Identificação de regiões com variações no número de cópias dos segmentos de DNA em bovinos da raça Girolando

• Processo: 15/08939-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2015
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2018
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Acordo de Cooperação: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
• Pesquisador responsável: Danísio Prado Munari
• Beneficiário: Tatiane Cristina Seleguim Chud
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Assunto(s): Bovinos leiteiros Variações do número de cópias de DNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bovinos de leite | dados genômicos | Snp | Estudo genômico em bovinos de leite

Resumo

Com avanço das tecnologias genômicas, permitiu-se detectar no genoma de humanos e animais domésticos elevado número de variações estruturais cromossômicas, sendo variação no número de cópias (CNV) nos segmentos de DNA o mais comum. No melhoramento genético de animais domésticos, CNVs podem auxiliar no aperfeiçoamento de características de produção e sanidade, pois a maioria dessas regiões influenciam na expressão de genes com funções biológicas específicas. O objetivo deste trabalho será identificar regiões com variações no número de cópias (CNVR) nos segmentos de DNA em bovinos da raça Girolando e verificar associação destas regiões com característica de produção de leite. Serão utilizados registros de 470 animais da raça Girolando genotipados com painel Illumina BovineSNP50 (54.609 SNP), 200 animais genotipados com painel Illumina BovineHD BeadChip (786.799 SNP) e 3 animais com genoma sequenciado, provenientes da base de dados genômicos da Embrapa Gado de Leite, Juiz de Fora, MG. A identificação dos CNVs será realizada por meio do modelo das cadeias ocultas de Markov implementado no software PennCNV e pelo software RAPTR-SV. Após identificação das CNVR, serão realizados estudos de associação com característica de produção de leite e estas serão validadas por meio da técnica de PCR em tempo real. (AU)

Publicações científicas

(10)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

BUZANSKAS, MARCOS ELI; GROSSI, DANIELA DO AMARAL; VENTURA, RICARDO VIEIRA; SCHENKEL, FLAVIO SCHRAMM; SELEGUIM CHUD, TATIANE CRISTINA; STAFUZZA, NEDENIA BONVINO; ROLA, LUCIANA DINIZ; CONCEICAO MEIRELLES, SARAH LAGUNA; MOKRY, FABIANA BARICHELLO; MUDADU, MAURICIO DE ALVARENGA; et al. Candidate genes for male and female reproductive traits in Canchim beef cattle. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE AND BIOTECHNOLOGY, v. 8, AUG 23 2017. (13/13972-0, 15/08939-0)

OLIVEIRA JUNIOR, GERSON A.; CHUD, TATIANE C. S.; VENTURA, RICARDO V.; GARRICK, DORIAN J.; COLE, JOHN B.; MUNARI, DANISIO P.; FERRAZ, JOSE B. S.; MULLART, ERIK; DENISE, SUE; SMITH, SHANNON; et al. Genotype imputation in a tropical crossbred dairy cattle population. JOURNAL OF DAIRY SCIENCE, v. 100, n. 12, p. 9623-9634, DEC 2017. (13/12097-9, 15/08939-0)

BUZANSKAS, MARCOS ELI; VENTURA, RICARDO VIEIRA; SELEGUIM CHUD, TATIANE CRISTINA; BERNARDES, PRISCILA ARRIGUCCI; DE ABREU SANTOS, DANIEL JORDAN; DE ALMEIDA REGITANO, LUCIANA CORREIA; DE ALENCAR, MAURICIO MELLO; MUDADU, MAURICIO DE ALVARENGA; ZANELLA, RICARDO; GUALBERTO BARBOSA DA SILVA, MARCOS VINICIUS; et al. Study on the introgression of beef breeds in Canchim cattle using single nucleotide polymorphism markers. PLoS One, v. 12, n. 2, FEB 9 2017. (12/23638-8, 15/12396-1, 15/08939-0, 13/19335-2, 15/25096-6)

BUZANSKAS, M. E.; PIRES, P. S.; CHUD, T. C. S.; BERNARDES, P. A.; ROLA, L. D.; SAVEGNAGO, R. P.; LOBO, R. B.; MUNARI, D. P.. Parameter estimates for reproductive and carcass traits in Nelore beef cattle. Theriogenology, v. 92, p. 204-209, APR 1 2017. (13/20091-0, 15/08939-0, 13/13972-0, 13/19335-2, 15/25096-6)

URBINATI, ISMAEL; STAFUZZA, NEDENIA BONVINO; OLIVEIRA, MARCOS TULIO; SELEGUIM CHUD, TATIANE CRISTINA; HIGA, ROBERTO HIROSHI; DE ALMEIDA REGITANO, LUCIANA CORREIA; DE ALENCAR, MAURICIO MELLO; BUZANSKAS, MARCOS ELI; MUNARI, DANISIO PRADO. Selection signatures in Canchim beef cattle. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE AND BIOTECHNOLOGY, v. 7, p. 9-pg., 2016-05-05. (14/02253-6, 13/09050-0, 15/08939-0, 13/19335-2)

BUZANSKAS, MARCOS ELI; GROSSI, DANIELA DO AMARAL; VENTURA, RICARDO VIEIRA; SCHENKEL, FLAVIO SCHRAMM; SELEGUIM CHUD, TATIANE CRISTINA; STAFUZZA, NEDENIA BONVINO; ROLA, LUCIANA DINIZ; CONCEICAO MEIRELLES, SARAH LAGUNA; MOKRY, FABIANA BARICHELLO; MUDADU, MAURICIO DE ALVARENGA; et al. Candidate genes for male and female reproductive traits in Canchim beef cattle. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE AND BIOTECHNOLOGY, v. 8, p. 10-pg., 2017-08-23. (13/13972-0, 15/08939-0)

URBINATI, ISMAEL; STAFUZZA, NEDENIA BONVINO; OLIVEIRA, MARCOS TULIO; SELEGUIM CHUD, TATIANE CRISTINA; HIGA, ROBERTO HIROSHI; DE ALMEIDA REGITANO, LUCIANA CORREIA; DE ALENCAR, MAURICIO MELLO; BUZANSKAS, MARCOS ELI; MUNARI, DANISIO PRADO. Selection signatures in Canchim beef cattle. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE AND BIOTECHNOLOGY, v. 7, MAY 5 2016. (13/09050-0, 13/19335-2, 14/02253-6, 15/08939-0)

JOAQUIM, LETICIA BORGES; SELEGUIM CHUD, TATIANE CRISTINA; PETROLI MARCHESI, JORGE AUGUSTO; SAVEGNAGO, RODRIGO PELICIONI; BUZANSKAS, MARCOS ELI; ZANELLA, RICARDO; CANTAO, MAURICIO EGIDIO; PEIXOTO, JANE OLIVEIRA; LEDUR, MONICA CORREA; IRGANG, RENATO; et al. Genomic structure of a crossbred Landrace pig population. PLoS One, v. 14, n. 2, FEB 28 2019. (15/08939-0, 13/20091-0)

STAFUZZA, NEDENIA BONVINO; ZERLOTINI, ADHEMAR; LOBO, FRANCISCO PEREIRA; BELEZA YAMAGISHI, MICHEL EDUARDO; SELEGUIM CHUD, TATIANE CRISTINA; CAETANO, ALEXANDRE RODRIGUES; MUNARI, DANISIO PRADO; GARRICK, DORIAN J.; MACHADO, MARCO ANTONIO; MARTINS, MARTA FONSECA; et al. Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds. PLoS One, v. 12, n. 3, MAR 21 2017. (15/08939-0)

GROSSI, DANIELA DO AMARAL; BERTON, MARIANA PIATTO; BUZANSKAS, MARCOS ELI; SELEGUIM CHUD, TATIANE CRISTINA; GRUPIONI, NATALIA VINHAL; PARO DE PAZ, CLAUDIA CRISTINA; LOBO, RAYSILDO BARBOSA; MUNARI, DANISIO PRADO. Genetic analysis on accumulated productivity and calving intervals in Nelore cattle. TROPICAL ANIMAL HEALTH AND PRODUCTION, v. 48, n. 1, p. 207-210, JAN 2016. (07/07116-3, 13/19335-2, 15/08939-0)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

CHUD, Tatiane Cristina Seleguim. Identificação de regiões com variações no número de cópias dos segmentos de DNA em bovinos de leite. 2018. Tese de Doutorado - Universidade Estadual Paulista (Unesp).