Databank of Microbial Images for the Development of Recognition by Artificial Intelligence

• Grant number: 25/01381-5
• Support Opportunities: Scholarships in Brazil - Technical Training Program - Technical Training
• Start date: April 01, 2025
• End date: August 31, 2025
• Field of knowledge: Physical Sciences and Mathematics - Computer Science - Computing Methodologies and Techniques
• Principal Investigator: Solange Oliveira Rezende
• Grantee: Patricia da Silva Dias
• Host Institution: Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação (ICMC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brazil
• Associated research grant: 19/17721-9 - The role of Chemistry in holobiont adaptation, AP.TEM

Abstract

A candidata desenvolverá atividades técnicas no Grupo de Química Orgânica de Sistemas Biológicos - QOSBio, do Instituto de Química de São Carlos - IQSC, e também no Laboratório de Inteligência Computacional - LABIC, do Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação - ICMC. Ela atuará em laboratório de microbiologia, preparando materiais nutrientes e cultivando diferentes micro-organismos em placas de Petri para registro de imagem por fotografia e/ou captura por software computacional. Além do eventual isolamento de micro-organismos em culturas puras, auxiliará na coleta de imagens em alta resolução a partir de placas de Petri e na anotação de suas respectivas colônias de micro-organismos, processo que consiste em rotular uma determinada colônia com uma ou múltiplas categorias (ou classes) pré-estabelecidas (e.g., ordem, família, gênero e/ou espécie). Ela também contribuirá na manutenção do equipamento usado para coletar as imagens supracitadas, incluindo a câmera fotográfica, as luminárias, a webcâmera e o computador dedicado, além de realizar modificações nesse equipamento para adaptá-lo a um sistema de reconhecimento baseado em modelos de aprendizado de máquina, especialmente aqueles de aprendizado profundo. A candidata e o Dr. Antonio R. S. Parmezan, bolsista de pós-doutorado associado ao LABIC/ICMC no mesmo projeto, serão os principais pontos de contato entre os pesquisadores do QOSBio e do LABIC e os desenvolvedores da parte experimental do projeto relacionada ao reconhecimento de linhagens microbianas por inteligência artificial.