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Systems biology of long non-coding RNAs

Grant number: 12/19278-6
Support type:Research Grants - Young Investigators Grants
Duration: December 01, 2013 - November 30, 2018
Field of knowledge:Interdisciplinary Subjects
Principal Investigator:Helder Takashi Imoto Nakaya
Grantee:Helder Takashi Imoto Nakaya
Home Institution: Faculdade de Ciências Farmacêuticas (FCF). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brazil
Assoc. researchers:Marina Baquerizo Martinez ; Mario Hiroyuki Hirata ; Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho
Associated grant(s):18/14933-2 - Integrative biology applied to human health, AP.JP2
17/50137-3 - Long noncoding RNA interplay with the host microbiome may determine mucosal influenza vaccine immunogenicity, AP.R SPRINT
14/50308-4 - Transcriptomic meta-analysis of positionally conserved long noncoding RNAs, AP.R
Associated scholarship(s):14/19323-7 - Long Noncoding RNAs as potential biomarkers of arthritis, BP.IC

Abstract

It is estimated that thousands of long non-coding RNAs (lncRNAs) are transcribed in the genome of several organisms. Yet, only a small fraction of them have been functionally characterized. One of the main reasons for this lies in our poor understanding of their expression patterns under different biological conditions, and the difficulty in identifying their possible gene targets. Most of the high-throughput techniques, such as microarrays and next-generation sequencing (RNA-seq), aim to monitor the expression of protein-coding genes. Some of this data, although unexplored in the original publications, are derived from lncRNAs. In this project, we propose to utilize publicly-available high-throughput data to study the systems biology of lncRNAs under different perturbations and the implication of lncRNAs in the regulation of candidate target genes. For example, we re-annotated the most used Affymetrix chip, with which more than 2,300 studies have been published, and revealed the existence of 10,248 probe sets of putative lncRNAs. Studying the expression profile of lncRNAs and how their expression correlates with the expression of protein-coding genes in various tissues and conditions will reveal interesting mechanisms of gene regulation. These analyses will involve the identification of co-expression modules, the prediction of transcription factors responsible for lncRNA transcription, and the association of lncRNAs to diseases and infections. We also propose to validate the regulatory role of some of these lncRNAs. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o auxílio:
Researchers discover how infection by Zika virus during pregnancy can affect the fetal brain 
Acute chikungunya infection studied at the molecular level in Brazilian patients 
Acute chikungunya infection studied at the molecular level in Brazilian patients 
Study identifies a key cellular mechanism that triggers pneumonia in humans 
Study identifies a key cellular mechanism that triggers pneumonia in humans 
Articles published in other media outlets (89 total):
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UOL: Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em pacientes brasileiros (12/Aug/2019)
NCYT Amazings (Espanha): Desvelan de qué manera el Zika puede afectar al cerebro del bebé durante la gestación (17/Sep/2020)
AM 990 Formosa (Argentina): Desvelan de qué manera el Zika puede afectar al cerebro del bebé durante la gestación (17/Sep/2020)
Noticias RevolucionWeb (Peru): Desvelan de qué manera el Zika puede afectar al cerebro del bebé durante la gestación (17/Sep/2020)
Medindia (Índia): Zika Virus During Pregnancy can Affect the Fetal Brain (04/Sep/2020)
AZo Life Sciences: Zika virus infection during pregnancy can cause severe abnormalities in the fetus (04/Sep/2020)
Fraser Coast Online News (Austrália): Study shows what happens in the fetal brain affected by congenital Zika syndrome (04/Sep/2020)
Ipswich Online News (Austrália): Study shows what happens in the fetal brain affected by congenital Zika syndrome (04/Sep/2020)
News Medical (Austrália): Study shows what happens in the fetal brain affected by congenital Zika syndrome (03/Sep/2020)
Medical Xpress (Reino Unido): Study identifies how infection by Zika virus during pregnancy can affect the fetal brain (03/Sep/2020)
Bioengineer (Reino Unido): Study identifies how infection by Zika virus during pregnancy can affect the fetal brain (03/Sep/2020)
Science Codex: Study identifies how infection by Zika virus during pregnancy can affect the fetal brain (03/Sep/2020)
Scientific Inquirer (EUA): Study demonstrates how Zika infection alters the brain (03/Sep/2020)
Scienmag Science Magazine (Reino Unido): Study identifies how infection by Zika virus during pregnancy can affect the fetal brain (03/Sep/2020)
7thSpace: Study identifies how infection by Zika virus during pregnancy can affect the fetal brain (03/Sep/2020)
TodayHeadline (EUA): Study identifies how infection by Zika virus during pregnancy can affect the fetal brain (03/Sep/2020)
Home Health Choices: Study identifies how infection by Zika virus throughout being pregnant can have an effect on the fetal mind (03/Sep/2020)
BabyGaga (Canadá): New Study Pinpoints How Zika Virus Impacts Fetal Brain Development (03/Sep/2020)
License To Blog: Study identifies how infection by Zika virus during pregnancy can affect the fetal brain (03/Sep/2020)
Knowledia (França): Study shows what happens in the fetal brain affected by congenital Zika syndrome (31/Aug/2020)
Jornal da Franca: Desvendado como infecção por zika na gestação pode afetar cérebro do bebê (01/Jul/2020)
Jornal de Piracicaba: Pesquisadores desvendam como infecção por zika na gestão pode afetar cérebro do bebê (21/Jun/2020)
Secretaria da Educação do Estado de São Paulo: Pesquisadores desvendam como infecção por zika na gestação pode afetar cérebro do bebê (19/Jun/2020)
Ceedec - Centro de Educação Especializado: Pesquisadores desvendam como infecção por zika na gestação pode afetar cérebro do bebê (19/Jun/2020)
Z1 Portal de Notícias: Pesquisadores desvendam como infecção por zika na gestação pode afetar cérebro do bebê (18/Jun/2020)
ABC - Academia Brasileira de Ciências : Pesquisadores desvendam como a infecção por zika na gestação pode afetar o cérebro do bebê (17/Jun/2020)
Região Noroeste : Grupo desvenda como zika na gestação pode afetar cérebro do bebê (17/Jun/2020)
Confap - Conselho Nacional das Fundações Estaduais de Amparo à Pesquisa: Pesquisadores desvendam como a infecção por zika na gestação pode afetar o cérebro do bebê (17/Jun/2020)
NE10: Pesquisadores desvendam como a infecção por zika na gestação pode afetar o cérebro do bebê (17/Jun/2020)
Ternura FM: Pesquisadores desvendam como infecção por zika na gestação pode afetar cérebro do bebê (17/Jun/2020)
Portal Correio: Pesquisa descobre como bebês são afetados pelo Zika vírus (17/Jun/2020)
Ata News: Pesquisadores desvendam como infecção por zika na gestação pode afetar cérebro do bebê (17/Jun/2020)
Primeira Edição: Pesquisadores desvendam como infecção por zika na gestação pode afetar cérebro do bebê (17/Jun/2020)
Biblioteca FMUSP: Pesquisadores desvendam como a infecção por zika na gestação pode afetar o cérebro do bebê (17/Jun/2020)
São Bento em Foco: Pesquisa descobre como bebês são afetados pelo Zika vírus (17/Jun/2020)
Saber Atualizado: Cientistas Brasileiros desvendam como o Zika vírus pode afetar o cérebro do bebê (17/Jun/2020)
Beto Ribeiro Repórter: Pesquisadores desvendam como infecção por zika na gestação pode afetar cérebro do bebê (17/Jun/2020)
Paparazzi News: Pesquisadores descobrem como infecção por zika na gestação pode afetar cérebro do bebê (17/Jun/2020)
Duna Press : São Paulo: Pesquisadores desvendam como infecção por zika na gestação pode afetar cérebro do bebê (17/Jun/2020)
Portal Thathi: Pesquisadores desvendam como infecção por zika na gestação pode afetar cérebro do bebê (17/Jun/2020)
Mundo e Meio: Pesquisadores desvendam como a infecção por zika na gestação pode afetar o cérebro do bebê (17/Jun/2020)
Portal do Governo do Estado de São Paulo: Pesquisadores desvendam como infecção por zika na gestação pode afetar cérebro do bebê (16/Jun/2020)
Plantão News (MT): Pesquisadores desvendam como a infecção por zika na gestação pode afetar o cérebro do bebê (16/Jun/2020)
NewsLab online: Pesquisadores brasileiros desvendam as causas dos defeitos na formação cerebral do feto na infecção por Zika (16/Jun/2020)
Jornal Opção (Goiânia, GO) online: Pesquisadores brasileiros desvendam como a infecção por zika pode afetar o cérebro do bebê (16/Jun/2020)
Jornal da Ciência online: Pesquisadores desvendam como a infecção por zika na gestação pode afetar o cérebro do bebê (16/Jun/2020)
Blog Jornal da Mulher: Pesquisadores desvendam como a infecção por zika na gestação pode afetar o cérebro do bebê (16/Jun/2020)
Notícias de Campinas: Pesquisadores desvendam como infecção por zika na gestação pode afetar cérebro do bebê (16/Jun/2020)
AMRIGS - Associação Médica do Rio Grande do Sul: Pesquisadores desvendam como a infecção por zika na gestação pode afetar o cérebro do bebê (16/Jun/2020)
Mix Vale: Pesquisadores desvendam como infecção por zika na gestação pode afetar cérebro do bebê (16/Jun/2020)
Portal da Enfermagem: Pesquisadores desvendam como a infecção por zika na gestação pode afetar o cérebro do bebê (16/Jun/2020)
Jornal Integração: Pesquisadores desvendam como a infecção por zika na gestação pode afetar o cérebro do bebê (16/Jun/2020)
Central das Notícias: Pesquisadores desvendam como a infecção por zika na gestação pode afetar o cérebro do bebê (16/Jun/2020)
Blog A Crítica: Pesquisadores desvendam como a infecção por zika na gestação pode afetar o cérebro do bebê (16/Jun/2020)
Coluna Supinando: Pesquisa mostra como a infecção por zika na gestação pode afetar o cérebro do bebê (16/Jun/2020)
Verde Vale FM 103,7: Pesquisadores brasileiros desvendam como a infecção por zika pode afetar o cérebro do bebê. (15/Jun/2020)
RM Consult: Vírus da gripe aumenta chances de paciente desenvolver pneumonia, aponta estudo (07/Jan/2020)
Es 1: Organismo debilitado: vírus da gripe deixa paciente suscetível a pneumonia (15/Dec/2019)
Folha Vitória online: Organismo debilitado: vírus da gripe deixa paciente suscetível a pneumonia (13/Dec/2019)
Science and Technology Research News (EUA): Acute Chikungunya Infection Studied at the Molecular Level in Brazilian Patients (17/Oct/2019)
BitPrime.co (Nova Zelândia): Acute chikungunya infection studied with AI (24/Sep/2019)
HealthCareaccountServices: Acute chikungunya infection studied at the molecular level in brazilian patients (23/Sep/2019)
AEDaily (Vietnã): Acute chikungunya infection studied at the molecular level in brazilian patients (23/Sep/2019)
Hekim.pro Professional Doctors (Azerbaijão): Acute chikungunya infection studied at the molecular level in brazilian patients (23/Sep/2019)
MedicalView: Acute chikungunya infection studied at the molecular level in brazilian patients (23/Sep/2019)
All My Family Care: Acute chikungunya infection studied at the molecular level in Brazilian patients (18/Sep/2019)
Medical Xpress (Reino Unido): Acute chikungunya infection studied at the molecular level in Brazilian patients (17/Sep/2019)
Science Codex: Acute chikungunya infection studied at the molecular level in Brazilian patients (16/Sep/2019)
Scienmag Science Magazine (Reino Unido): Acute chikungunya infection studied at the molecular level in Brazilian patients (16/Sep/2019)
Brightsurf: Acute chikungunya infection studied at the molecular level in Brazilian patients (16/Sep/2019)
Bioquick News (EUA): Acute Chikungunya Infection Studied at Molecular Level in Brazilian Patients; Using Systems Biology Approach, Researchers Identify Several Genes That Can Be Explored As Therapeutic Targets a (16/Sep/2019)
Bioquick News (EUA): Acute Chikungunya Infection Studied at Molecular Level in Brazilian Patients (16/Sep/2019)
Agenparl (Itália): Acute chikungunya infection studied at the molecular level in brazilian patients (16/Sep/2019)
7thSpace: Acute chikungunya infection studied at the molecular level in Brazilian patients (16/Sep/2019)
Jornal da USP online: Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em nível molecular em pacientes brasileiros (13/Aug/2019)
FolhaMT: Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em nível molecular em pacientes brasileiros (13/Aug/2019)
FolhaPA: Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em nível molecular em pacientes brasileiros (13/Aug/2019)
Algomais online: Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em pacientes brasileiros (13/Aug/2019)
Folha GO: Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em nível molecular em pacientes brasileiros (13/Aug/2019)
Plantão News (MT): Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em nível molecular em pacientes brasileiros (12/Aug/2019)
Espaço Ecológico no Ar: Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em nível molecular em pacientes brasileiros (12/Aug/2019)
NewsLab online: Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em nível molecular em pacientes brasileiros (12/Aug/2019)
LabNetwork: Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em nível molecular em pacientes brasileiros (12/Aug/2019)
O Estado (MS) online: Pesquisadores brasileiros estudam chikungunya molecular (12/Aug/2019)
JC Notícias (São Paulo, SP): Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em nível molecular em pacientes brasileiros (12/Aug/2019)
Blog Jornal da Mulher: Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em nível molecular em pacientes brasileiros (12/Aug/2019)
Biblioteca FMUSP: Pesquisadores brasileiros analisam células sanguíneas de pacientes infectados pelo vírus chikungunya (12/Aug/2019)
W Rádio Brasil: Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em nível molecular em pacientes brasileiros (12/Aug/2019)
Portal da Enfermagem: Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em nível molecular em pacientes brasileiros (12/Aug/2019)

Scientific publications (14)
(References retrieved automatically from Web of Science and SciELO through information on FAPESP grants and their corresponding numbers as mentioned in the publications by the authors)
BRANDAO, W. N.; DE OLIVEIRA, M. G.; ANDREONI, R. T.; NAKAYA, H.; FARIAS, A. S.; PERON, J. P. S. Neuroinflammation at single cell level: What is new?. Journal of Leukocyte Biology, AUG 2020. Web of Science Citations: 0.
AGUIAR, RENATO S.; POHL, FABIO; MORAIS, GUILHERME L.; NOGUEIRA, FABIO C. S.; DE CARVALHO, JOSEANE B.; GUIDA, LETICIA; ARGE, LUIS W. P.; MELO, ADRIANA; MOREIRA, MARIA E. L.; CUNHA, DANIELA P.; GOMES, LEONARDO; PORTARI, ELYZABETH A.; VELASQUEZ, ERIKA; MELANI, RAFAEL D.; PEZZUTO, PAULA; DE CASTRO, FERNANDA L.; GEDDES, VICTOR E. V.; GERBER, ALEXANDRA L.; AZEVEDO, GIRLENE S.; SCHAMBER-REIS, BRUNO L.; GONCALVES, ALESSANDRO L.; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INACIO; NISHIYAMA JR, MILTON Y.; HO, PAULO; SCHANOSKI, ALESSANDRA; SCHUCH, VIVIANE; TANURI, AMILCAR; CHIMELLI, LEILA; VASCONCELOS, ZILTON F. M.; DOMONT, GILBERTO B.; VASCONCELOS, ANA T. R.; NAKAYA, I, HELDER. Molecular alterations in the extracellular matrix in the brains of newborns with congenital Zika syndrome. Science Signaling, v. 13, n. 635 JUN 9 2020. Web of Science Citations: 0.
JEAN PIERRE SCHATZMANN PERON; HELDER NAKAYA. Susceptibility of the Elderly to SARS-CoV-2 Infection: ACE-2 Overexpression, Shedding, and Antibody-dependent Enhancement (ADE). Clinics, v. 75, p. -, 2020. Web of Science Citations: 1.
GONCALVES, ANDRE N. A.; LEVER, MELISSA; RUSSO, PEDRO S. T.; GOMES-CORREIA, BRUNO; URBANSKI, ALYSSON H.; POLLARA, GABRIELE; NOURSADEGHI, MAHDAD; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS; NAKAYA, I, HELDER. Assessing the Impact of Sample Heterogeneity on Transcriptome Analysis of Human Diseases Using MDP Webtool. FRONTIERS IN GENETICS, v. 10, OCT 24 2019. Web of Science Citations: 0.
DE LIMA, DIOGENES S.; CARDOZO, LUCAS E.; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS; SUHRBIER, ANDREAS; MANE, KARIM; JEFFRIES, DAVID; SILVEIRA, EDUARDO L. V.; AMARAL, PAULO P.; RAPPUOLI, RINO; DE SILVA, THUSHAN I.; NAKAYA, HELDER I. Long noncoding RNAs are involved in multiple immunological pathways in response to vaccination. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, v. 116, n. 34, p. 17121-17126, AUG 20 2019. Web of Science Citations: 1.
MASTELIC-GAVILLET, BEATRIS; VONO, MARIA; GONZALEZ-DIAS, PATRICIA; FERREIRA, FREDERICO MORAES; CARDOZO, LUCAS; LAMBERT, PAUL-HENRI; NAKAYA, I, HELDER; SIEGRIST, CLAIRE-ANNE. Neonatal T Follicular Helper Cells Are Lodged in a Pre-T Follicular Helper Stage Favoring Innate Over Adaptive Germinal Center Responses. FRONTIERS IN IMMUNOLOGY, v. 10, AUG 13 2019. Web of Science Citations: 0.
SOARES-SCHANOSKI, ALESSANDRA; BAPTISTA CRUZ, NATALIA; DE CASTRO-JORGE, LUIZA ANTUNES; HOMEM DE CARVALHO, RENAN VILLANOVA; DOS SANTOS, CLIOMAR ALVES; DA ROS, NANCY; OLIVEIRA, URSULA; COSTA, DANUZA DUARTE; SIMOES DOS SANTOS, CECILIA LUIZA; CUNHA, MARIELTON DOS PASSOS; SARNO OLIVEIRA, MARIA LEONOR; ALVES, JULIANA CARDOSO; DE LUCENA COUTO OCEA, REGINA ADALVA; RIBEIRO, DANIELLE RODRIGUES; AQUIME GONCALVES, ANDRE NICOLAU; GONZALEZ-DIAS, PATRICIA; SUHRBIER, ANDREAS; DE ANDRADE ZANOTTO, PAOLO MARINHO; DE AZEVEDO, INACIO JUNQUEIRA; ZAMBONI, DARIO S.; ALMEIDA, ROQUE PACHECO; HO, PAULO LEE; KALIL, JORGE; NISHIYAMA, MILTON YUTAKA; NAKAYA, HELDER I. Systems analysis of subjects acutely infected with the Chikungunya virus. PLOS PATHOGENS, v. 15, n. 6 JUN 2019. Web of Science Citations: 4.
CARDOZO, LUCAS E.; RUSSO, PEDRO S. T.; GOMES-CORREIA, BRUNO; ARAUJO-PEREIRA, MARIANA; SEPULVEDA-HERMOSILLA, GONZALO; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS; NAKAYA, I, HELDER. webCEMiTool: Co-expression Modular Analysis Made Easy. FRONTIERS IN GENETICS, v. 10, MAR 6 2019. Web of Science Citations: 1.
JOCHEMS, SIMON P.; MARCON, FERNANDO; CARNIEL, BEATRIZ F.; HOLLOWAY, MARK; MITSI, ELENA; SMITH, EMMA; GRITZFELD, JENNA F.; SOLORZANO, CARLA; REINE, JESUS; POJAR, SHERIN; NIKOLAOU, ELISSAVET; GERMAN, ESTHER L.; HYDER-WRIGHT, ANGIE; HILL, HELEN; HALES, CAZ; PITERS, WOUTER A. A. DE STEENHUIJSEN; BOGAERT, DEBBY; ADLER, HUGH; ZAIDI, SEHER; CONNOR, VICTORIA; GORDON, STEPHEN B.; RYLANCE, JAMIE; NAKAYA, HELDER I.; FERREIRA, DANIELA M. Inflammation induced by influenza virus impairs human innate immune control of pneumococcus. NATURE IMMUNOLOGY, v. 19, n. 12, p. 1299+, DEC 2018. Web of Science Citations: 13.
FUKUTANI, KIYOSHI F.; NASCIMENTO-CARVALHO, CRISTIANA M.; BOUZAS, MAIARA L.; OLIVEIRA, JULIANA R.; BARRAL, ALDINA; DIERCKX, TIM; KHOURI, RICARDO; NAKAYA, HELDER I.; ANDRADE, BRUNO B.; VAN WEYENBERGH, JOHAN; DE OLIVEIRA, CAMILA I. In situ Immune Signatures and Microbial Load at the Nasopharyngeal Interface in Children With Acute Respiratory Infection. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 9, NOV 9 2018. Web of Science Citations: 0.
FERREIRA, GUSTAVO RODRIGUES; NAKAYA, HELDER IMOTO; COSTA, LUCIANO DA FONTOURA. Gene regulatory and signaling networks exhibit distinct topological distributions of motifs. Physical Review E, v. 97, n. 4 APR 27 2018. Web of Science Citations: 0.
RUSSO, PEDRO S. T.; FERREIRA, GUSTAVO R.; CARDOZO, LUCAS E.; BUERGER, MATHEUS C.; ARIAS-CARRASCO, RAUL; MARUYAMA, SANDRA R.; HIRATA, THIAGO D. C.; LIMA, DIOGENES S.; PASSOS, FERNANDO M.; FUKUTANI, KIYOSHI F.; LEVER, MELISSA; SILVA, JOAO S.; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS; NAKAYA, HELDER I. CEMiTool: a Bioconductor package for performing comprehensive modular co-expression analyses. BMC Bioinformatics, v. 19, FEB 20 2018. Web of Science Citations: 15.
ARIAS-CARRASCO, RAUL; VASQUEZ-MORAN, YESSENIA; NAKAYA, HELDER I.; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS. StructRNAfinder: an automated pipeline and web server for RNA families prediction. BMC Bioinformatics, v. 19, FEB 17 2018. Web of Science Citations: 3.
BLOHMKE, CHRISTOPH J.; HILL, JENNIFER; DARTON, THOMAS C.; CARVALHO-BURGER, MATHEUS; EUSTACE, ANDREW; JONES, CLAIRE; SCHREIBER, FERNANDA; GOODIER, MARTIN R.; DOUGAN, GORDON; NAKAYA, HELDER I.; POLLARD, ANDREW J. Induction of Cell Cycle and NK Cell Responses by Live-Attenuated Oral Vaccines against Typhoid Fever. FRONTIERS IN IMMUNOLOGY, v. 8, OCT 12 2017. Web of Science Citations: 5.

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