CELL & MELANOMA RESEARCH, v. 32, n. 2, p. 303-314, . (18/04017-9, 14/50928-2, 12/24056-2, 13/13465-1, 14/18189-5, 13/08135-2, 10/16097-5)
GOEDERT, LUCAS; PEREIRA, CRISTIANO G.; ROSZIK, JASON; PLACA, JESSICA R.; CARDOSO, CIBELE; CHEN, GUO; DENG, WANLENG; YENNU-NANDA, VASHISHT GOPAL; SILVA, JR., WILSON A.; DAVIES, MICHAEL A.; et al. RMEL3, a novel BRAF(V600E)-associated long noncoding RNA, is required for MAPK and PI3K signaling in melanoma. ONCOTARGET, v. 7, n. 24, p. 36711-36718, . (13/08135-2, 12/24056-2, 14/18189-5, 10/16097-5, 14/07726-0)