Em 2003, a FAPESP reforçou as medidas de austeridade para adequar o orçamento à crise cambial do país. Ao longo do ano, a política de contenção de gastos, aliada a uma programação organizada de investimentos, permitiu a retomada gradativa das compras no exterior, que havia sido suspensa temporariamente.
Como resultados significativos, o Relatório de Atividades destaca a conclusão dos sequenciamentos genéticos do verme Schistosoma mansoni, causador da esquistossomose, e da bactéria Leptospira interrogans, responsável pela leptospirose, o lançamento do Genoma Funcional do Boi e a inauguração de um laboratório para lidar com vírus de alta periculosidade.
A FAPESP concedeu 3.838 bolsas e 1.347 auxílios a pesquisas, entre os quais 83 novos projetos temáticos, em 2003.
As equipes da Rede de Biologia Molecular Estrutural (SmolBNet), que começara a operar no ano anterior, decifraram a estrutura de cerca de 20 proteínas.