Structural and functional studies of beta-galactosidases from Xanthomonas campestris

• Grant number: 11/05712-3
• Support Opportunities: Scholarships in Brazil - Doctorate (Direct)
• Start date: September 01, 2011
• End date: August 31, 2016
• Field of knowledge: Biological Sciences - Biophysics - Molecular Biophysics
• Principal Investigator: Igor Polikarpov
• Grantee: Andre Schutzer de Godoy
• Host Institution: Instituto de Física de São Carlos (IFSC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brazil
• Associated research grant: 08/56255-9 - (bioen-fapesp/pronex tematico) structure and function of enzymes and auxiliary proteins from trichoderma, active in cell-wall hydrolysis, AP.BIOEN.TEM
• Associated scholarship(s): 15/08406-1 - Biochemical and structural characterization of the novel auxiliary enzymes identified by a metasecretomic approach., BE.EP.DD

Abstract

Hidrolases de glicosídeos pertencem a um grupo bastante diversificado de enzimas que atuam em ligações glicosídicas. Baseado na sua classificação estrutural conhece-se atualmente mais de 120 famílias de hidrolases de glicosídeos. Nossa proposta é estudar as enzimas ²-galactosidases de Xanthomonas campestris, visando elucidar seu mecanismo de ação enzimática e suas propriedades bioquímicas, biofísicas e estruturais. Pretendemos também comparar as mesmas com as da ²-galactosidase do Penicillium, por nos resolvida anteriormente, bem como outras ²-galactosidases caracterizadas molecularmente até o momento. Além disso, objetivamos modificar ²-galactosidases de Xanthomonas campestris usando mutagênese sítio-dirigida, visando compreender o mecanismo de ação e modular a atividade catalítica dessa enzima tanto na hidrólise, como na síntese de oligossacarídeos. Esperamos que determinação de estruturas destas enzimas e sua análise funcional permitirão entender melhor as relações estrutura-função que governam estas hidrolases de glicosídeos e suas propriedades físico-químicas que conferem o balanço de atividades hidrolíticas e transgalactosílicas desta classe de enzimas.

Scientific publications

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GODOY, ANDRE S.; DE LIMA, MARIANA Z. T.; CAMILO, CESAR M.; POLIKARPOV, IGOR. Crystal structure of a putative exo-beta-1,3-galactanase from Bifidobacterium bifidum S17. ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS, v. 72, n. 4, p. 288-293, APR 2016. (09/52840-7, 11/20505-4, 08/56255-9, 09/05328-9, 11/05712-3)

PELLEGRINI, VANESSA O. A.; SERPA, VIVIANE ISABEL; GODOY, ANDRE S.; CAMILO, CESAR M.; BERNARDES, AMANDA; REZENDE, CAMILA A.; PEREIRA JUNIOR, NEI; CAIRO, JOAO PAULO L. FRANCO; SQUINA, FABIO M.; POLIKARPOV, IGOR. Recombinant Trichoderma harzianum endoglucanase I (Cel7B) is a highly acidic and promiscuous carbohydrate-active enzyme. Applied Microbiology and Biotechnology, v. 99, n. 22, p. 9591-9604, NOV 2015. (09/52840-7, 10/18773-8, 08/56255-9, 11/20977-3, 09/05328-9, 11/05712-3)

GODOY, ANDRE S.; DE LIMA, MARIANA Z. T.; CAMILO, CESAR M.; POLIKARPOV, IGOR. Crystal structure of a putative exo-beta-1,3-galactanase from Bifidobacterium bifidum S17. ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS, v. 72, p. 6-pg., 2016-04-01. (11/05712-3, 09/52840-7, 11/20505-4, 08/56255-9, 09/05328-9)

GODOY, ANDRE SCHUTZER; CAMILO, CESAR MOISES; KADOWAKI, MARCO ANTONIO; MUNIZ, HELOISA DOS S.; SANTO, MELISSA ESPIRITO; MURAKAMI, MARIO TYAGO; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; POLIKARPOV, IGOR. Crystal structure of beta 1 -> 6-galactosidase from Bifidobacterium bifidum S17: trimeric architecture, molecular determinants of the enzymatic activity and its inhibition by alpha-galactose. FEBS Journal, v. 283, n. 22, p. 4097-4112, NOV 2016. (09/52840-7, 11/20505-4, 08/56255-9, 09/05328-9, 14/06565-2, 11/05712-3)

GODOY, ANDRE SCHUTZER; CAMILO, CESAR MOISES; KADOWAKI, MARCO ANTONIO; MUNIZ, HELOISA DOS S.; SANTO, MELISSA ESPIRITO; MURAKAMI, MARIO TYAGO; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; POLIKARPOV, IGOR. Crystal structure of beta 1 -> 6-galactosidase from Bifidobacterium bifidum S17: trimeric architecture, molecular determinants of the enzymatic activity and its inhibition by alpha-galactose. FEBS Journal, v. 283, n. 22, p. 16-pg., 2016-11-01. (11/05712-3, 09/52840-7, 11/20505-4, 14/06565-2, 08/56255-9, 09/05328-9)

Academic Publications

(References retrieved automatically from State of São Paulo Research Institutions)

GODOY, Andre Schutzer de. Structural and functional studies of beta-galactosidases enzymes from bacteria. 2016. Doctoral Thesis - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Física de São Carlos (IFSC/BT) São Carlos.