Em 1996, a FAPESP estabeleceu um acordo com o Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), em que se propunha a assumir parte significativa dos 1.576 auxílios a pesquisa concedidos a pesquisadores de instituições do Estado de São Paulo pelo Conselho, em 1995, mas cujos recursos não puderam ser liberados.
O acordo desenvolveu-se primeiramente em 1997, com a aprovação de 188 projetos, a um custo de R$ 2,9 milhões, estendendo-se ligeiramente em 1998 e 1999, com um acréscimo de R$ 450 mil. Predominaram pesquisadores das três universidades do Estado e, entre as áreas do conhecimento, Saúde e Engenharia, com 44,68% dos auxílios e 51,05% do investimento.
Para mais informações sobre os projetos em andamento ou concluídos, consulte a página sobre os acordos com o CNPq e os outros Convênios e Acordos de Cooperação na Biblioteca Virtual da FAPESP.