Vice-governador e titular da Secretaria de Desenvolvimento Econômico, Ciência e Tecnologia do Estado de São Paulo (SDECT) com dirigentes da FAPESP apresentam a nova estrutura da Secretaria (foto: Eduardo Cesar/FAPESP)
Até o fim de 2010, a FAPESP estava vinculada à Secretaria de Ensino Superior do Estado de São Paulo.
Com a posse do novo governo estadual e a extinção da pasta no início de 2011, a Fundação passou a integrar a nova estrutura da Secretaria de Desenvolvimento Econômico, Ciência e Tecnologia do Estado de São Paulo (SDECT), juntamente com faculdades, universidades e institutos de pesquisa estaduais.