Centro de Pesquisa em Biologia de Bactérias e Bacteriófagos (CEPID B3)

• Processo: 21/10577-0
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão - CEPIDs
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2023
• Data de Término da vigência: 30 de abril de 2028
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Bioquímica de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Shaker Chuck Farah
• Beneficiário: Shaker Chuck Farah
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Pesquisadores principais: Aline Maria da Silva ; Beny Spira ; Cristiane Rodrigues Guzzo Carvalho ; Cristina Elisa Alvarez Martinez ; Henrique Ferreira ; João Carlos Setubal ; Marcelo Brocchi ; Marcio Vinicius Bertacine Dias ; Marilis Do Valle Marques ; Regina Lúcia Baldini ; Roberto Kopke Salinas ; Rodrigo da Silva Galhardo ; Sandro Roberto Marana
• Pesquisadores associados: Cristiane Rodrigues Guzzo Carvalho ; Cristina Elisa Alvarez Martinez ; Frederico José Gueiros Filho ; Germán Gustavo Sgro ; João Carlos Setubal ; José Freire da Silva Neto ; Julio Cezar Franco de Oliveira ; Leonardo Talachia Rosa ; Marcio Vinicius Bertacine Dias ; Marco Aurélio Takita ; Rita de Cássia Café Ferreira ; Robson Francisco de Souza ; Rodrigo da Silva Galhardo ; Ronaldo Bento Quaggio
• Auxílio(s) vinculado(s): 24/09645-9 - Integração de métodos experimentais e in silico no estudo de mecanismos de resistência em Mycobacterium tuberculosis, AP.R SPRINT; 24/02235-0 - Estudo das enzimas do tipo NlpC_P60 para o desenvolvimento de novos agentes antimicobacterianos, AP.R; 23/15471-0 - EMU concedido no processo 2021/10577-0: leitor de microplacas multimodo Clariostar-BMG Labtech, AP.EMU; 23/12177-4 - EMU concedido no processo 2021/10577-0: espectrômetro de dicroísmo circular JASCO, modelo J-1500, AP.EMU; 23/12239-0 - EMU concedido no processo 2021/10577-0: PEAQ-ITC (microcalorímetro), AP.EMU
• Bolsa(s) vinculada(s): 25/03800-5 - Caracterização de Linhagens Mutantes de Salmonella enterica Typhimurium para proteínas Associados à Macrodomínios do Cromossomo Bacteriano., BP.MS; 25/00779-5 - Avaliando proteínas regulatórias como alvo de drogas no controle do crescimento de Salmonella enterica, BP.PD; 25/02990-5 - Estudo da associação de enzimas modificadoras com enzimas produtoras de metabólitos secundários, e construção de preditores de produtos e loci biossintéticos., BP.DD; + mais bolsas vinculadas 24/16330-4 - Estudos funcionais e estruturais de enzimas chave envolvidas na biossíntese da apramicina., BP.DD; 25/03876-1 - Caracterização do complexo nuclease/inibidor X-TfeXAC3266/X-TfiXAC3267 associado ao sistema de secreção tipo IV de Xanthomonas citri, BP.IC; 25/06208-0 - Desenvolvimento e implementação do projeto educacional MicroMat, BP.IC; 24/21568-0 - Estudo estrutural de glicosiltransferases dependente de proteínas auxiliares tipo P450 envolvidas na biossíntese de antibióticos macrolídeos, BP.DD; 25/06226-8 - Desenvolvimento e implementação de pipelines distribuídos de bioinformática para ambientes HPC híbridos e distribuídos, BP.TT; 25/04443-1 - Bacteriófagos de Xanthomonadales e a procura de inibidores do sistema Crispr-Cas3., BP.DR; 25/03250-5 - Análise transcriptômica global da interação tripartite entre X. citri, um de seus bacteriófagos líticos e o hospedeiro citros, BP.PD; 25/04946-3 - Estudo estrutural e funcional de proteínas de elementos conjugativos integrativos, BP.DR; 25/05809-0 - Implementação de infraestrutura computacional para criomicroscopia eletrônica., BP.TT; 25/00760-2 - Vesículas de membrana externa carregadas com violaceína e sua atividade inibitória sobre Staphylococcus aureus, BP.IC; 25/02200-4 - Estudo de expressão diferencial de genes de Pseudomonas aeruginosa usando uma abordagem transcritômica, BP.TT; 25/02846-1 - Análise de adaptações de co-evolução em bacteriófagos que infectam cepas de Pseudomonas aeruginosa e Klebsiella pneumoniae, BP.PD; 25/03197-7 - Classificação e anotação de Metagenome-Assembled Genomes, BP.IC; 24/22312-9 - ANÁLISE DE PERFIS TRANSCRICIONAIS DE Xanthomonas citri pv. citri EM CONDIÇÕES RELEVANTES PARA A INFECÇÃO DE PLANTAS, BP.DR; 24/23478-8 - Papel dos ortólogos de RppH e NudC na homeostase de RNA em Caulobacter, BP.MS; 24/23910-7 - Heterogeneidade na resistência a ¿-lactâmicos conferida por um elemento móvel, BP.MS; 24/21751-9 - Análise integrada da diversidade genômica e pangenoma de gêneros bacterianos presentes em dados metagenômicos, BP.IC; 24/23287-8 - Estrutura e função de policetídeos sintases iterativas (iPKSs) e sistemas híbridos de iPKS com peptídeos sintases não ribossomais (iPKS-NRPSs) envolvidas na biossíntese de antibióticos, BP.PD; 25/00091-3 - CARACTERIZAÇÃO FENOTÍPICA E MOLECULAR DE ISOLADOS CLÍNICOS DE Acinetobacter baumannii, BP.IC; 24/14407-0 - Investigação do potencial de despolimerases virais para uso em tratamento alternativo de infecções causadas por Klebsiella pneumoniae, BP.IC; 24/20406-6 - Estudo do papel de sRNAs na regulação pós-transcricional da resposta a estresses em Caulobacter, BP.PD; 24/19817-1 - Estudo do mecanismo de ação e resistência à pirazinamida em Mycobacterium tuberculosis, BP.IC; 