RNA interference may result in unexpected phenotypes in Caenorhabditis elegans

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De-Souza, Evandro A. ^{[1, 2]} ; Camara, Henrique ^{[3, 4, 1]} ; Salgueiro, Willian G. ^{[3, 4]} ; Moro, Raissa P. ^{[3, 4]} ; Knittel, Thiago L. ^{[3, 4]} ; Tonon, Guilherme ^{[3, 4]} ; Pinto, Silas ^{[3, 4, 1]} ; Pinca, Ana Paula F. ^[1] ; Antebi, Adam ^{[5, 6]} ; Pasquinelli, Amy E. ^[7] ; Massirer, Katlin B. ^{[4, 8, 9]} ; Mori, Marcelo A. ^{[3, 4, 1]}

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Univ Fed Sao Paulo, Program Mol Biol, BR-04044020 Sao Paulo - Brazil

^[2] Univ Fed Rio de Janeiro, Inst Bioquim Med Leopoldo de Meis, Program Mol Biol & Biotechnol, BR-21941902 Rio De Janeiro - Brazil

^[3] Univ Estadual Campinas, Dept Biochem & Tissue Biol, BR-13083862 Campinas, SP - Brazil

^[4] Univ Estadual Campinas, Program Genet & Mol Biol, BR-13083970 Campinas, SP - Brazil

^[5] Max Planck Inst Biol Ageing, D-50931 Cologne - Germany

^[6] Univ Cologne, Cologne Excellence Cluster Cellular Stress Respon, D-50931 Cologne - Germany

^[7] Univ Calif San Diego, Div Biol, La Jolla, CA 92093 - USA

^[8] Univ Estadual Campinas, CBMEG UNICAMP, Ctr Mol Biol & Genet Engn, BR-13083875 Campinas, SP - Brazil

^[9] Univ Estadual Campinas, Struct Genom Consortium UNICAMP, BR-13083875 Campinas, SP - Brazil

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: Nucleic Acids Research; v. 47, n. 8, p. 3957-3969, MAY 7 2019.
• Citações Web of Science: 3

Resumo

RNA interference (RNAi) is a valuable technique to determine gene function. In Caenorhabditis elegans, RNAi can be achieved by feeding worms bacteria carrying a plasmid expressing double-stranded RNA (dsRNA) targeting a gene of interest. The most commonly used plasmid vector for this purpose is L4440. However, it has been noticed that sequences within L4440 may elicit unspecific effects. Here, we provide a comprehensive characterization of these effects and their mechanisms and describe new unexpected phenotypes uncovered by the administration of unspecific exogenous dsRNA. An example involves dsRNA produced by the multiple cloning site (MCS) of L4440, which shares complementary sequences with some widely used reporter vectors and induces partial transgene silencing via the canonical and antiviral RNAi pathway. Going beyond transgene silencing, we found that the reduced embryonic viability of mir-35-41(gk262) mutants is partially reversed by exogenous dsRNA via a mechanism that involves canonical RNAi. These results indicate cross-regulation between different small RNA pathways in C. elegans to regulate embryonic viability. Recognition of the possible unspecific effects elicited by RNAi vectors is important for rigorous interpretation of results from RNAi-based experiments. (AU)

• Processo FAPESP: 12/00195-3 - Redes de regulação pós-transcricional por proteínas de ligação a RNA em células tronco embrionárias humanas
• Beneficiário: Katlin Brauer Massirer
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores
• Processo FAPESP: 10/52557-0 - Identificação de mecanismos responsáveis pelos efeitos benéficos da restrição calórica
• Beneficiário: Marcelo Alves da Silva Mori
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores
• Processo FAPESP: 17/22057-5 - Estudo dos efeitos fisiológicos e da herança transgeracional induzida por dieta rica em colesterol em Caenorhabditis elegans
• Beneficiário: Willian Goulart Salgueiro
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Processo FAPESP: 17/04377-2 - Estudo dos efeitos de Dicer sobre a função mitocondrial, o metabolismo e o envelhecimento em nematoides C. elegans
• Beneficiário: Silas Pinto da Silva
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 17/03423-0 - Caracterização de alterações proteicas tecido-específicas com o envelhecimento e a restrição calórica em C. elegans
• Beneficiário: Thiago Leite Knittel
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Processo FAPESP: 16/02207-0 - Identificação de interações soma-linhagem germinativa que possam afetar a longevidade em Caenorhabditis elegans
• Beneficiário: Evandro Araújo de Souza
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Mestrado
• Processo FAPESP: 17/08829-5 - Investigação da interação de Dicer com a via de sinalização de NAD+ no contexto do metabolismo e do envelhecimento em C. elegans
• Beneficiário: Guilherme Tonon da Silva
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Processo FAPESP: 15/01316-7 - Dicer, miRNAs e o controle da função mitocondrial no contexto do envelhecimento e da restrição calórica
• Beneficiário: Marcelo Alves da Silva Mori
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 17/01339-2 - Desvendando Mecanismos de Controle da Longevidade por RNAs Móveis
• Beneficiário: Henrique Camara
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 14/10814-8 - Determinação de fatores que controlam a expressão de Dicer in vivo em C. elegans
• Beneficiário: Evandro Araújo de Souza
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Processo FAPESP: 17/01184-9 - CAMeLEOm: análise entre espécies dos efeitos metabólicos, na expectativa de vida e ômicas de miméticos de restrição dietética
• Beneficiário: Marcelo Alves da Silva Mori
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Processo FAPESP: 14/25068-0 - Desvendando novos mecanismos responsáveis pelo controle não-autônomo da proteostase celular em C. elegans
• Beneficiário: Ana Paula Forti Pinca
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Processo FAPESP: 16/15958-3 - Interação soma-linhagem germinativa na longevidade: o papel de argonautas no envelhecimento de C. elegans
• Beneficiário: Raíssa de Paula Moro
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado