O Relatório de Atividades 1999 assinala que o Programa Biota-FAPESP, lançado em março daquele ano, “conseguiu a proeza de conquistar, no mesmo ano, um prêmio importante: o Henry Ford de Conservação Ambiental na categoria Iniciativa do Ano em Conservação”.
Em outubro, a FAPESP lançou o Programa José Reis de Incentivo ao Jornalismo Científico ou MídiaCiência, para promover a formação de bons profissionais nessa área, a revista Pesquisa FAPESP, desdobramento do boletim Notícias FAPESP, iniciado em agosto de 1995, ampliando seu número de páginas, tiragem e alcance.
O relatório registra também outros desdobramentos do Programa Genoma-FAPESP: o Genoma Humano do Cancer, o Genoma Cana-de-Açúcar e o Genoma Xanthomonas citri, além do subprojeto Genoma Funcional da Xylella fastidiosa.
Em 1999 a FAPESP concedeu um total de 4.868 bolsas, um aumento de 6% no número e de 49,9% no valor, em comparação com o ano anterior, e 3.493 auxílios a pesquisa, o que representou um crescimento de 3,7% em número de projetos beneficiados e de 65,17% em valor.