24/17666-6 - Estudos estruturais e moleculares dos sistemas de secreção tipo IV em bactérias Gram-positivas, BP.DD; 24/04962-6 - Inibição da diidrofolato redutase de Mycobacterium tuberculosis e de fungos patogênicos por antimicrobianos identificados por estratégia baseada em fragmentos, BP.DR; 24/10763-6 - Estudo estrutural por criomicroscopia eletrônica do estator flagelar MotA/MotB de Leptospira interrogans, BP.DD; 24/15711-4 - Identificação de compostos que interagem com a enzima ClpC1 do complexo proteico ClpP1P2C1 de Mycobacterium tuberculosis por triagem de fragmentos, BP.IC; 24/12387-1 - Desenvolvimento de um sistema para a identificação e caracterização de peptídeos associados à adsorção de bacteriófagos de Xanthomonas citri, BP.DR; 24/01729-9 - Desenvolvimento e aplicação de uma ferramenta computacional para investigação da diversidade de espécies bacterianas com base em dados metagenômicos, BP.DD; 24/14262-1 - Divulgação científica do CEPID B3, BP.JC; 24/13851-3 - Avaliação de despolimerases fágicas contra Xanthomonas citri subsp. citri., BP.IC; 24/10539-9 - Caracterização do complexo nucleoproteico interconectando o divisomo e a região terminal de replicação do cromossômica de Xanthomonas citri, BP.DR; 24/16116-2 - Varredura de moléculas que inibem fatores de transcrição bacterianos, BP.IC; 24/12945-4 - Expansão do espectro de hospedeiros de bacteriófagos líticos por meio de recombinação e seleção, BP.DR; 24/09014-9 - Estudo da regulação da expressão da aconitase e efeitos de sua ligação ao degradossomo de rna em caulobacter crescentus, BP.MS; 23/08535-2 - CONSTRUÇÃO DE "ARTILISINAS" PARA O CONTROLE DE Xanthomonas citri subsp. citri, BP.PD; 23/03213-7 - Salmonella enterica e Vesículas de Membrana (MVs) no Desenvolvimento de Vacinas, BP.DR; 24/03230-1 - Caracterização da via de reparo de DNA por FAN1 em Pseudomonas aeruginosa, BP.DD; 23/16089-2 - Estudo por criomicroscopia eletrônica da adsorção ao seu receptor de um bacteriófago específico ao pilus tipo IV, BP.PD; 24/06039-0 - Explorando as aplicações biotecnológicas de sistemas de secreção do tipo IV bactericidas., BP.PD; 24/05782-1 - Implementação de ferramentas e pipelines de bioinformática para análise de genomas de fagos e de bactérias e de suas interações., BP.TT; 23/17618-9 - R-bodies de Xanthomonas citri: expressão e caracterização estrutural, BP.IC; 24/01290-7 - Caracterização da resposta a estresses por fatores sigma alternativos em Xanthomonas citri, BP.PD; 24/03640-5 - Interseção entre respostas a estresses em bactérias, BP.PD; 24/03217-5 - Estudos estruturais das subunidades do complexo da membrana interna do Sistema de Secreção do Tipo IV de Xanthomonas citri por espectroscopia de RMN e criomicroscopia eletrônica, BP.PD; 23/13894-1 - Estudo por criomicroscopia eletrônica da adsorção de um fago ao pilus tipo IV, BP.DD; 24/02648-2 - Desenvolvimento e implementação do projeto educacional MicroMath., BP.IC; 24/01159-8 - Desvendando a interação entre bactérias e fagos por meio do monitoramento das alterações transcritômicas durante a infecção por fagos., BP.MS; 24/03134-2 - Um novo domínio e a uma nova via de sinalização de DgcP em Pseudomonas aeruginosa, BP.DD; 23/13202-2 - Caracterização de bacteriófago de Xanthomonas citri, BP.IC; 23/13291-5 - Determinação dos níveis intrínsecos de ppGpp em uma espécie e sua influência na taxa de crescimento e na tolerância a antibióticos, BP.DD; 23/05679-3 - Caracterização do gene xac4136 como possível efetor anti-eucariótico do Sistema de Secreção do tipo VI em Xanthomonas citri, BP.MS; 23/14021-1 - Endolisinas fágicas (ELs) como agentes antimicrobianos de bactérias Gram-negativas, BP.PD; 23/12063-9 - Disseminação de conceitos em microbiologia: Avaliação do impacto na educação básica., BP.IC; 23/09812-0 - Estudo da ação dos sistemas de secreção de Pseudomonas aeruginosa e seus efetores em co-culturas com Aspergillus fumigatus, BP.IC; 23/10731-4 - Implementação de infraestrutura computacional para espectroscopia de RMN, BP.TT; 23/11219-5 - Desenvolvimento e implementação do projeto educacional MicroMat, BP.IC; 23/06554-0 - Identificação de compostos que interagem com a DNA Girase de Mycobacterium tuberculosis através da triagem de fragmentos, BP.IC; 23/06833-6 - Avaliação do papel da aconitase na regulação de genes de síntese de ferro-enxofre em Caulobacter crescentus, BP.IC; 23/06724-2 - Isolamento de bacteriófagos líticos de Pseudomonas aeruginosa de diversos ambientes naturais, BP.IC; 23/06729-4 - Treinamento de bacteriófagos líticos de Pseudomonas aeruginosa para superar a resistência bacteriana, BP.IC; 17/23627-0 - Determinação das bases estruturais da formação biosintética de anéis heterocíclicos em poliéteres ionóforos, BP.PD - menos bolsas vinculadas
• Assunto(s): Microbiologia Microbiologia molecular Biologia estrutural Biologia sintética Transdução de sinais Bacteriófagos Anti-infecciosos
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bacterial signal transduction | Bacteriophages | Molecular Microbiology | Screening for antimicrobial compounds | Structural Biology | Synthetic Biology | Microbiologia

Resumo

O CEPID B3 é uma rede com pólos de pesquisa sediados em São Paulo (IQ-USP, ICB-USP), Campinas (IB-UNICAMP, IAC), Ribeirão Preto (FCFRP-USP, FMRP-USP) e Rio Claro (UNESP) que colaborará na realização de pesquisas básicas de ponta sobre os mecanismos moleculares de importância primordial para a reprodução bacteriana, o comportamento multicelular, a competição, a colonização e as interações de bactérias com seus hospedeiros eucarióticos e bacteriófagos. Os conhecimentos adquiridos serão utilizados na busca e desenvolvimento de novos inibidores químicos e biológicos do crescimento bacteriano. (AU)

Publicações científicas

(22)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

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DE ALMEIDA, MICHELLE TEIXEIRA; BARBOSA, ANA PAULA; BOMFIM, CAMILA GASQUE; VISNARDI, ALINE BIAZOLA; VINCES, TANIA CHURASACARI; CERONI, ALEXANDRE; DURIGON, EDISON LUIZ; GUZZO, CRISTIANE RODRIGUES. Obtaining a high titer of polyclonal antibodies from rats to the SARS-CoV-2 nucleocapsid protein and its N- and C-terminal domains for diagnostic test development. JOURNAL OF IMMUNOLOGICAL METHODS, v. 522, p. 9-pg., 2023-09-27. (21/10577-0, 19/21739-0, 22/08730-7, 20/14914-8, 19/00195-2, 16/09047-8, 20/04680-0)

