Retroelementos: uma força motriz criando novidades genéticas no genoma humano e de camundongos

• Processo: 18/15579-8
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores - Fase 2
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2019
• Data de Término da vigência: 30 de junho de 2025
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Pedro Alexandre Favoretto Galante
• Beneficiário: Pedro Alexandre Favoretto Galante
• Instituição Sede: Hospital Sírio-Libanês. Sociedade Beneficente de Senhoras (SBSHSL). São Paulo , SP, Brasil
• Pesquisadores associados: Anamaria Aranha Camargo ; Fabiana Bettoni ; Luiz Penalva ; Maria Isabel Alves de Souza Waddington Achatz ; Paula Fontes Asprino
• Vinculado ao auxílio: 12/24731-1 - Retrocópias: origens, polimorfismos e variações somáticas, AP.JP
• Auxílio(s) vinculado(s): 20/06091-1 - Análise de variantes genéticas determinantes para a infecção e evolução do quadro clínico em jovens adultos com COVID-19, AP.R
• Bolsa(s) vinculada(s): 24/00078-4 - Uma investigação abrangente da inter-relação entre retrocópias e câncer, BP.PD; 22/12192-0 - Uma investigação sistemática da atividade de retrocópias de genes codificadores em primatas e roedores., BP.PD; 21/07329-4 - Uma investigação sistemática da atividade de retrocópias de genes codificadores em primatas e roedores, BP.PD; + mais bolsas vinculadas 21/04773-0 - Uma investigação sistemática da interrelação entre as retrocópias e o Câncer, BP.PD; 20/08992-6 - Retrocópias intragênicas e seus host gene, uma inter-relação de expressão a ser desvendada em tumores, BP.IC; 20/02413-4 - Retrocópias intragênicas como fonte de novos domínios proteicos em humanos, BP.DD - menos bolsas vinculadas
• Assunto(s): Biologia computacional Retroelementos Genômica Neoplasias Expressão gênica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | câncer | expressão gênica | Genômica | retrocópias | Retroelementos | Bioinformática e genômica

Resumo

A origem de novas regiões gênicas é um fator preponderante na evolução de diversas espécies. As retrocópias (duplicatas gênicas geradas a partir de mRNAs) foram, por muito tempo, classificadas genericamente como não funcionais. Entretanto, atualmente acredita-se que esse tipo de duplicação gênica é uma força motriz preponderante na origem de novidades genéticas. Em humanos e camundongos já foram identificadas ~8000 e ~7200 retrocópias (RTC), respectivamente. Porém, muitas ainda permanecem pouco ou não estudadas, e menos de uma centena estão descritas como funcionais (retrogenes). Aqui, estamos propondo estudar sistematicamente o caráter funcional de todas as RTC de humanos e camundongos. Para isso, iremos utilizar métodos computacionais robustos, conservação genômica, dados de "omicas" e validação experimental. Tudo isso centrado em responder diversas questões sobre os aspectos funcionais das RTC. Desenvolveremos o projeto em quatro frentes de trabalho: i) iremos avaliar as retrocópias fixadas que podem estar criando novas regiões gênicas (codificadoras ou não) nos tecidos humanos e de camundongos. ii) iremos avaliar as retrocópias polimórficas que geram novas regiões gênica na população humana; iii) Em tumores, iremos avaliar a criação de anormalidades na expressão gênica envolvendo retrocópias; iv) Vamos construir e disponibilizar uma plataforma capaz de classificar cada retrocópia em (potencialmente) funcional (ou não). Acreditamos que esse projeto irá contribuir para elucidar o papel funcional dessas duplicatas gênicas, as quais ainda estão negligenciadas na literatura. De maneira mais ampla, esse JP-2 será o propulsor para o crescimento de linhas de pesquisa em bioinformática, genômica e câncer no meu grupo e grupos colaboradores. (AU)

Publicações científicas

(15)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

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