O Decreto 40.132, promulgado em 23 de maio de 1962, aprovou os estatutos da FAPESP, que estabelecem a finalidade, a origem e uso dos recursos financeiros e a organização da fundação. De acordo com os estatutos, os gastos administrativos não poderiam ultrapassar 5% da dotação orçamentária. Essas regras ainda estão em vigor.
Miguel Reale, jurista, professor e duas vezes reitor da USP (1949-1950 e 1969-1973), elaborou o parecer sobre a personalidade jurídica da FAPESP. Ele era um árduo defensor da autonomia do estado de São Paulo contra as interferências do governo federal.
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