Genetic comparison of sickle cell anaemia cohorts from Brazil and the United States reveals high levels of divergence

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Cruz, Pedro R. S. ^[1] ; Ananina, Galina ^[1] ; Gil-da-Silva-Lopes, Vera Lucia ^[2] ; Simioni, Milena ^[2] ; Menaa, Farid ^[1] ; Bezerra, Marcos A. C. ^[3] ; Domingos, Igor F. ^[3] ; Araujo, Aderson S. ^[4] ; Pellegrino, Renata ^[5] ; Hakonarson, Hakon ^[5] ; Costa, Fernando F. ^[6] ; de Melo, Monica Barbosa ^[1]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Univ Campinas UNICAMP, Ctr Mol Biol & Genet Engn CBMEG, Lab Human Genet, Campinas, SP - Brazil

^[2] Univ Campinas UNICAMP, Fac Med Sci, Dept Med Genet & Genom Med, Campinas, SP - Brazil

^[3] Univ Fed Pernambuco, Genet Postgrad Program, Recife, PE - Brazil

^[4] Haematol & Haemotherapy Fdn Pernambuco HEMOPE, Recife, PE - Brazil

^[5] Childrens Hosp Philadelphia, Ctr Appl Genom, Abramson Res Ctr, Philadelphia, PA 19104 - USA

^[6] Univ Campinas UNICAMP, Haematol & Haemotherapy Ctr, Campinas, SP - Brazil

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: SCIENTIFIC REPORTS; v. 9, JUL 26 2019.
• Citações Web of Science: 1

Resumo

Genetic analysis of admixed populations raises special concerns with regard to study design and data processing, particularly to avoid population stratification biases. The point mutation responsible for sickle cell anaemia codes for a variant hemoglobin, sickle hemoglobin or HbS, whose presence drives the pathophysiology of disease. Here we propose to explore ancestry and population structure in a genome-wide study with particular emphasis on chromosome 11 in two SCA admixed cohorts obtained from urban populations of Brazil (Pernambuco and Sao Paulo) and the United States (Pennsylvania). Ancestry inference showed different proportions of European, African and American backgrounds in the composition of our samples. Brazilians were more admixed, had a lower African background (43% vs. 78% on the genomic level and 44% vs. 76% on chromosome 11) and presented a signature of positive selection and Iberian introgression in the HbS region, driving a high differentiation of this locus between the two cohorts. The genetic structures of the SCA cohorts from Brazil and US differ considerably on the genome-wide, chromosome 11 and HbS mutation locus levels. (AU)

• Processo FAPESP: 08/57441-0 - Alterações clínicas, celulares e moleculares nas hemoglobinopatias e em outras anemias hemolíticas hereditárias
• Beneficiário: Fernando Ferreira Costa
• Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Processo FAPESP: 12/06438-5 - Aplicação da técnica de microarray de alta densidade de marcadores na avaliação da suscetibilidade ao acidente vascular cerebral em pacientes com anemia falciforme
• Beneficiário: Pedro Rodrigues Sousa da Cruz
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 14/00984-3 - Doenças dos glóbulos vermelhos: fisiopatologia e novas abordagens terapêuticas
• Beneficiário: Fernando Ferreira Costa
• Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Processo FAPESP: 08/10596-0 - Uso da técnica de SNP array para detecção de variações no número de cópias do DNA (copy number variation, CNV) em defeitos congênitos de herança complexa: as fendas orais como modelo
• Beneficiário: Vera Lúcia Gil da Silva Lopes
• Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 15/13152-9 - Aplicação da técnica de microarray de alta densidade de marcadores na avaliação da suscetibilidade ao acidente vascular cerebral em pacientes com anemia falciforme: extensão do projeto inicial
• Beneficiário: Pedro Rodrigues Sousa da Cruz
• Linha de fomento: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado