Comparative genomic analysis of avian and human extra-intestinal Escherichia coli strains

• Grant number: 13/25615-8
• Support Opportunities: Scholarships abroad - Research Internship - Post-doctor
• Start date: April 01, 2014
• End date: March 31, 2015
• Field of knowledge: Agronomical Sciences - Veterinary Medicine - Preventive Veterinary Medicine
• Principal Investigator: Wanderley Dias da Silveira
• Grantee: Renato Pariz Maluta
• Supervisor: Lisa Kay Nolan
• Host Institution: Instituto de Biologia (IB). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brazil
• Institution abroad: Iowa State University, United States
• Associated to the scholarship: 12/05073-3 - MOLECULAR CHARACTERIZATION OF AVIAN PATHOGENIC (APEC) AND HUMAN UROPATHOGENIC (UPEC) ESCHERICHIA COLI LINEAGES, BP.PD

Abstract

Linhagens de Escherichia coli patogênica para aves (APEC) são agentes relacionados a graus significantes de morbidade e mortalidade em frangos de corte a aves poedeiras, causando prejuízo na indústria aviária no mundo todo. Além disso, tem sido sugerido que linhagens APEC podem apresentar um papel como agentes zoonóticos. Neste projeto, nosso objetivo é montar os genomas de linhagens APEC e linhagens de Escherichia coli extra-intestinais humenas (ExPEC), as quais foram analisadas durante o projeto de Pós doutorado (FAPESP 2012/05073-3). As montagens levarão a comparações entre os genomas centrais e acessórios. As ilhas de patogenicidade (PAIs), serão detectadas in silico. A análise filogenômica será comparada com o MLST e tipagem ECOR, os quais foram realizados no contexto do projeto 2012/05073-3. As comparações entre APEC e ExPEC humanas podem demonstrar similaridades notáveis em relação à filogenia e marcas de virulência. Essas similaridades podem indicar novas características sobrepostas entre APEC e ExPEC humana, reforçando ou demonstrando o potencial zoonótico de um grupo de linhagens APEC. (AU)

Scientific publications

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MALUTA, RENATO P.; NICHOLSON, BRYON; LOGUE, CATHERINE M.; NOLAN, LISA K.; ROJAS, THAIS C. G.; DA SILVEIRA, WANDERLEY DIAS. Complete Genomic Sequence of an Avian Pathogenic Escherichia coli Strain of Serotype O7:HNT. MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS, v. 4, n. 1, JAN-FEB 2016. (13/25615-8, 13/09167-5, 12/05073-3)

MALUTA, RENATO P.; NICHOLSON, BRYON; LOGUE, CATHERINE M.; NOLAN, LISA K.; ROJAS, THAIS C. G.; DA SILVEIRA, WANDERLEY DIAS. Complete Genomic Sequence of an Avian Pathogenic Escherichia coli Strain of Serotype O7:HNT. GENOME ANNOUNCEMENTS, v. 4, n. 1, p. 2-pg., 2016-01-01. (13/09167-5, 13/25615-8, 12/05073-3)