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SARS-CoV-2 glycosylation: a blueprint structural insight for understanding COVID-19 pathogenesis

Abstract

Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is an emerging human virus from the Coronaviridae family. SARS-CoV-2 is the etiological agent of novel pneumonia called COVID-19, coronavirus disease 2019. Due to the rapid increase in the number of cases that have affected countries, WHO declared COVID-19 outbreak an ongoing pandemic. As of April 1st, there are 750,890 confirmed cases and 36,405 deaths globally. Understanding host-virus dynamics is critical for development of prophylactic, diagnostic and therapeutic strategies and epidemiological control of COVID-19. Many features are yet to be understood on SARS-CoV-2 behavior and host response during infection, e.g. the molecular and cellular traits of severe, mild and asymptomatic infections, providing higher understanding of the pathogenesis. In this project we propose the application of proteome-wide spatial and temporal approach of SARS-CoV-2:host interaction, to be addressed in three interconnected fronts: (1) Assessment of activated signaling pathways by systematic quantitative analysis of temporal dynamics in protein and glycosylation changes during SARS-CoV-2 infection of human cells; (2) characterization of proteome and PTMs diversity of SARS-CoV-2; and (3) development of an early diagnostic and prognostic platform based on the proteomic profile of sera from patients with different clinical characteristics. The project proposed will contribute to understand the viral pathogenesis and prioritize biomarkers for rapid diagnostic tests. (AU)

Articles published in Agência FAPESP Newsletter about the research grant:
Un estudio puede dar origen a un test para prever si los pacientes con COVID-19 deben internarse 
Study could give rise to test able to predict whether COVID-19 patients will need to be hospitalized 
Articles published in other media outlets (60 total):
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Correio Popular (Campinas, SP): Método prevê riscos graves da Covid (01/Nov/2020)
Jornal de Piracicaba: Estudo da USP pode dar origem a teste capaz de prever hospitalização de pacientes (29/Oct/2020)
TV Cultura: Exame de sangue pode prever se paciente com Covid-19 precisa ser hospitalizado (28/Oct/2020)
Estadão.com: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever se paciente com covid-19 precisará ser hospitalizado (27/Oct/2020)
UOL: Estudo pode dar origem a exame capaz de prever internação por covid-19 (27/Oct/2020)
Portal R7: Covid-19: Estudo pode criar exame que prevê risco de complicações (27/Oct/2020)
Pfarma: Pesquisadores da USP desenvolvermteste capaz de prever se paciente com COVID-19 precisará ser hospitalizado (29/Dec/2020)
Portal Correio: Estudo pode criar teste que prevê se paciente precisará ser hospitalizado (12/Nov/2020)
Terra: Estudo prevê risco de paciente de covid desenvolver complicações (11/Nov/2020)
Correio Popular (Campinas, SP) online: Método prevê riscos graves da Covid (01/Nov/2020)
CBN Notícias (Vitória, ES): Exame poderá prever se paciente com a Covid-19 precisa ser internado (31/Oct/2020)
ANADEM - Sociedade Brasileira de Direito Médico e Bioética: Estudo da USP busca prever se paciente com COVID-19 precisará ser hospitalizado (30/Oct/2020)
Ceedec - Centro de Educação Especializado: COVID-19: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever hospitalização de pacientes (30/Oct/2020)
Diário do Rio Claro online: Boas Notícias: Covid-19 (29/Oct/2020)
Diário do Rio Claro: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever hospitalização de pacientes (29/Oct/2020)
Plantão News (MT): Estudo pode dar origem a teste para prever se paciente com COVID-19 precisará ser hospitalizado (29/Oct/2020)
LabNetwork: Teste pode ser capaz de prever se paciente com Covid-19 precisará ser hospitalizado (29/Oct/2020)
CBDL - Câmara Brasileira de Diagnóstico Laboratorial: Nova metodologia permite prever complicações de pacientes com Covid-19 (29/Oct/2020)
Cassilândia Notícias: Covid: estudo pode dar origem a teste capaz de prever hospitalização de paciente (29/Oct/2020)
Paulínia 24 Horas Notícia: [Covid-19] Estudo pode dar origem a teste capaz de prever hospitalização de pacientes (29/Oct/2020)
Folha do Estado da Bahia (Feira de Santana, BA) online: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever hospitalização (28/Oct/2020)
Folha do Estado da Bahia (Feira de Santana, BA) online: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever hospitalização de pacientes (28/Oct/2020)
Região Noroeste : Teste poderá ser capaz de prever hospitalização de pacientes (28/Oct/2020)
NewsLab online: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever se paciente com COVID-19 precisará ser hospitalizado (28/Oct/2020)
Painel Notícias: COVID-19: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever hospitalização de pacientes (28/Oct/2020)
Canaltech: Estudo da USP busca prever se paciente com COVID-19 precisará ser hospitalizado (28/Oct/2020)
Notícias ao Minuto: COVID-19: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever hospitalização de pacientes (28/Oct/2020)
ContilNet Notícias: COVID-19: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever hospitalização de pacientes (28/Oct/2020)
Catve: Exame de sangue pode prever se paciente com Covid-19 precisa ser hospitalizado (28/Oct/2020)
Jornal Folha da Terra (Itupeva, SP) online: COVID-19: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever hospitalização de pacientes (28/Oct/2020)
Canindeyu Digital (Paraguai): COVID-19: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever hospitalização de pacientes (28/Oct/2020)
Yahoo! Finanças: Estudo da USP busca prever se paciente com COVID-19 precisará ser hospitalizado (28/Oct/2020)
Ipa Online: COVID-19: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever hospitalização de pacientes (28/Oct/2020)
Yahoo! Vida e Estilo: Estudo da USP busca prever se paciente com COVID-19 precisará ser hospitalizado (28/Oct/2020)
Terra: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever se paciente com covid-19 precisará ser hospitalizado (27/Oct/2020)
DCI online: Covid-19: exame de sangue pode prever gravidade da doença (27/Oct/2020)
Portal do Governo do Estado de São Paulo: COVID-19: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever hospitalização de pacientes (27/Oct/2020)
Medicina S/A: Teste poderá prever se paciente com Covid será hospitalizado - Medicina S/A (27/Oct/2020)
MSN: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever se paciente com covid-19 precisará ser hospitalizado (27/Oct/2020)
Jornal do Comércio (RS) online: Estudo pode indicar teste para prever se paciente com Covid-19 precisará ser hospitalizado (27/Oct/2020)
Consecti - Conselho Nacional de Secretários Estaduais para Assuntos de CT&I: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever se paciente com COVID-19 precisará ser hospitalizado (27/Oct/2020)
Plantão News (MT): Estudo pode dar origem a teste capaz de prever se paciente com COVID-19 precisará ser hospitalizado (27/Oct/2020)
Investe São Paulo: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever se paciente com COVID-19 precisará ser hospitalizado (27/Oct/2020)
Espaço Ecológico no Ar: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever se paciente com COVID-19 precisará ser hospitalizado (27/Oct/2020)
Acontece Botucatu : COVID-19: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever hospitalização de pacientes (27/Oct/2020)
Revista Amazônia: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever se paciente com COVID-19 precisará ser hospitalizado (27/Oct/2020)
Sistema Costa Norte de Comunicação: Estudo pode originar teste que prevê hospitalização pelo novo coronavírus (27/Oct/2020)
Metropóles: USP quer criar teste capaz de prever internação de pacientes com Covid-19 (27/Oct/2020)
Agora RN online: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever se paciente com COVID-19 precisará ser hospitalizado (27/Oct/2020)
Blog Ultimas Noticias: Covid-19: Estudo pode criar exame que prevê risco de complicações (27/Oct/2020)
Araraquara24horas: Covid-19: Estudo pode criar exame que prevê risco de complicações (27/Oct/2020)
Portal Amirt: Estudo pode criar exame que prevê risco de complicações da covid-19 (27/Oct/2020)
Mix Vale: COVID-19: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever hospitalização de pacientes (27/Oct/2020)
Portal Onda Sul: Estudo pode criar exame que prevê risco de complicações da covid-19 - Portal Onda Sul (27/Oct/2020)
Seesp - Sindicato dos Engenheiros no Estado de São Paulo: Estudo pode originar teste capaz de prever se paciente de Covid-19 precisará ser hospitalizado (27/Oct/2020)
Portal da Enfermagem: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever se paciente com COVID-19 precisará ser hospitalizado (27/Oct/2020)
MT HOJE: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever se paciente com COVID-19 precisará ser hospitalizado (27/Oct/2020)
ES360: Estudo pode dar origem a teste capaz de prever se paciente com covid-19 será hospitalizado (27/Oct/2020)
Blog Saúde e Dicas: Covid-19: Estudo pode criar exame que prevê risco de complicações (27/Oct/2020)
Coluna Supinando: Metodologia desenvolve teste que poderá capaz de prever a necessidade de hospitalizar paciente com COVID-19 (27/Oct/2020)

Scientific publications
(References retrieved automatically from Web of Science and SciELO through information on FAPESP grants and their corresponding numbers as mentioned in the publications by the authors)
MULE, SIMON NGAO; SAAD, JOYCE SILVA; FERNANDES, LIVIA ROSA; STOLF, BEATRIZ S.; CORTEZ, MAURO; PALMISANO, GIUSEPPE. Protein glycosylation inLeishmaniaspp.. MOLECULAR OMICS, v. 16, n. 5, p. 407-424, OCT 1 2020. Web of Science Citations: 0.

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