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ZAMUNER, CAIO FELIPE CAVICCHIA; CARHUARICRA-HUAMAN, DENNIS; RAGUPATHY, ROOBINIDEVI; REDFERN, JAMES; RODRIGUEZ-CUEVA, CARMEN L.; BEHLAU, FRANKLIN; ENRIGHT, MARK C.; FERREIRA, HENRIQUE; SETUBAL, JOAO C.. Evolution and spread of Xanthomonas citri subsp. citri in the São Paulo, Brazil, citrus belt inferred from 758 novel genomes. MICROBIAL GENOMICS, v. 11, n. 1, p. 14-pg., 2025-01-01. (21/10577-0, 17/50454-9, 18/21164-5, 19/05497-7, 14/50880-0)

VISNARDI, ALINE BIAZOLA; RIBEIRO, RODOLFO ALVARENGA; DE SOUZA, ANACLETO SILVA; VINCES, TANIA GERALDINE CHURASACARI; LLONTOP, EDGAR E.; FERRARI, ANIELLE SALVIANO DE ALMEIDA; HENRIQUE, PEDRO ANTONIO FRANCA; VALDIVIESO, DANIELA; SANCHEZ-LIMACHE, DANIEL ENRIQUE; SILVA, GABRIELA ROBERTO; et al. Insertion of a Divergent GAF-like Domain Defines a Novel Family of YcgR Homologues That Bind c-di-GMP in Leptospirales. ACS OMEGA, v. 10, n. 4, p. 19-pg., 2025-01-21. (20/04680-0, 19/00195-2, 21/05262-0, 21/00070-5, 21/10577-0, 17/17303-7, 23/10432-7, 17/06394-1, 16/09047-8, 23/18211-0, 22/08730-7)

VINCES, TANIA CHURASACARI; DE SOUZA, ANACLETO SILVA; CARVALHO, CECILIA F.; VISNARDI, ALINE BIAZOLA; TEIXEIRA, RAPHAEL D.; LLONTOP, EDGAR E.; BISMARA, BEATRIZ APARECIDA PASSOS; VICENTE, ELISABETE J.; PEREIRA, JOSE O.; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO; et al. Monomeric Esterase: Insights into Cooperative Behavior, Hysteresis/Allokairy. BIOCHEMISTRY, v. 63, n. 9, p. 16-pg., 2024-04-26. (21/10577-0, 19/12234-2, 22/08730-7, 21/05262-0, 19/00195-2, 17/17303-7, 20/04680-0)

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MARTINS, LAYLA FARAGE; DOS SANTOS JUNIOR, ARIOSVALDO PEREIRA; NICASTRO, GIANLUCCA GONCALVES; SCHEUNEMANN, GABY; ANGELI, CLAUDIA BLANES; ROSSI, FERNANDO PACHECO NOBRE; QUAGGIO, RONALDO BENTO; PALMISANO, GIUSEPPE; SGRO, GERMAN GUSTAVO; ISHIDA, KELLY; et al. Phages ZC01 and ZC03 require type-IV pilus for Pseudomonas aeruginosa infection and have a potential for therapeutic applications. MICROBIOLOGY SPECTRUM, v. N/A, p. 17-pg., 2024-10-29. (21/10577-0, 20/04923-0, 18/18257-1, 18/15549-1, 22/11334-6)

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DE OLIVEIRA, GABRIEL S.; BURY, PRISCILA DOS S.; HUANG, FANGLU; LI, YUAN; DE ARAUJO, NATALIA C.; ZHOU, JIAHAI; SUN, YUHUI; LEEPER, FINIAN J.; LEADLAY, PETER F.; DIAS, MARCIO V. B.. Structural and Functional Basis of GenB2 Isomerase Activity from Gentamicin Biosynthesis. ACS Chemical Biology, v. 19, n. 9, p. 10-pg., 2024-08-29. (14/07843-6, 10/15971-3, 15/09188-8, 21/10577-0, 18/00351-1, 17/23627-0, 22/12234-5)

DE ARAUJO, HUGO L.; PICINATO, BEATRIZ A.; LORENZETTI, ALAN P. R.; MUTHUNAYAKE, NISANSALA S.; RATHNAYAKA-MUDIYANSELAGE, I. W.; DOS SANTOS, NAARA M.; SCHRADER, JARED; KOIDE, TIE; MARQUES, MARILIS V.. The DEAD-box RNA helicase RhlB is required for efficient RNA processing at low temperature in Caulobacter. MICROBIOLOGY SPECTRUM, v. 11, n. 6, p. 20-pg., 2023-10-18. (21/10577-0, 17/03052-2, 19/08514-0, 22/00308-4, 22/06360-8, 18/17309-8)

DE ALMEIDA, MICHELLE TEIXEIRA; MERIGHI, DAVI GABRIEL SALUSTIANO; VISNARDI, ALINE BIAZOLA; GONCALVES, CAUE AUGUSTO BONETO; AMORIM, VITOR MARTINS DE FREITAS; FERRARI, ANIELLE SALVIANO DE ALMEIDA; DE SOUZA, ANACLETO SILVA; GUZZO, CRISTIANE RODRIGUES. Latin America's Dengue Outbreak Poses a Global Health Threat. Viruses-Basel, v. 17, n. 1, p. 32-pg., 2025-01-01. (23/13894-1, 21/05262-0, 21/10577-0, 23/18211-0, 22/08730-7, 23/07366-2)

AMORIM, VITOR MARTINS DE FREITAS; SOARES, EDUARDO PEREIRA; FERRARI, ANIELLE SALVIANO DE ALMEIDA; MERIGHI, DAVI GABRIEL SALUSTIANO; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO; GUZZO, CRISTIANE RODRIGUES; DE SOUZA, ANACLETO SILVA. 3-Chymotrypsin-like Protease (3CLpro) of SARS-CoV-2: Validation as a Molecular Target, Proposal of a Novel Catalytic Mechanism, and Inhibitors in Preclinical and Clinical Trials. Viruses-Basel, v. 16, n. 6, p. 22-pg., 2024-06-01. (21/10577-0, 22/08730-7, 19/00195-2, 21/00070-5, 23/13894-1, 16/09047-8, 20/04680-0)

ADRIANI, PATRICIA P.; LOPES, LUCIANA B.; DE OLIVEIRA, GABRIEL S.; NUNES, JESSICA R.; SALATA, GIOVANNA C.; FERNANDES, MYRIAN T. P.; REIGADO, GUSTAVO RONCOLI; CAMARENA, DENISSE ESTHER MALLAUPOMA; MARIA-ENGLER, SILVYA S.; DIAS, MARCIO V. B.; et al. PEP-1 fused to glutathione peroxidase from Trichoderma reesei: a safe and effective antioxidant active ingredient for cutaneous applications. JOURNAL OF DRUG DELIVERY SCIENCE AND TECHNOLOGY, v. 110, p. 11-pg., 2025-08-01. (20/00030-0, 21/10577-0, 17/25705-8, 17/04926-6, 24/03868-6, 21/09105-6, 17/23627-0, 22/12234-5, 19/26048-6, 18/13877-1)

DOS SANTOS, HADASSA CRISTHINA DE AZEVEDO SOARES; ARMELLINI, BARBARA RODRIGUES CINTRA; NAVES, GIOVANNA LELLO; BUERIS, VANESSA; MORENO, ANA CAROLINA RAMOS; FERREIRA, RITA DE CASSIA CAFE. Using "Adopt a Bacterium" as an e-learning tool for simultaneously teaching microbiology to different health-related university courses. FEMS Microbiology Letters, v. 371, p. 8-pg., 2024-05-28. (21/10577-0)

JORGE, GENESY PEREZ; GONTIJO, MARCO; FLORO E SILVA, MARINA; GOES, ISABELLA CAROLINA RODRIGUES DOS SANTOS; JAIMES-FLOREZ, YESSICA PAOLA; COSER, LILIAN DE OLIVEIRA; ROCHA, FRANCISCA JANAINA SOARES; GIORGIO, SELMA; BROCCHI, MARCELO. Attenuated mutants of Salmonella enterica Typhimurium mediate melanoma regression via an immune response. Experimental Biology and Medicine, v. 249, p. 19-pg., 2024-06-21. (19/17091-5, 21/10577-0, 21/00465-0, 22/11399-0, 20/01535-9)

DORR, NATALIA CAROLINA DREBES; ALVAREZ-MARTINEZ, CRISTINA ELISA. Predator-prey interplay When chemical conversation turns deadly. CELL HOST & MICROBE, v. 33, n. 5, p. 4-pg., 2025-05-14. (21/10577-0, 22/15160-2, 22/06555-3)

GOZZI, ISABELLE CAROLINA COTRIM; ROSA, BRUNA GENNARI; MEDEIROS, ISADORA; SILVA, BEATRIZ DINAT LABONE; RODRIGUES, GIOVANNA MATOS; YOSHIHARA, FERNANDA AYUMI NAGAY; CUSTODIO, GIOVANNA TRESSO; DE LUCENA, JOSE RICARDO FERREIRA; BARONI, LARA NARDI; MORENO, ANA CAROLINA RAMOS; et al. The adoption of a superhero bacteria: Escherichia coli and its adventures in microbiology education. FEMS Microbiology Letters, v. 372, p. 8-pg., 2025-01-01. (21/10577-0)