Meta-omics analysis indicates the saliva microbiome and its proteins associated with the prognosis of oral cancer patients

Autor(es):Mostrar menos -

Granato, Daniela C. ^[1] ; Neves, Leandro X. ^[1] ; Trino, Luciana D. ^[1] ; Carnielli, Carolina M. ^[1] ; Lopes, Ariane F. B. ^[1] ; Yokoo, Sami ^[1] ; Pauletti, Bianca A. ^[1] ; Domingues, Romenia R. ^[1] ; Sa, Jamile O. ^[1] ; Persinoti, Gabriella ^[1] ; Paixao, Douglas A. A. ^[2] ; Rivera, Cesar ^{[1, 3]} ; de Sa Patroni, Fabio M. ^[4] ; Tommazetto, Geizecler ^[5] ; Santos-Silva, Alan R. ^[6] ; Lopes, Marcio A. ^[6] ; de Castro Jr, Gilberto ; Brandao, Thais B. ^[7] ; Prado-Ribeiro, Ana Carolina ^[7] ; Squina, Fabio M. ^[8] ; Telles, Guilherme P. ^[9] ; Paes Leme, Adriana F. ^[1]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] CNPEM, Lab Nacl Biociencias, LNBio, Campinas, SP - Brazil

^[2] CNPEM, Lab Nacl Biorrenovaveis, LNBr, Campinas, SP - Brazil

^[3] Univ Talca, Fac Ciencias Salud, Dept Estomatol, Talca, Region Del Maul - Chile

^[4] Univ Estadual Campinas, Ctr Biol Mol & Engn Genet, Campinas, SP - Brazil

^[5] Aarhus Univ, Dept Biol & Chem Engn BCE, DK-82000 Aarhus - Denmark

^[6] Univ Estadual Campinas UNICAMP, Fac Odontol Piracicaba, Dept Diagnost Oral, Piracicaba, SP - Brazil

^[7] Inst Canc Estado DesaoPaulo, Octavio Friers Oliveira, Sao Paulo - Brazil

^[8] Univ Sorocaba, Dept Proc Tecnol & Ambientais, Sao Paulo - Brazil

^[9] Univ Estadual Campinas, Inst Comp, Campinas, SP - Brazil

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS; v. 1869, n. 8 AUG 2021.
• Citações Web of Science: 0

Resumo

Saliva is a biofluid that maintains the health of oral tissues and the homeostasis of oral microbiota. Studies have demonstrated that Oral squamous cell carcinoma (OSCC) patients have different salivary microbiota than healthy individuals. However, the relationship between these microbial differences and clinicopathological outcomes is still far from conclusive. Herein, we investigate the capability of using metagenomic and metaproteomic saliva profiles to distinguish between Control (C), OSCC without active lesion (L0), and OSCC with active lesion (L1) patients. The results show that there are significantly distinct taxonomies and functional changes in L1 patients compared to C and L0 patients, suggesting compositional modulation of the oral microbiome, as the relative abundances of Centipeda, Veillonella, and Gemella suggested by metagenomics are correlated with tumor size, clinical stage, and active lesion. Metagenomics results also demonstrated that poor overall patient survival is associated with a higher relative abundance of Stenophotromonas, Staphylococcus, Centipeda, Selenomonas, Alloscordovia, and Acitenobacter. Finally, compositional and functional differences in the saliva content by metaproteomics analysis can distinguish healthy individuals from OSCC patients. In summary, our study suggests that oral microbiota and their protein abundance have potential diagnosis and prognosis value for oral cancer patients. Further studies are necessary to understand the role of uniquely detected metaproteins in the microbiota of healthy and OSCC patients as well as the crosstalk between saliva host proteins and the oral microbiome present in OSCC. (AU)

• Processo FAPESP: 18/18496-6 - O papel do álcool na transformação de células orais mediada por vesículas extracelulares
• Beneficiário: Adriana Franco Paes Leme
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Processo FAPESP: 18/02180-0 - Estudo da composição de glicoproteínas na superfície de vesículas extracelulares de plasma de pacientes com câncer de boca e sua correlação com o prognóstico
• Beneficiário: Carolina Moretto Carnielli
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 16/07846-0 - Análise peptidômica de vesículas extracelulares originadas de linhagens celulares, saliva e plasma de pacientes com carcinoma de células escamosas da cavidade oral
• Beneficiário: Adriana Franco Paes Leme
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 19/18751-9 - Descoberta e validação de alvos prognósticos para o câncer de boca em biópsias líquidas.
• Beneficiário: Daniela Campos Granato
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Jovens Pesquisadores
• Processo FAPESP: 19/21815-9 - Análise de N-terminômica "multiplex" dos secretomas gerados pela MMP-2 e ADAM17 em culturas de cardiomiócitos utilizando a proteômica quantitativa com TMT-TAILS
• Beneficiário: Ariane Fidelis Busso Lopes
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 09/54067-3 - EMU: aquisição de um espectrômetro de massas acoplado a cromatografia líquida para permitir ampliar a capacidade de atendimento de usuários e disponibilizar novas tecnologias no Laboratório de Espectrometria de Massas do Centro de Biologia Molecular Estrutural (ABTLUS)
• Beneficiário: Adriana Franco Paes Leme
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa Equipamentos Multiusuários
• Processo FAPESP: 18/11958-4 - Análise Proteômica de Vesículas Extracelulares Isoladas de Saliva e Plasma de Pacientes com Carcinoma de Células Escamosas para Estudo de Modificações Pós-Traducionais e Proposição de Marcadores Clínicos
• Beneficiário: Leandro Xavier Neves
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 15/50590-4 - Valorização da lignina em plantas de etanol celulósico: a conversão biocatalítica via ácido ferúlico a produtos químicos de alto valor
• Beneficiário: Fábio Márcio Squina
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOEN - Temático
• Processo FAPESP: 18/12194-8 - Imobilização de múltiplos potenciais biomarcadores, puros e obtidos a partir de biópsias líquidas, em estruturas metal-orgânicas (MOFs) para desenvolvimento de biossensores aplicados no diagnóstico e prognóstico de Câncer de cabeça e pescoço
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• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 18/15728-3 - Associação de proteínas de vesículas extracelulares derivadas de fibroblastos com a progressão do Carcinoma Espinocelular Oral
• Beneficiário: Jamile de Oliveira Sá
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 14/06485-9 - Investigação do mecanismo de regulação da metaloproteinase ADAM17 pela interação com Trx-1
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• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 18/15535-0 - Da descoberta à validação de alvos prognósticos para o câncer de boca em biópsias líquidas
• Beneficiário: Daniela Campos Granato
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores
• Processo FAPESP: 10/19278-0 - Estudo da regulação de ADAMs em câncer oral
• Beneficiário: Adriana Franco Paes Leme
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores