Biologia sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: contribuição dos RNAs não-codificantes ao modelo global de regulação gênica

• Processo: 09/09532-0
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2010
• Data de Término da vigência: 30 de junho de 2015
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Tie Koide
• Beneficiário: Tie Koide
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Pesquisadores associados: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio
• Bolsa(s) vinculada(s): 14/24087-0 - Validação da expressão de pequenos peptídeos em Halobacterium salinarum por meio de cromossomal tagging, BP.IC; 13/23712-6 - Identificação de pequenas proteínas e peptídeos no extremófilo Halobacterium salinarum: discriminando RNAs não-codificantes de pequenas ORFs, BP.PD; 13/04125-2 - Novas ferramentas genéticas para Archaea: validação funcional e modelagem da rede regulatória de RNA não codificantes de Halobacterium salinarum, BP.PD; + mais bolsas vinculadas 13/05651-0 - Estudos funcionais da chaperona de RNA Lsm em Halobacterium salinarum: construção de linhagem Knockout e avaliação fenotípica, BP.IC; 13/05652-6 - Construção de linhagem knockout para um RNA não-codificante da família HgcC em Halobacterium salinarum e avaliação fenotípica, BP.IC; 12/12734-6 - Bioinformática aplicada ao estudo do RNA Estruturoma de Halobacterium salinarum, BP.PD; 12/02896-9 - Predição de Interações RNA-Proteína por uma Abordagem Baseada em Combinação de Classificadores, BP.DR; 11/14455-4 - RNA-seq: segmentação e modelagem do sinal, BP.DD; 11/07487-7 - Identificação e caracterização de RNAs não codificantes ligantes a Lsm no extremófilo Halobacterium salinarum, BP.DR; 10/10195-5 - Caracterização de RNAs-não codificantes no extremófilo Halobacterium salinarum, BP.PD - menos bolsas vinculadas
• Assunto(s): Microbiologia Biologia sistêmica Regulação da expressão gênica Archaea RNA longo não codificante
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Archaea | biologia sistêmica | Microbiologia | Regulação gênica | RNAs não codificantes | Biologia sistêmica / microbiologia

Resumo

Abordagens sistêmicas para a compreensão global da célula vêm sendo amplamente utilizadas na era pós-genômica. A utilização de ferramentas computacionais, matemáticas e estatísticas aliadas a novas tecnologias em Biologia permitem o desenvolvimento de modelos globais com capacidades preditivas. Usualmente, modelos utilizando níveis globais de mRNAs e proteínas têm sido desenvolvidos. Entretanto, uma importante classe de moléculas regulatórias que ainda não são contempladas nesses modelos globais são os RNAs não-codificantes. Para identificar a sua influência nas redes de regulação gênica, propõe-se o estudo dessas moléculas em Halobacterium salinarum, um extremófilo modelo em Biologia Sistêmica. A caracterização de ncRNAs deverá ser realizada utilizando tanto abordagens em larga-escala como abordagens tradicionais mais direcionadas, além do uso de diversas ferramentas de bioinformática. Espera-se que a caracterização das redes de regulação globais deste organismo contribuam para o desenvolvimento de tecnologias para reengenharia e aplicações em biotecnologia. (AU)

Publicações científicas

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(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

ZARAMELA, LIVIA S.; VENCIO, RICARDO Z. N.; TEN-CATEN, FELIPE; BALIGA, NITIN S.; KOIDE, TIE. Transcription Start Site Associated RNAs (TSSaRNAs) Are Ubiquitous in All Domains of Life. PLoS One, v. 9, n. 9, SEP 19 2014. (11/14455-4, 11/07487-7, 09/09532-0)

SILVA-ROCHA, RAFAEL; PONTELLI, MARJORIE CORNEJO; FURTADO, GILVAN PESSOA; ZARAMELA, LIVIA SOARES; KOIDE, TIE. Development of New Modular Genetic Tools for Engineering the Halophilic Archaeon Halobacterium salinarum. PLoS One, v. 10, n. 6, JUN 10 2015. (13/04125-2, 11/07487-7, 13/23712-6, 09/09532-0)

LORENZETTI, ALAN P. R.; KUSEBAUCH, ULRIKE; ZARAMELA, LIVIA S.; WU, WEI-JU; DE ALMEIDA, JOAO P. P.; TURKARSLAN, SERDAR; L. G. DE LOMANA, ADRIAN; GOMES-FILHO, JOSE V.; VENCIO, RICARDO Z. N.; MORITZ, ROBERT L.; et al. A Genome-Scale Atlas Reveals Complex Interplay of Transcription and Translation in an Archaeon. MSYSTEMS, v. 8, n. 2, p. 22-pg., 2023-03-13. (17/03052-2, 15/21038-1, 11/07487-7, 19/13440-5, 13/21522-5, 09/09532-0)

GOMES-FILHO, JOSE VICENTE; ZARAMELA, LIVIA SOARES; DA SILVA ITALIANI, VALERIA CRISTINA; BALIGA, NITIN S.; VENCIO, RICARDO Z. N.; KOIDE, TIE. Sense overlapping transcripts in IS1341-type transposase genes are functional non-coding RNAs in archaea. RNA BIOLOGY, v. 12, n. 5, p. 490-500, MAY 4 2015. (13/21522-5, 10/10195-5, 11/07487-7, 09/09532-0)