Armazenagem, modelagem e análise de sistemas dinâmicos para aplicações em e-Science

• Processo: 15/01587-0
• Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa eScience e Data Science - Temático
• Vigência: 01 de fevereiro de 2016 - 31 de janeiro de 2020
• Área do conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Metodologia e Técnicas da Computação
• Pesquisador responsável: João Eduardo Ferreira
• Beneficiário: João Eduardo Ferreira
• Instituição-sede: Instituto de Matemática e Estatística (IME). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo, SP, Brasil
• Pesquisadores principais: Marcel Parolin Jackowski ; Paulo Sergio Graziano Magalhães ; Roberto Hirata Junior ; Ronaldo Fumio Hashimoto
• Pesq. associados: André Fujita ; André Santanchè ; Antonio Maria Francisco Luiz Jose Bonomi ; Ariane Machado Lima ; Carlos Eduardo Driemeier ; Carlos Eduardo Ferreira ; Cléver Ricardo Guareis de Farias ; David Corrêa Martins Junior ; Ester Cerdeira Sabino ; Fábio Vale Scarpare ; Felipe Werndl Trevizan ; Gisela Tunes da Silva ; Henrique Coutinho Junqueira Franco ; Junior Barrera ; Karina Valdivia Delgado ; Leliane Nunes de Barros ; Leonardo Lamas Leandro Ribeiro ; Luciano Vieira de Araújo ; Marcelo da Silva Reis ; Marcio Ferreira da Silva ; Marcio Katsumi Oikawa ; Marco Dimas Gubitoso ; Maria Teresa Borges Pimenta Barbosa ; Michelle Cristina Araujo Picoli ; Otavio Cavalett ; Routo Terada ; Vera Lúcia Reis de Gouveia
• Auxílios(s) vinculado(s): 16/11515-0 - 25th International Joint Conference on Artificial Intelligence: advances in bioinformatics and artificial intelligence: bridging the gap, AR.EXT
• Bolsa(s) vinculada(s): 17/01330-5 - Análise de imagens 3D para modelagem realista e simulação de processos de conversão da biomassa, BP.PD; 16/22900-1 - Processos de decisão markovianos especificados com programação lógica probabilística: representação e solução, BP.DD
• Assunto(s): Frameworks Sistemas dinâmicos Coleta de dados Modelagem de dados Armazenamento e recuperação da informação Gestão da informação e-Science

Resumo

A surpreendente e rápida evolução da tecnologia deu origem a uma nova era de descoberta de conhecimento científico. Essa nova era da ciência, conhecida como e-Science é descrita como uma nova ciência computacional e composta por uma equipe multidisciplinar que exige novas metodologias para o armazenamento, modelagem e análise de dados. Em particular, o desenvolvimento de sistemas de software transacionais e analíticos para aplicações e-Science visto como sistemas dinâmicos apresenta novos desafios computacionais. Entre eles, destacam-se os desafios dos processos de descoberta de conhecimento científico que, na maioria das vezes, envolvem mudanças frequentes de requisitos para armazenagem, modelagem e análise de dados. A necessidade de abordar sistemas dinâmicos científicos para tratar complexas aplicações de e-Science despertou a comunidade científica para a necessidade de sistemas de software robustos e evolutivos para atender a esses novos desafios. Sistema dinâmico é um arcabouço matemático clássico para representar fenômenos que evoluem no tempo e que são de grande interesse na ciência. Neste projeto, nosso principal objetivo é desenvolver modelos computacionais e metodologias para apoiar as aplicações e-Science. Nossa pesquisa fundamental cobre três principais áreas: armazenagem, modelagem e análise de sistemas dinâmicos. Essas áreas de pesquisa são importantes e relevantes para o Programa e-Science FAPESP já que muitos dos desafios atuais de e-Science estão relacionadas ao tratamento adequado dos sistemas dinâmicos. Assim, pretendemos desenvolver e aplicar metodologias computacionais que irão facilitar o desenvolvimento de aplicações e-Science contribuindo assim para a melhoria do conhecimento científico mundial, respeitando as restrições legais e éticas na gestão de dados. (AU)

Publicações científicas

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(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

MACIEL CARDOSO, FELIPE; MELONI, SANDRO; SANTANCHE, ANDRE; MORENO, YAMIR. Topical Alignment in Online Social Systems. FRONTIERS IN PHYSICS, v. 7, APR 17 2019. Citações Web of Science: 0.

LISBOA, BIANCA C. G.; OLIVEIRA, KATIA C.; TAHIRA, ANA CAROLINA; BARBOSA, ANDRE ROCHA; FELTRIN, ARTHUR SANT'ANNA; GOUVEIA, GISELE; LIMA, LUZIA; FEIO DOS SANTOS, ANA CECILIA; MARTINS JR, DAVID CORREA; PUGA, RENATO DAVID; MORETTO, ARIANE CRISTINE; DE BRAGANCA PEREIRA, CARLOS ALBERTO; LAFER, BENY; PARAIZO LEITE, RENATA ELAINE; DE LUCENA FERRETTI-REBUSTINI, RENATA ELOAH; FARFEL, JOSE MARCELO; GRINBERG, LEA TENENHOLZ; JACOB-FILHO, WILSON; MIGUEL, EURIPEDES CONSTANTINO; HOEXTER HELENA BRENTANI, MARCELO QUEIROZ; BRENTANI, HELENA. Initial findings of striatum tripartite model in OCD brain samples based on transcriptome analysis. SCIENTIFIC REPORTS, v. 9, FEB 28 2019. Citações Web of Science: 0.

SILVA REIS, WILLY ARTHUR; DE BARROS, LELIANE NUNES; DELGADO, KARINA VALDIVIA. Robust topological policy iteration for infinite horizon bounded Markov Decision Processes. INTERNATIONAL JOURNAL OF APPROXIMATE REASONING, v. 105, p. 287-304, FEB 2019. Citações Web of Science: 0.

FELTRIN, ARTHUR SANT'ANNA; TAHIRA, ANA CAROLINA; SIMOES, SERGIO NERY; BRENTANI, HELENA; MARTINS, JR., DAVID CORREA. Assessment of complementarity of WGCNA and NERI results for identification of modules associated to schizophrenia spectrum disorders. PLoS One, v. 14, n. 1 JAN 15 2019. Citações Web of Science: 0.

RAMOS, TAIANE COELHO; BALARDIN, JOANA BISOL; SATO, JOAO RICARDO; FUJITA, ANDRE. Abnormal Cortico-Cerebellar Functional Connectivity in Autism Spectrum Disorder. FRONTIERS IN SYSTEMS NEUROSCIENCE, v. 12, JAN 15 2019. Citações Web of Science: 0.

SANCHES, GUILHERME M.; GRAZIANO MAGALHAES, PAULO S.; JUNQUEIRA FRANCO, HENRIQUE C. Site-specific assessment of spatial and temporal variability of sugarcane yield related to soil attributes. Geoderma, v. 334, p. 90-98, JAN 15 2019. Citações Web of Science: 0.

DRIEMEIER, CARLOS E.; LING, LIU Y.; YANCY-CABALLERO, DAISON; MANTELATTO, PAULO E.; DIAS, CARLOS S. B.; ARCHILHA, NATHALY L. Location of water in fresh sugarcane bagasse observed by synchrotron X-ray microtomography. PLoS One, v. 13, n. 12 DEC 6 2018. Citações Web of Science: 0.

BANDIERA PAIVA, THALES; TERADA, ROUTO. Improving the Efficiency of a Reaction Attack on the QC-MDPC McEliece. IEICE TRANSACTIONS ON FUNDAMENTALS OF ELECTRONICS COMMUNICATIONS AND COMPUTER SCIENCES, v. E101A, n. 10, p. 1676-1686, OCT 2018. Citações Web of Science: 0.

GUZMAN, GROVER E. C.; SATO, JOAO R.; VIDAL, MACIEL C.; FUJITA, ANDRE. Identification of alterations associated with age in the clustering structure of functional bra in networks. PLoS One, v. 13, n. 5 MAY 24 2018. Citações Web of Science: 1.

LAMAS, LEONARDO; DREZNER, RENE; OTRANTO, GUILHERME; BARRERA, JUNIOR. Analytic method for evaluating players' decisions in team sports: Applications to the soccer goalkeeper. PLoS One, v. 13, n. 2 FEB 6 2018. Citações Web of Science: 0.

ATASHPAZ-GARGARI, ESMAEIL; REIS, MARCELO S.; BRAGA-NETO, ULISSES M.; BARRERA, JUNIOR; DOUGHERTY, EDWARD R. A fast Branch-and-Bound algorithm for U-curve feature selection. PATTERN RECOGNITION, v. 73, p. 172-188, JAN 2018. Citações Web of Science: 2.

LIMA, WANIA REZENDE; MARTINS, DAVID CORREA; PARREIRA, KLEBER SIMONIO; SCARPELLI, PEDRO; DE MORAES, MIRIAM SANTOS; TOPALIS, PANTELIS; HASHIMOTO, RONALDO FUMIO; GARCIA, CELIA R. S. Genome-wide analysis of the human malaria parasite Plasmodium falciparum transcription factor PfNF-YB shows interaction with a CCAAT motif. ONCOTARGET, v. 8, n. 69, p. 113987-114001, DEC 26 2017. Citações Web of Science: 1.

YANCY-CABALLERO, DAISON; LING, LIU Y.; ARCHILHA, NATHALY L.; FERREIRA, JOAO E.; DRIEMEIER, CARLOS. Mineral Particles in Sugar Cane Bagasse: Localization and Morphometry Using Microtomography Analysis. ENERGY & FUELS, v. 31, n. 11, p. 12288-12296, NOV 2017. Citações Web of Science: 2.

JACOMINI, RICARDO DE SOUZA; MARTINS, JR., DAVID CORREA; DA SILVA, FELIPE LENO; REALI COSTA, ANNA HELENA. GeNICE: A Novel Framework for Gene Network Inference by Clustering, Exhaustive Search, and Multivariate Analysis. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, v. 24, n. 8, p. 809-830, AUG 2017. Citações Web of Science: 0.

FUJITA, ANDRE; TAKAHASHI, DANIEL YASUMASA; BALARDIN, JOANA BISOL; VIDAL, MACIEL CALEBE; SATO, JOAO RICARDO. Correlation between graphs with an application to brain network analysis. COMPUTATIONAL STATISTICS & DATA ANALYSIS, v. 109, p. 76-92, MAY 2017. Citações Web of Science: 0.

FUJITA, ANDRE; VIDAL, MACIEL C.; TAKAHASHI, DANIEL Y. A Statistical Method to Distinguish Functional Brain Networks. FRONTIERS IN NEUROSCIENCE, v. 11, FEB 14 2017. Citações Web of Science: 4.

VIDAL, MACIEL C.; SATO, JOAO R.; BALARDIN, JOANA B.; TAKAHASHI, DANIEL Y.; FUJITA, ANDRE. ANOCVA in R: A Software to Compare Clusters between Groups and Its Application to the Study of Autism Spectrum Disorder. FRONTIERS IN NEUROSCIENCE, v. 11, JAN 24 2017. Citações Web of Science: 1.

REIS, MARCELO S.; ESTRELA, GUSTAVO; FERREIRA, CARLOS EDUARDO; BARRERA, JUNIOR. featsel: A framework for benchmarking of feature selection algorithms and cost functions. SOFTWAREX, v. 6, p. 193-197, 2017. Citações Web of Science: 1.

DRIEMEIER, CARLOS; LING, LIU YI; SANCHES, GUILHERME M.; PONTES, ANGELICA O.; GRAZIANO MAGALHAES, PAULO S.; FERREIRA, JOAO E. A computational environment to support research in sugarcane agriculture. COMPUTERS AND ELECTRONICS IN AGRICULTURE, v. 130, p. 13-19, NOV 15 2016. Citações Web of Science: 6.

GOYA, DENISE H.; NAKAMURA, DIONATHAN; TERADA, ROUTO. Certificateless Key Agreement Protocols under Strong Models. IEICE TRANSACTIONS ON FUNDAMENTALS OF ELECTRONICS COMMUNICATIONS AND COMPUTER SCIENCES, v. E99A, n. 10, p. 1822-1832, OCT 2016. Citações Web of Science: 0.

MOREIRA, DANIEL A. M.; DELGADO, KARINA VALDIVIA; DE BARROS, LELIANE NUNES. Robust probabilistic planning with ilao. APPLIED INTELLIGENCE, v. 45, n. 3, p. 662-672, OCT 2016. Citações Web of Science: 0.

KINKER, GABRIELA SARTI; THOMAS, ANDREW MALTEZ; CARVALHO, VINICIUS JARDIM; LIMA, FELIPE PRATA; FUJITA, ANDRE. Deletion and low expression of NFKBIA are associated with poor prognosis in lower-grade glioma patients. SCIENTIFIC REPORTS, v. 6, APR 7 2016. Citações Web of Science: 3.

MEKKAOUI, CHOUKRI; METELLUS, PHILIPPE; KOSTIS, WILLIAM J.; MARTUZZI, ROBERTO; PEREIRA, FABRICIO R.; BEREGI, JEAN-PAUL; REESE, TIMOTHY G.; CONSTABLE, TODD R.; JACKOWSKI, MARCEL P. Diffusion Tensor Imaging in Patients with Glioblastoma Multiforme Using the Supertoroidal Model. PLoS One, v. 11, n. 1 JAN 13 2016. Citações Web of Science: 3.