Um novo programa de pesquisas, o Sistema Integrado de Hidrometeorologia do Estado de São Paulo (Sihesp), começou a ser implantado em 1999, com a publicaçãodo decreto que instituiu o Sihesp.
Seu objetivo era a observação e monitoramento do clima e dos recursos hídricos, com ênfase nas seguintes áreas de pesquisa:Meteorologia, Hidrologia Superficial, Água Subterrânea, Sensoriamento Remoto da Atmosfera, Recursos Hídricos e Saneamento, Oceanografia Costeira e Gerenciamento Costeiro, Agricultura, Meio Ambiente e Impactos Socioeconômicos.
Além de ampliar o conhecimento nessas áreas, as equipes e equipamentos desse programa poderiam alertar a população com antecedência sobre a intensidade e localização de chuvas.